在第一波战斗胜利之后，人类联军并没有显得很兴奋而轻敌，他们很清楚，这只是迪恩的一个侦察部队，
根据资料，机器帝国会有六支舰队在这里会合，而这六支舰队虽然每支舰队都只有一百艘战舰，但是其战力却顶的上人类联军的五十二支、每支都有一千艘战舰的总和！甚至还要超出一些！
面对这种不对称的平衡，人类必须全力以赴，不然一旦被在局部战役中不断的被击败，那对机器帝国来说，胜利就像滚雪球一般越滚越大，
基于此，艾伦·托马斯和雷特斯虽然作为最关键的战力，理应和其他宙灵候选人一眼休养生息，静待时机，但同时他们还有另外一个身份，那就是舰队指挥\的
！所以在这场人类的战争中，艾伦·托马斯也是作为人类联军军第五联军总司令来来参加到这种战争中去的。
“兰特将军，等你们休整完毕之后，不要滞留在当前基地，后撤两个星系，我和夏夏军汇总将正在赶来支援你的路上。”艾伦·托马斯用过通讯器提醒道。
“好的，我们知道了。辛苦你们了。”兰特中将感慨道，回想起六年前，艾伦·托马斯还只是自己手下的一个小指挥官，六年，说长不长说短不短，这小子却已经成长为能够维系整个人类安危的最重要的几人之一。几个小时后，当人类联军再次部署完毕之后，机器帝国的袁军也已经带来，其他舰队的将军得知度一支舰队竟然吃了点小亏，纷纷嘲笑道：“看来你不行啊，你的级别比我们中的一些人还要高一些，但在打仗上，还是我们更在行一些。”别以为机器帝国的人上下级观念不强，即使是很强的，尤其是大阶级观念，但是如果是差不多的级别，相互间也是基本平等的，当然。两者间的差距也仅仅是在职务上的一些小差距，比如司令副司令，但他们本身的机器人级别的是一样的。这六个舰队司令都是机器帝国的c级先知级别的机器人，所以他们相互之间也算是基本平级。不过，随谈这级几个舰队长平级，但是跟他们来的两个上面特派的机器人，则是比他们真正要高出一个阶级，是b级先知，机器帝国的大将军。在整个机器帝国，b级先知也不过七八个，这次出征来了两个，可见他们对人类还是有点重视的。其中一个b级先知在得知情况后，没有指责什么，事实上，他们在出征前就已经对人类科技有所了解，人类的科技实力要比他们先前遇到了的任何文明都要先进的多， 具备一定程度的太空作战能力，机器帝国在以往的战斗中，总计只损失了三十多艘战舰，要知道，这可是他们在消灭了超过30亿的文明之后所造成的损失，那些文明最先进的，也不过就是和人龙披甲兔一族差不多，而且这种科技的种族数量要比人类少的多，都是只有几千万人口。
在出征人类的时候，机器帝国评估了人类的军事力量和人口状况之后，他们做出了损失四十搜战舰的代价来毁灭人类文明。“人类果然是一种奇特而潜力巨大的生物，肯定是收到了我们的消息之后努力提升自己的军事科技力量，一年时间，就已经研发出了粒子技术，虽然明显没有我们的成熟，但他们的进步速度实在是太恐怖了。”另一个大将军也是说道。其他五个指挥官见连b级先知都这么说了，他们也不敢再嘲笑自己的同伴，而是认真对待起来。
因此，机器帝国的舰队即使在集合之后，也没有贸然再进攻，而是在想办法搜集人类新科技的资料， 包括他们看到的那些星球外为的防护债，清查之下，竟然发现那些防护罩计算是加持了宇宙原力的粒子光束打进去，也起不到太大的效果，顶多也就杀死几个星球上的人罢了。但是人类有六七亿，光杀就不知道要杀到什么时候了。人类联军见敌人不动，他们也不敢乱动，敌强我弱的情况下，先动手那是找死的行为，反正他们有充足的资源补给，机器帝国的机器人虽然本身不需要什么电能补充，但是他们的战舰需要燃料不及，即使现在他们占据了人类阵营嘴外围的几个区域，但完全不能满足他们的需求，就这样双方僵持了一个星期，两个b级先知和一群c级先知在讨论之后，已经做好了损失一支舰队的决心来打败人类。
在这一个星期内，人类尝试与机器帝国议和，发来几次通讯请求，当先知们决定之后，接受了人类的通讯请求，但是给出的答案是继续开战。
人类早有预料，战争很快开始，但起初，机器帝国还是太情敌了些，六支舰队分成六个方向攻击人类的六处驻军，但在经过一天的激战之后，前线的二十六支人类联军和机器帝国的大军僵持不下，双方的伤亡比率竟然相差无几
！、
当然，人类以二十六支舰队打分散的六支敌军舰队才取得平局，足以证明机器帝国火力的恐怖了。
不过，这种情况没有持续多久，在机器帝国将近损失了一支舰队，而人类则还有四十多支舰队的时时候，他们改变了策略，把残缺的第六支舰队和其他五支舰队进行整合，然后集中攻击一个区域。
这下人类联军的防线彻底爆炸，即使是艾伦·托马斯亲自指挥，也只能尽最大可能减少伤亡的撤退，但是却无法靠单纯的人类军事力量挽救败局。
“该我们上场了。”
在基地里，新来的四个宙灵候选人点了点头，宙灵幻化之后，四道白色流光划过宇宙天际，冲撞在一艘艘地方战舰上。这些战舰即使有宇宙原力的加持防护，但又怎么回事宙灵候选人幻化的能量体的对手。一艘艘战舰转瞬间爆炸。“什么？人类竟然也掌握了宇宙原力的运用？”c级舰队指挥官们对此很是惊讶，但是b级指挥官们大概是知道发生了什么事情，冷声道：“看来，有宙灵候选人在帮他们，难怪人类敢这么有恃无恐，不过，以为这样我们就怕了吗？”b级先知很快联系了几个生命机器人，给舰队铸成了坚固的原力防线，普通的宙灵幻化已经无法突破那些封锁，因为他们的能量冲击力不够。
这时艾伦·托马斯和雷特斯同时把舰队指挥权交给了副手，变身成假灵状态，与这些生命机器人对抗。
这些生命机器人确实强大，八个假灵与他们斗的不相上下。可是，人类已经没有太多时间了。因为在人类联军和机器帝国舰队战场上，人类节节败退，前线的二十六支舰队彻底溃败，甚至有十八支舰队已经彻底失去了番号，毁灭于宇宙之中，而机器帝国的舰队在集中力量攻击之后，仅仅只再损失了十几艘战舰而已，不过，这也是出乎他们的意料。
“可恶！我们的力量还是不够啊！”艾伦·托马斯手中吃着一把变化出来的白色长刀，用力的砍在一艘战舰之上，如果是寻常战舰、或者甚至是加持了宇宙原力的战舰，一刀就能劈开，可是在有几个生命机器人的支持下，却是需要上千刀，这种效率之下，还没等把敌人的舰队清光，人类的舰队就要全灭，而且他们的生命消耗也就没有了意义。艾伦·托马斯想过直接攻击那几个生命机器人，但是他们吧自己和两个b级先知笼罩在了一个远离防护罩内，他们的威力，即使八个假灵联手攻击，都无法打破这些防护罩。
就在他们束手无策的时候，又有两道白光从远处飞来，竟然是另外的两个宙灵候选人！他们变身假灵之后，与其余八个假灵融合，临时性的进化成了真正的宙灵，
面对真正的宙灵，那几个生命机器人则彻底束手无策，一击便溃，最后，人类以付出八百万人生命的代价赢得了这场战争的胜利，虽然代价很惨重，但是却是值得的。而机器帝国残余的人员则已经尽数撤走。
自此，人类社会恢复了宁静，由于人类在为难面前的英勇表现，也得到了人龙和披甲兔一族的谅解，而作为回报，人类分享了科技给他们，甚至还把以前占领的星球也换给了他们，但是披甲兔和人龙没要，他们的领导者说不想再卷进人类的是非中，认为人类迟早有一天还会内战。三大阵营的人都觉得这是不可能的，但只有各国高层清楚，这是可能发生的，但至少进来二三十年内是不会发生的，但只有艾伦·托马斯清楚，诸多再有三年，便会爆发移仓混乱，但他没有说破，因为他不想破坏历史潮流。而这场混乱就是因为机器帝国的入侵，引发了人类社会对变革的急切追求，以及独立星球的科技发展后与原有宇宙国家之间的利益矛盾，最终爆发战争。不管怎样，前路漫漫，但艾伦·托马斯已经做好迎接这些挑战了！加油！为了人类的新生！为了成为宙灵而前进吧，我的少年！