逃至澎湖岛上的福健水师，刚刚停靠岸边歇息几个时辰，便听到敌袭的警报。
却原来是讨虏军水师，一路追随，攻了过来。
这回罗大纲是彻底发了狠，要将整个福健水师杀得再无战力，扫清整个福健海面的清军水师力量。他率领近二百艘中大型战船，悄悄包围了澎湖海面，算好时间，待天刚拂晓，人最困的时候，讨虏军战船恰好杀到。
才下船不久，刚躺上岛上军营内的木床上，施得高便被亲兵唤醒。一听粤贼又杀来了，施得脑中首先升起的一个念头便是撤。也幸好是他派了几艘哨船在澎湖列岛一带海域进行警戒，提早发现了敌军，要不然，真的是要被包了饺子。
但即使是这样，还是闹得清军有点炸营。
这回罗大纲是有备而来，算准了时机，死死咬住清军水师，哪里会让之这么轻易溜走。许多清兵在睡梦迷糊中还没清醒过来，便发现自家的战船被炮弹击中了。一些清军干脆利落地挂起帆，趁着东南风，便逃往西北方向的福州府一带。
整个清军已经失去指挥。海坛镇总兵和福宁镇总兵害怕自己本就不多的水师，再遭重创，自顾自地率领部下便突围逃窜，一路向北。而剩下的苔湾镇水师个清军将领，却因为回到自己的地盘，都登岸回营休息，便和提督施得高一样，讨虏军杀过来了还没上船。
一面倒的炮击轰杀，清军水师损失惨重。
二个时辰后，战事结束，除了逃走的海坛镇总兵和福宁镇总兵率领二千多清兵，驾驶着五十来艘战船逃走外，其余只有苔湾水师一名副将率领四百清军，驾驶着十余艘战船逃走。南澳水师的总兵韩嘉谟被擒，福键水师提督施得高和苔湾镇总兵恒裕双双战死。
而经过这一战，福键水师实力大减，再也不是讨虏军水师之敌。
罗大纲从厦门洋人那边租用了2艘飞剪船，作为信报传送的船只，将金门和澎湖两处海战大胜的捷报火速传回广州。
几天后，冯云山便收到讨虏军水师击溃福键水师的消息，马上命人拿来地图，察看形势。
福键水师被击败，清军再无大规模的外海水师力量，从此以后，讨虏军水师便成为中国唯一强大的水师武装！从这点说，这比攻取省府大城的意义，更加重大。
想想看，以后便能率领这支船队，纵横沿海一带，骚扰满清，令其沿海各处都要驻防守卫，耗费的兵丁和银两都要拖累垮满清朝廷。
而且，整个苔湾岛便如没设防的土地，全部呈现在冯云山眼前！这可是块肥地！虽然眼下只是一府之地，还未好好开发，人口也不多，但面积在那里，又是海岛，作为移民，实在是理想场所。
另外，对于投降的金门镇总兵陈鼎鳌，这是目前从满清投降过来的最高级别的正二品武将，冯云山任命其为甲五师副师长，并等回广州后进行嘉奖!其余的弃暗投明的金门镇水师各级将领，也各自有封赏和任命。同时，冯云山要求，这些归降的水师继续立功，随讨虏军水师继续征战。
然后，冯云山立即下令，命令罗大纲、梁培友两人率水师继续攻略福键沿海一带，重点对福州府城进行骚扰。其余陆军，林凤祥的甲一师，跟厦门小刀会义军，继续攻克泉州府城和兴化府。
而已经攻克汀州府和龙岩州的乙一师，在师长何禄的率领下，继续往北，攻打延平府、建宁府等地，这是福键的主产茶区，必须牢牢控制在手中。
冯云山可是知道，茶叶是除生丝外，最大的一类与洋人贸易的商品。控制了福键的茶叶，等于控制一半的茶叶贸易。
……
在等待冯云山命令的同时，讨虏军并没有闲着。一不做二不休的罗大纲，直接率领西洋军舰，加上一团的陆战师兵力，直接从澎湖岛开往苔湾府城。
四月十三日，甲五师船队抵达鹿耳门海域，便被巡逻的苔湾府城水师发现，但苔湾镇水师主力已大部分被消灭，剩下这只几艘战船，也就是驱赶下商船，连大规模的海盗都不敢招惹，见到上百艘战船，一下便四散逃窜。
甲五师轻松地从安平镇处靠港登陆，先是派了二名俘虏带着招降书进入台湾府城进行招降。苔湾府知府朱材哲是福键客家人士，早就听说廣东的讨虏军对于客家人良善，便有意投降。但分巡苔湾兵备道道台裕铎却是满旗人，兵权在其手中掌握，下令坚守府城不出。
无奈，罗大纲下令攻城，但战船上的舰炮无法攻到府城，罗大纲便下令将中型战船上的火炮拆下，推抬至城下，数十门火炮齐射，很快，道台裕铎面如土色，吓得不敢呆在城墙上。
于是，城内的客家人，在苔湾府知府朱材哲的带领下，打开城门，迎了讨虏军进城。
罗大纲将城内的近百名满清旗人全部抓获，在城门处公开斩首处决，宣布苔湾乃汉人天下，一时间，苔湾府城内的百姓均兴高采烈，宛如过年。特别是郑氏遗民，一些读书人也在知府朱材哲的带领下，纷纷投靠讨虏军。
罗大纲因原知府朱材哲献城有功，任命他仍为台湾府知府，治境安民。
朱材哲连忙下了府治公文，布告全苔湾百姓，宣称脱离满清朝廷，重回汉人圣王冯云山的治下。又令苔湾各县，改旗易帜，服从圣王的管辖。
罗大纲留下一团兵力，会同知府朱材哲临时组建的府城兵数百人，开始向台南、台中和台北一带治县、厅进行清剿满清余孽。
不过，苔湾的兵力本就不多，主要是苔湾镇水师。至于各县的城汛绿营兵，大多不堪一击，毫无战力，自然不会自不量力与讨虏军进行反抗。
不过，让罗大纲没想到的是，他刚离开台湾府城不久，讨虏军的那一步兵团还没离开台南，苔湾府各地，听说苔湾府城被讨虏军攻占，连知府朱材哲也投靠了圣王，便纷纷要求知县表态，归顺圣王。
很快，苔湾县、凤山县、嘉义县三县均很快派人来表示归顺圣王，而彰化县和淡水县没等知县表态，便发生了大规模的小刀会义军聚会起事，上千会众冲入县衙，将知县五花大绑，便在城楼活活烧死，而后，小刀会义军联系台南的讨虏军，表示彰化县和淡水县两县归顺圣王治下。
至此，在半个多月时间里，苔湾府的大部分地区的县治，至少在面上宣布归顺圣王。剩下的偏远蛮人之处，便需要治理的地方官员继续教化了。