在6月8日进行的第四场比赛两队陷入激烈的争夺，场上情况火爆异常，但没有缓过劲来的公牛队在最后时刻还是输掉了比赛。乔丹似乎还是没有摆脱高原反应，整场比赛只得到22分，这和他的真实水平相去甚远，这样双方战成2比2平，两支志在夺冠的球队此时又站在了同一条起跑线上。
也许人生中会经历许多挑战，而勇敢面对挑战的才会有机会成就一番成就，如果不能勇敢地面对，就永远只能是默默无闻，这是一对辩证的矛盾。当篮球场上最大的挑战到来的时候，乔丹坚定地选择了前进。
6月11日，关乎两队夺冠的生死攸关的第五场比赛来到了。然而，就在这个紧要关头，乔丹却出了意外。他因吃了在酒店订做的一张比萨饼，引起急性肠胃炎，导致上吐下泻，在床上躺了一天也没有进食，直到比赛前一个小时，他才晃晃悠悠从床上起来，此时不用说是参加原本就对抗十分激烈的总决赛，就是正常的走路都不稳，此时，在主教练杰克逊与所有公牛队员的心里都蒙上了一层阴影，他们非常担心，如果球队的主心骨乔丹不能比赛，这场比赛根本不可能赢，如果真是这样，那么他们的夺冠之路就真正地走到了尽头。
比赛开始，乔丹步履沉重，但还是竭尽全力去拼。爵士队打得很凶，一路领先，乔丹率领全队紧紧追赶，比分差距曾一度被拉大到17分。但乔丹始终在场上坚持着。半场过后，乔丹感到快要虚脱，对教练杰克逊说:“我已经不行了，你如果要我上去打，那就赶快让我上去，不要把我换下来，除非我倒下，我会拼到最后一秒钟。”
杰克逊同意了乔丹的请求。后面两节打得非常艰苦，乔丹发挥得相当出色，比分差距在缩小，到临终场前46秒时，乔丹利用一次罚球，将比分追成85平，第二罚未中时，乔丹抢到了篮板，退出了三分线，一扬手，球似乎是乔丹思维的延伸，稳稳地进了。
这是乔丹在这一场最重要的比赛中投中的最重要的一个三分球，队友与球迷们都兴奋不已，然而，乔丹面无表情，似乎这个球与他无关，他实在太累了，精疲力尽的他一下子倒在皮蓬的怀里。原本落后的公牛队最终反败为胜，赢得了比赛的胜利，疲惫的乔丹全场独得38分，这其中包括比赛最为关键的第四节的15分。
赛后有人问乔丹投这个三分球时想什么，他说：“当时，我完全是出于直觉，我觉得我该投了，别的什么都没有想。”在本场负责防守乔丹的爵士队后卫拉塞尔赛后说“他看起来根本没有病，你们这些家伙不停地说他病了，这绝对不可能。”
但公牛队的每一个人都知道他在赛前几乎不能站立起来。老搭档皮蓬说:“我同乔丹共事多年，从来没见他病得如此厉害，我甚至以为他都不可能穿上球衣参赛了。但他最终凭着常人不可想像的毅力站了出来，率领我们取得了又一次胜利。他用实际行动证明是他一位无人能及的职业球员。他当时完全脱水，他们一直在为他输液，用冷毛巾为他敷脸。对此，我无话可说，他是最伟大的。在我眼中，他是无人可以替代的最有价值球员。”
就连绝对偏向于爵士队的盐湖城记者也感慨地说:“乔丹不可战胜!”赛后的新闻发布会，公牛队历来都是由乔丹和皮蓬出席，而这次记者们见到的是皮蓬和朗利。乔丹是用书面形式向世人公布自己本场比赛的感受的。他说:“刚上场的时候，我感觉随时都会倒下，当时不仅四肢无力，而且头部眩晕。打了一会之后，我开始流汗。并且根本不想坐下来，我知道这不得不强力出击，迸发出我最大的能量，然后休息两分钟，再做我不得不做的事。中场休息的时候，我的体力降到了最低点，为了继续参加比赛，我吃了一些苹果酱，喝了许多果汁和健体饮料。第三节，我真的觉得呼吸困难，几乎无力继续比赛。在第四节，我不知道我是如何度过的，我根本失去了意识，完全凭本能打球。”
两天后的总决赛第六场，乔丹回到芝加哥后的情况虽然相比两天前已经有所好转，但身体极度疲惫，乔丹的神话继续上演，他得了39分，抢下11个篮板，助攻4次，率领公牛队以90比86险胜对手，从而以总比分4比2第五次夺得NBA总冠军，由此，公牛队成为历史上第三支5次赢得总冠军的球队。而乔丹本人毫无争议地获得总决赛的MVP，至此，乔丹在本届总决赛上的神奇有了个完美的结局。英雄终于再一次登上了那座只属于他去征服的最高峰。
乔丹在这届总冠军的庆功会并没有像上次那般流泪，他笑逐颜开，他向狂欢的观众伸出了象征五个总冠军的5个手指，然而又伸出了另一只手的一一个手指、两个手指、三个手指，很明显他的意思就是要夺得第六个、第七.....乔丹说:“我希望我能跟这支球队永远在一起，拿到更多的冠军。”
接下来的夏天，乔丹并没有因为夺得了生涯的第五座总冠军奖杯而就此满足，他马不停蹄地进行自己商业上的进一步运作乔丹公司。而在两年前，当初耐克公司把飞人品牌从耐克旗下转到乔丹名下时，乔丹就有过成立乔丹公司的最初想法，但由于当时自己正在打棒球，人气和市场号召力达不到想要的程度，所以他认为时机还不是十分的成熟，因此一推再推，而现在公牛队在本赛季刚刚拿到近年来的第五座总冠军，而乔丹本人也把单赛季个人的大奖尽数收人囊中，常规赛和总决赛MVP加上一个得分王，知名度达到了空前的高涨，正是打响飞人品牌的最佳时机。
于是，在9月8日这一天，乔丹公司正式成立，专门生产以乔丹亲笔签名为商标的篮球运动服和运动鞋。其实耐克公司有如此的考虑无非是想长期地和乔丹建立良好的合作关系，更大地打响耐克在全球运动服装业的品牌知名度。
对于成立自己的品牌公司，乔丹解释说:“我这么做是很自然的。我希望自己在退役后继续同篮球事业及我的球迷们保持某种联系。但我不想做一般退役球员干的那些事情。比如当教练、当篮球节目评论员，或是拼命争取在媒体上再露老脸。我希望既能在篮球事业中留下某种印记，又不必亲自待在球场附近。”