就在金门的明军积极布防的时候，清军大军却停止了军事行动，施琅的水军也不再抵近金门岛了，由此引发的紧张局势似乎有所缓解，但是几乎所有人都有了一种大战将至的感觉。
清军也在积极的调配物资，为登陆金门做好准备，而施琅这个时候却带着几艘清军的战船绕过明军的眼线，向南方驶去。
时间又过去了半个多月，似乎是见清军暂时没有进攻金门的打算，所以金门岛上明军的恐慌的情绪稍稍安定了一些，但是身为金门的最高指挥官郑经这时候却丝毫不敢掉以轻心，十余天之前澎湖的明军终于赶到了金门，这使得他心中的那丝担忧消除了一些，郑经以为郑成功既然肯把这支军队交给自己指挥，说明他心中并没有对自己起疑心，或者说目前暂时没有。
金门的水军力量加强了之后，清军的水军战船就收敛了很多，明军水军取得了金门一带的海面的控制权，这使得明军没有防守清军登陆的紧迫感，明军直到等到台湾的大队援军抵达金门的时候，这种情况将会再一次改观。
但是这个时候台湾的明军也遇到了麻烦，从南洋过来的商船传出消息，说一支由十五艘战船组成的远征队正在北上，这支船队正是从巴达维亚过来的荷兰援军，荷兰人援军赶来的速度要比郑成功预想中的要快上不少，但是他也已经有了一些准备，之前以为荷兰人不会派遣援军过来，所以布置的那些防御方案都准备作废了，这个时候也要重新捡起来了。
郑成功这个时候染上了热疾，明军军医和岛上的本地医生都没有办法彻底治愈他的这种病，台湾岛上气候十分闷热和潮湿，这使得郑成功身上的许多旧伤备受折磨，加上身患热疾，郑成功这几个月来身形越发消瘦了。
不过郑成功这个时候思路还比较清楚，他只道自己的大儿子有二心，他自己不愿意称王或者称帝，也绝不愿意自己后人有人僭越，所以特意在澎湖布置了一支水军，以防止金门突发变故，后来郑成功知道自己病体沉重，恐怕久拖难治，因此也不愿意引起明军的内乱，所以在金门有难的时候将自己布下的这支军队还是交到了自己长子的手中，希望他为了明军的未来着想，不要为了一己之私毁了整个明军。
明军这个时候已经在台湾岛上面安定了下来，岛上空地很多，郑成功一方面派遣军士在承天府（原赤嵌城）周边荷兰人原有的耕地周边继续开垦，一面吸引岛上的汉人前来承天府中入籍，吸引他们入籍之后鼓励他们参与到开垦的队伍中去，并按每户二十亩地实行均田制。
台湾岛上的汉人跟原住民高山族等少数民族素有不和，郑成功令人送信给几处较大的部落的首领，让他们下山来接受明军的调解，这些部落的首领畏惧明军的军事实力，不敢不来，郑成功将自己的调解方案当着汉人代表和部落首领的面宣读出来，在调解协议中郑成功规定岛上汉人和部族人地位平等，禁止互相殴斗，违者严惩，然后又答应安排传授高山族人种植的技术和优良的种子，鼓励他们和汉人进行通商，在承天府中定居，同时向他们部族中进行征兵。
高山族人这个时候已经稍显没落，经过了荷兰人几次大规模屠杀之后人口锐减，他们对于明军的到来本是十分畏惧的，因为在这之前他们在荷兰人的怂恿之下杀了不少汉人，因此当明军登陆之后他们很怕会遭到汉人的报复，这时见郑成功不与他们计较，还答应传授他们种植的技术，当然是十分高兴，虽然明军要在部族中进行征兵，但是这个时候也不由得他们不答应，于是这些个首领互相商量之后就都同意了。
解决了汉人和岛上的原住民的矛盾之后，明军的开垦进展明显加快了不少，只用了一个多月的时间，便开出了近一万亩的荒地，这个时候承天府的人口也不过六七万人，加上之前的一万余亩地，明军的军田是足够的，直等到将这些新田引来水渠，灌溉之后便可以种植水稻了，以水稻亩产六百余斤的明朝平均产量来算，两万亩地一次可以产量近五万石粮食，台南地区又是处于热带地区，普遍一年两季，年产量就在十万石左右了，养活承天府的六七万人是绰绰有余了。
按照林骥的建议，台南这一代地势平坦，雨水充足，应该多开垦田地，以增加产量，将来好养活更多的人口，林骥认为台湾岛地理位置优越，但是岛中的人口数量严重不足，制约了明军的进一步发展，他建议郑成功派遣明军多开垦荒地，用以吸引福建浙江、广东一带的流民和当地人到台湾来定居，以补充兵源和税收。
林骥的眼光看的十分长远，他敏锐地察觉到了明军的困局，更是指出了人口对于国家的发展的重要性，郑成功自然也知道这其中的厉害，他急于解决金门岛的战局就是想在战事结束之后着手处理此事，派人督办吸引和转移大陆人口到台湾岛上的事。
可是眼下荷兰人的援军即将到来，这一设想只能暂时延后，不得不等到击败荷兰援军再说。
荷兰人的援军由十二艘战船，三艘补给货船，两艘运兵船组成，一共有一千七百余人，其中陆军有九百八十人，荷兰人的出兵规模比郑成功预想的要大得多，他了解巴达维亚的情况，认为荷兰人不可能派出超过一千人的增援部队，但是不知为何，荷兰人这次的援军看上去像是巴达维亚的海军倾巢而出，陆军也出动了不少。
荷兰人用了二十多天才航行到了福建一带的外海，他们在休整了两三天之后驶向台湾，明军这个时候也早已做好了战争前的所有准备，水军将士全部登船准备好出征，士兵们将大量的火炮弹药搬运上船，明军将荷兰人在赤嵌城和热兰遮城的城墙上面的几十门火炮全部拆卸下来放到了大型战船上面，这种火炮要比明军之前的水军战船所用的火炮要重一些，火力和射程都要强上许多，明军经过了之前的大海湾海战之后认识到了自己战船与荷兰人的差距主要在于水兵的战术素养和火炮的威力上面，荷兰人的火炮射程更远，威力更大，给明军留下了深刻的印象。
台湾岛上的明军水军这时候有三十余艘大型战船，六十多艘小型船只，可用的战船数量接近一百艘，但是明军的战船质量不高，大船多是福船，适航性不错抗风浪能力很强，但是转向和加速性都远远的落后于西方的鱼形船，加上双方使用的船帆都大不相同，因此在海上荷兰人的船能够更快的速度和更加优良的加速度进入和脱离战场。
在这个还是前装火炮时代，火炮的射速十分缓慢，更快的速度意味着战舰被敌军火炮击中的危险越低，生存能力越强，大海湾海战中明军被荷兰人的战船击伤的众多，只依靠火炮和战舰的数量这才打败了荷兰人的海军。