那么日本列岛真的会沉没吗？这是一个融合了大陆漂移学说、地球物理学、地质学、海洋学、气象学、地震学等等的科学论证：
先说地球的内部构造，中心像蛋黄一样的是地核；周围像蛋白一样的是地幔；最外层的是地壳。地核分为内核和外核，内核是固体，外核是液体，中心压力三百万个大气压，温度高达摄氏六千度。地幔也有上层和下层之分，厚度大体是地球半径的一半——两千九百公里，其构成物质是橄榄石，与地核分界处有四千二百度，与地壳分界处大陆是六百到八百度，与海洋是最多两百度。地壳由较轻的陆地板块和坚硬的洋底板块构成，厚度最薄，大陆部分仅三十公里，海底仅有5公里，大陆块通过构成洋底地壳的硅镁层，像冰山一样飘浮在地幔上方较硬的板块上（如同站在一个直径五十厘米的气球的零点二毫米的薄膜上）。
再说，由于温度的差异和物质质量的不同，地幔层会形成对流。犹如气象学知识，冷暖气流峰面交集会形成云和雨，地球地核的不断膨胀和地幔的对流形成了造山造陆运动，以及大陆漂移。五千万年间，日本由紧挨着俄罗斯海滨边疆地区呈笔直走向的版图，向南移动了五六百公里，弯曲成东北和西南走向弓箭状的区域。（地球内部的、相对于地震波而言一直被认作固体的地幔，实际上是一种长期处于缓慢对流的物质；日本海沟正好处在大型地幔流上方的太平洋板块的沉降部；日本列岛是跨在地幔流前锋的锋面上；列岛的太平洋一侧由于钻入列岛下面的板块作用被下拉动，加上来自大陆一侧的地幔上升、日本海沟的扩大，使它承受了一种被推向大洋一侧板块之上的巨大力量。于是日本版图漂移改造了）
最后，地核由于压力、温度升高，不断扩张，引起地幔对流形态变化急剧、不连贯。地幔对流漩涡被分割得很小，这个契机点正是，日本列岛在太平洋一侧的地幔块急速缩小，当支撑点没了。日本也就沉没了。（像给容器里的水加热一样，温度低的时候，水面正中有个上升部，周边有个下降部。形成缓慢的对流；而高温沸腾时，整个水面都形成升沸点）
因此在电影中，用n2炸药填满钻孔、把将日本大陆拖入海中的洋底板块炸断，从而最终制止了日本的沉没。理论上说，这是不可能的。不过，书也是科幻。
日本人自己写了日本的沉没、自己拍了《日本沉没》，深度解读日本岛国的忧患意识。人说，中国的历史是一部饥荒史；而日本的历史，就是一部灾难史，在经历了千疮百孔的灾难后，日本人造就了匪夷所思的让人瞠目结舌的民族特性。想想日本右翼的所作所为，也是可以想象的。电影中，有句话比较深刻，“同所爱。同国家，生死与共”。和书里描述的一致，当得知日本即将1年内沉没，大多数人认为最好的办法就是什么也不做…这是一种怎样的精神呢？
其实，如果从日本文化的主体性来看，日本沉沦的主要威胁并不来自文化、政治与经济，而是来自大自然本身。包括政治经济文化在内各种属于人的力量，在巨大的自然变故面前显得是如此毫无招架之力，人所能做的，就是在有限的时间范围内尽可能地逃生。毫无疑问。这标明了日本作为岛国文明的一种强大的内在恐惧。为了逃避这种恐惧，日本不得不千方百计地去占有“大陆资源”，甚至不惜对其他陆地国家和民族实施武力征服和掠夺。
影片结尾，国家救灾部门炸断了拉动日本下沉的地质板块。终止了灾难的进一步蔓延，但日本这个国家却为此付出了死亡8000万人口的高昂代价。我们看到，我们所熟悉的那些代表日本文明的标志物：东京、大阪、京都、奈良……毫无例外成为一片死寂的废墟，为日本划定了重建历史与文明的一个可怕而苍白的起点。
这就是日本文化的一场恶梦，随着地震、火山等地质灾害的频繁光顾，这场恶梦将时时伴随在日本现代社会左右。成为日本人心目中挥之不去的一幅末世图景。在剧情中，面临沉没的日本不得不向国际社会和周边大陆国家发出呼救信号，恳求他们接受总数高达2000万的难民。在影片中，与日本宿怨甚深的中国，与太平洋彼岸的美国一道，慷慨地向日本难民伸出了援手，而在欧洲，日本难民却招致来自民间的强大抵制。
从释梦的角度说，这一剧情恰恰可以被被看作是对日本现实国际关系格局隐患的一种象征和反置。剧情一开始，自信的美国地质权威为日本提供一个虚假、错误的灾难预警，以致于日本政府面对突然而至的灾难猝不及防。而到剧情后部，欧洲因为大量日本难民的涌入而爆发反日浪潮。在日本现实政治和国际关系层面，欧美恰好是与日本关系最为密切的战略同盟者，为什么它们在剧情中却成了难以依靠的伙伴了呢？
其实，日本人心里很清楚，欧洲毕竟太遥远，一旦日本真的陷入生存困境，欧洲往往处于鞭长莫及的位置。二战时期，日本与德意结成轴心国，不但不能从德意那里获得足够的战略支援，相反，日本必须恪守轴心国义务，将本已有限的兵力过度投入到东南亚战区，以致于日本国民产出最终被漫长的战线消耗殆尽。因此，在历史上，日本曾为此维护日欧同盟关系吃过大亏。美国当然也是不可信任的，相比较于美日双边关系，美永远只会把自己的国家利益摆在第一位。并且在日本人心目中，美国一面是天使，另一面却是最为凶残的恶魔，他们在日本扔下的两颗原子弹，足以让日本子子孙孙永远感到如芒在背。
那么，日本该信任谁？依靠谁呢？影片给出的答案是中国。可这又与日本的政治现实形成了一个明显悖论。按照目前的中日关系格局，假设日本真的碰到如影片描述那样的国家灾难，中国可能成为它的战略救助者吗？假设中国政府宽宏大量，想必也会尽力为日本提供必要的救灾物资，但是否敢于接纳日本难民，恐怕就不是政府能轻易表态的问题了。我们设想一下，假如对日本结怨已久的中国百姓，突然有一天不得不去面对几百万日本难民的涌入，他们两者之间，难道真的能和平相处下去吗？
所以，唐宁认为影片创作者还是多少触及了一些日本现实文化的深层忧患。特别是在反思日本“脱亚入欧”政治战略和重置日本与亚洲邻国关系等方面，甚至可以说，艺术家表现出了比某些政客更为现实，更为睿智的认知态度。。