按说宋朝的军制是枢密院掌军机，而三衙统兵。三衙中主要负责宫廷警卫的是殿前司的诸班直，而皇城司本身不是军队，但里面多有才力武勇之士，这都是从军中选出的最为骁勇的军士，总数大概是三四千人。也用了一些军官统领。如此设置，就是让皇城司和殿前司互相制约，防止异动。
在拱卫皇城的同时，皇城司还承担一些政府机关的警卫任务，负责一部分的禁卫工作，而且职责更细。先皇宫的各门都是由皇城司负责看守，进出皇宫的令牌和门号也是由皇城司负责放和管理。在皇宫里皇帝身边的护卫都是属于皇城司的，有的是武官也有宦官，一般都是皇帝非常亲信和武勇之人。
另外还有三卫的设置，这些人都是官员家属子弟，所担负的也大多属于礼仪的任务，但由于贴近皇帝身边，选用还是很严格的。比如在上朝时立于殿上两旁的亲卫官，要求是后宫嫔妃或正任观察使、翰林学士以上的官员子弟充任。
皇城司的第二个职能：刺探民情。其前身是太祖时设立的武德司，当时就派人四处刺探，甚至远及四川。负责监视军队、侦察民间舆论、监视官员的活动，防备敌国探子。宋太宗时改名皇城司，后又下旨禁止皇城司逻卒出京城活动，从此后一般无特命，皇城司一般都只在京内活动。
皇城司的人员也分两部分，一部分称亲从官，管警卫；另一部分称亲事官，也称察子，这些人就管在京城各处，下至花街柳巷、上至政府大臣，探听大小消息，人数也从最初时的几十人展到最多时的七千余人。不过他们只负责侦察，一般不管具体的案子，从而不能侵害有关司法机关。它逮捕的人犯都要移送开封府处理，自己没有审判权和监狱，这样枉法的可能性就要小得多了，名气也不及明朝的锦衣卫、东、西厂。
不过赵昺这货来到这个世界后哪里知道这些乱七八糟的部门干啥使的，加上行朝在逃亡途中机构也不健全了，多是有名无事。他当了皇帝后就把原来卫王府内府的一班人都统统划归皇城司统管，同时也打破了原有的结构，警卫工作已有御前护军接管，刺探部门仍归属事务局，此外又把总计司划入管理左藏库和内府账目及审计各部预算，把匠作院依旧划到自己的名下。把原来参议司编余的一般书办、胥吏留在身边，改称御前办，负责文字工作。
御前办刚刚成立之初只有林之武、蔡乔和蔡若水三人，后来又调来了江宗杰、陈则翁的长子陈识时和庄氏兄弟的老五庄公从。这几个人或是世家子弟，或是官宦人家出身，家学渊源，且有些见识，做事也谨慎。但是错过了好时候未能参加科举，没有能谋得官身，因而只是普通的士子。
以致后来赵昺想借审官之际给他们安排到各部或下放地方当官都不好做，后来成立军机处，赵昺又把林之武等三人送到那里锻炼。可一段时间后，三人还是因为功名的问题只能做些抄抄写写的杂务，觉得没有什么意思便要求回来，而赵昺事情也逐步增多，却缺少可信任的人就同意了。
于是起初只是一批追随赵昺奔走的参军、书办及帮胥吏，开始只是协助他处理各类函件、公文，甚至缺人手的时候还要做些跑腿儿，搬搬抬抬，照顾皇帝起居的杂务。不过随着他权力的日增，这些‘勤杂’人员的规模与组织亦日渐扩大，于是赵昺就给这帮小白们专门设置了一个部门——御前办，归属皇城司名下。按照现在的说法御前办就相当于总统办公厅了，这个部门级别不高，但是每日在皇帝面前晃悠，称得上近臣了。
赵昺将御前办分成了四个室：一室负责警卫工作，协助护军统领制定警卫计划，安排出行路线，联系所经州县和驻军协助；二室负责对各处送来的公文、奏表分类整理，上送下达，并存档保管，起草诏书；三室负责政经及情报业务，收到做出初步的分析、判断，联系相关部省；四室负责调查天下地理、江河、矿产，堪舆绘图及监测天文气象；另外还有一个参议室，但是暂时没有合适的人选，因而有名无实。
从功能上，皇城司既是参谋本部，也是特务情报局，既是组织部，也是监察部，既是财政部，也是改委。如此一来赵昺通过这个完全服务于自己的皇城司，加上军机处就得以将自己的掌控力深入朝廷的方方面面，特别是关键的人事安排。可以说小到一个县丞的任免，他都能有效管理，因为已经有大量的人力将详细的人员考察功课做好了，无论是其个人能力还是未来展、家庭情况已经更为重要的裙带厉害关系已经摸清楚了，这堪比天朝的政审。
在这种体制下，执行力是非常高效的，做事一气贯通，很有集中力量办大事的范儿。在面临危机的时候，也可以进行果断处理，而不必等那帮官僚机构按部就班的去做。不过权力的过度集也并非没有缺陷，一旦出了问题就是大问题，因为帝国的整个免疫系统都可能出了问题。可在这种生死存亡之际，赵昺也顾不得许多了。
现在成立新军的事情势在必行，赵昺立刻将皇城司各路力量动员起来。先令四室主事江宗杰马上按照自己的要求在琼州寻找一片适于的场地；然后着令一室主事林之武会同护军都统倪亮挑选适合的兵丁；二室的主事蔡乔联系兵部挑选训练官。
又命总计司的郝云通从内库拨出专款五十万贯制备建设营地，制备军服、器械及一应所需。至于编写教材和督促武器生产，只能由赵昺自己做了，他先列出了所需书籍和资料清单，让各室的书办收集整理备用，监督办武器生产事宜只能自己做了……
赵昺安排完一应事务，来的淡泊阁的工作室，原本宽大的屋子现在已经略显得狭小了，只两门火炮就占据堂上的一大片，而枪架上一溜摆着二十多支各式的火枪也占了一面墙。他走过去用手逐一拂过，这些枪各式各样，其中既有模型，也有样品，更多的却是失败的残次品。
赵昺拿起排头的一支枪，这是早期的一支火绳枪，足有二十多斤重，也是他试制的第一支火枪，沿用传统的方法制造。此枪射的半两重的铅弹，百步之内能击穿铁甲。与历史上记载的各项参数基本相符，但是缺点也是同样的，不但精度差，而且比较笨重，必须架在叉形支架上使用，只能以密集队形齐射用来对付同样密集队形的敌人。
虽然火绳枪可以阻止冲锋的骑兵的‘远程’武器，可最要命的是火绳枪击火药的火绳，在战斗前和战斗期间必须保持闷烧，在风雨天气容易熄灭，因此火绳枪在机动作战和夜间战斗中价值不大。而火枪手最致命的缺陷是在装弹度慢，且影响射，容易遭到攻击，这使得火枪的使用效果大受影响，不得不依靠其他兵种的掩护才能作战。
因为火绳枪制造简单，现有的技术也能支持，尽管存在着诸多的缺点，他试图进行改进并将其小型化，但是结果却不如意。装药多了容易炸膛，少了威力不足，尽管他安装了准星命中率仍很低。且由于机械水平差，子弹和枪械的配合很难做到精确，只好留下较大的公差，这样的话，射击的时候，子弹在枪膛里被火药气体推着，磕磕碰碰向前跑，出枪口的时候，往哪边跳还真不一定。
经过多次改进后，在五十步的距离上，面对三尺宽、六尺高的靶子，命中率仍然不足五成。这个成绩实在让赵昺不能接受，也想到火枪诞生的初期，选择排队枪毙的方式进行作战也是无奈的选择，反正大家都是平端着枪，一起开火，瞄准的虽然是甲，也许就命中了同一水平线上的乙。而赵昺可经不起这样的消耗和折磨，干脆直接将其屏弃了。
火绳枪的试制失败，让赵昺先掀起一场机械和冶炼改造的热潮，毕竟工欲善其事必先利其器吗！在获得了合格的材料和专用机械后。他知道自己也造不出现代的枪械，转而选择了力所能及，又比火绳枪先进的燧枪，这也是经过近代军队多次战争检验的兵器。
燧枪源于钟表匠的明，后来经过不断改进，其利用击锤上的燧石撞击钢片，产生火花，引燃火药，国人当时称之为“自来火枪”。儿好处自不必多言，先较之传统的火绳枪，燧枪在有风条件下挥如常，击成功率更高。加上不必带明火，在夜晚中不易暴露目标，射手不再需要随身携带几米长的火绳，从而减轻了士兵负担。
更重要的是，燧枪装填更简便，射更高，而且比火绳枪更安全，射手可以排成非常紧密的阵型，以线列战术对敌。同时，随着刺刀和空心方阵战术的普及，英国步兵靠着手中的燧枪，已经可以与当时世界上最优秀的骑兵对抗而不落下风。
赵昺完全按照自己的记忆复制了最‘新型’的燧枪，当然这只是结构上，而非一丝不变，毕竟现在用的是宋尺、宋斤，英制、公制还都没有影儿。第一支样枪长四尺五寸，重八斤六两，口径半寸，枪托采用椴木，枪管和击采用铁制，其它配件采用熟铜打制。
在试射时，装药赵昺也完全仿着记载中的方式，采用定装纸包子弹，铅制弹丸。步骤比较复杂，大体上，先平端火枪，打开燧火药槽，用嘴咬开子弹包，倒一点火药在火药槽里，然后再把枪立在地上，从枪口把火药和子弹装进去，用通条压实，然后再勾动扳机射击。当然也并非一次便成功了，经过几次调整后火机构才磨合好，成功的射出了第一颗子弹。
果然燧枪比之火绳枪重量降低大半，射程也增加到一百五十步以上，不过命中率却没有明显提高，与记载还有差距。于是赵昺又按照样枪造出了五支燧枪，边试射，边调整。一个是为了找到合适的装量，一个是为了检验枪管和击机构的抗疲劳性，直到将这五支枪全部打报废为之，第一批燧枪剩下的就剩自己陈列的这一支做纪念了，但也采集了足够的数据进行改进。
随后按照采集的数据进行了调整，又造出五支实验枪，并加装了刺刀卡笋座，再次进行实验。也许是枪手掌握了技巧，在百步的命中率能达到七成了。而枪管平均寿命为五百，击机构在射一百后，点火率开始下降，三百以后点火率就不足五成了，经检查主要还是弹簧片出现了问题。
到了这种程度，赵昺以为可以用于实战了。而唯一仍让他不满的是射度，仍没有达到记载中每分钟三的平均度。后来采用新西兰毛利人的装弹方法，他们不用通条将火药压实，而是填装完毕后直接在地上墩一下，借助惯性将弹丸送到位。结果试了半天，只有手劲最大的倪亮做到了。
“唉，他的脑子是怎么长的，我怎么就琢磨不透呢？”赵昺看看枪架上最后一支枪，那明显还是个半成品，可却叹口气喃喃道……