1、中央
东汉中央政府的官员分省官、宫官、外官三大系统。内官、外朝的区分古已有之，而在宫廷之中，皇帝日常起居的区域称省中（亦称“禁中”），因此内宫官员中又有宫官与声官的区分。
在皇帝身边执役、照顾皇帝日常生活的是宦官，省中的宦者均隶属黄门令管辖。省内的禁卫工作亦由宦官但任。
尚书台是皇帝的秘书机关，其官署设在宫廷之内、禁省之外。它的主要执掌是管理章奏文书、起草诏令，但实际上政务都由上书抬代表君主执掌，权力极大。上书台设长官（令）一人、副长官（仆射）一人，下设尚书六人分十八人。沟通上书台与皇帝联系的官员有侍中、中常侍、黄门侍郎等。其中，侍中由士人充任；中常侍、黄门侍郎则由宦者承担。侍中有事才入禁省，中常侍、黄门侍郎则日常居住在省中，因此，虽然三者之中侍中的级别最高、中常侍次之，但与君主的亲密程度，则以中常侍为最。宫内省外的禁卫工作由九卿中的光碌勋与卫尉负责，光碌勋偏于内，卫尉偏于外。光碌勋下属五官、左、右、虎贲、羽林等五名郎将，中郎将以下有中郎、侍郎、郎中等官。光碌勋的禁卫力量是郎官，卫尉的禁卫力量是武装卫士，所以，卫尉在宫卫事务中的地位相当重要。
外官主要有三宫九卿，他们是中央政府的主要行政官员。
三宫指太尉、司徒、司空，他们的品级最高，名义上的职责是辅导皇帝主持国家政务；三公之上还有太傅，其职责辅导皇帝，但不常设。东汉的实际政务都同属尚书台，因此，三公、太傅如没有“录尚书事”的头衔，就是没有实权的虚职。三公的属官有长史一名，掾属、令史、御属各二、三十名。其中，长史是三公的主要副手，掾、属是分管具体事务的部门负责人（掾是正职，属是副职），除长史由朝廷任命外，其他属官均由三公自行聘用。
九卿是太常、光掾、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府。他们各自分管的政务是：太长掌典礼，光碌勋、卫尉掌宫省禁卫，太仆掌皇帝车马，廷尉掌司法，大鸿胪掌接待诸侯与少数名族，宗正掌皇族事务，大司农掌国家财政收支，少府掌皇帝器用服饰。九卿各官的长官是卿，副职为丞；其下分设各官管理具体事务，大体以令为正职，丞为副职。
与九卿级别相当的外官（亦称“列卿”）还有执金吾、将作大匠、大长秋等。其中，执金吾负责宫廷之外、都城之内的治安（都城门另有城门校尉负责守卫），将作大匠负责宗庙殿堂、宫室陵园等土木工程，其副手为丞，下属的部门负责亦以令为正职，丞为副职；大长秋主管皇后事物。性质与就卿中的少府类似，由宦者担当。皇位继承人太子正式确立之后，有专门隶属太子的东管宫。其设官大体与政府类似，但分级没有后者细密。东宫官职均冠“太子”，如太子太傅、太子少傅、太子家令等。
在军事方面，相当三公的中央高级官员有大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军，相当九卿的有前、后、左、右将军，均不常设。其属官与三公相同，唯在长史之下另有司马一人，主管军务；从事中郎二人，职掌参谋，均由朝廷任命。将军直接领兵的，在部、曲、屯等建置上分别设校尉、司马、军侯、屯长等统兵官。
常备军由中央与地方军（郡国兵）组成。中央军中，京师卫戍部队由城门校尉统领，野战部队（北军）由北军中侯统领。北军下辖五个兵种的部，番号分别为屯骑（骑兵）、越骑（特种兵）、步兵、长水（水军）、射声（弓箭）。长官为校尉，副职司马。全军总数约五千人不到。北军平十卒驻屯在京城长管君主宿卫、助理首都治安，发生战事就成为组建出征步枪队的核心。地方上的郡国兵经东汉初期多次裁撤、削减，只剩下边郡与内地关隘的少数驻军。遇有战乱，都是临时募兵或抽调京师北军出战。
2、地方
东汉的行政区分为郡（国）、省二级。郡之上还有监察区性质的州。
州的长官为刺史（中平五年改称州牧；京畿地区的司隶部长官特称校尉），其主要职责是巡察下属郡国政务，年终遣吏到京城向司徒府汇报（上计），劾奏不称职的郡国长官。属官有从事（亦称掾史）、假佐。从事有治中从事、别驾从事、簿曹从事、兵曹从事、部郡国从事等，均由州长官自行聘用。治中别驾是州长官的主要助手，在从事中地位最高；簿曹掌文书；兵曹掌军事，仅在有军务时设；部郡国从事，每郡国一人，负责纠劾郡国长官、按治郡僚属，其地位仅次于治中、别驾。假佐是州长官的低级属官，主管文书，其中的典郡书佐分管州所属郡国的有关文书，每郡一人，由郡史轮流充当。
郡的长官称太守（因太守兼领武事，故别称郡将；州治所在郡的长官称尹），根据郡的大小、没恶，太守的级别有中二千石至八百石六级。郡内原设有专掌军事的都尉，在建武六年之后，边郡常设，内地大多不设。每郡的都尉，为一至五千人不等。都尉在一人以上时，在郡之下分设都尉辖区。有时，在不足设郡的地方，亦设置过渡性的都尉区（属国都尉）进行管理，其性质相当小郡。郡太守助手为郡丞（边郡为长史），由中央任命。此外，郡府的僚属有：功曹，掌管郡内一切人事；主簿，掌管文书；督邮，主管纠察属县、监管本郡官民；掾、史‘，分曹办理郡政，掾为正职，史为副职，每曹有办理文书的书佐。又设三老，帮助推行政施和教化。郡府僚属由郡太守自行聘用，其的位以功曹最高，依次为主簿、督邮等。郡都尉的僚属与太守类似，亦由郡都尉自行聘用。
分封给诸侯王的郡称国，其行政级别与郡相等。王国的官属分两个系统，一是类似于郡官的民政系统，有相（相当太守）、长史（相当都尉），其属官亦与郡大体相同；一个是管理诸侯王生活、禁卫的官属，如郎中令（相当光禄勋）、仆（相当太仆）、治书（相当尚书）等。此外，王国还设有类似于太傅的傅，负责辅导诸侯王，级别等同于王冠相。
分管少数民族的使匈奴中郎将、护乌桓校尉、护羌校尉，级别与郡太守相当，其属官有从事、掾，无定员，根据事务多少而设。
县的长官为县令或县长，级别从千石至三百石不等。下设属官有；丞一人，管理文书、仓狱；县尉一至二人，管理治安；主簿、功曹、掾、史，均与官类似；三老，掌教化。县的长官由朝廷任命，但州郡也可以过问县的人事，县长官或丞、尉出缺又无合适人选的，上级机关可派出属官或另行任命他人代理。县长官的行政事务，受郡府的监督，每年年终要向郡长官汇报功作（上计），听侯考核。
分封给列侯的县称侯国，其行政级别与县相等。侯国的官属也像王国一样分两个系统：主管民政的是国相，相当于县令或县长，仅负责向列侯交纳租，行政上则听命于郡；列侯的家臣有家丞、庶子各一人（不满千户的侯国不置家丞）。
此外，与县的级别相当的地方行政单位还有道（境内有少数民族的县）、邑（封赐给公主的县）及郡所设的盐官、铁官、工官、都水官。道、邑的官属与县、侯国差不多，郡在县境所设盐铁工官等，由县暑调拨属官理事，不另外设置官属。
县以下的行政单为有乡、亭、里，大体是百户为一里，十里为一停，十亭为一乡。乡的长官为秩、啬夫，令有游徼掌治安、乡佐收税、三老掌教化；亭设亭长主管治安，令有亭侯、亭卒；里的长官为里魁。乡、亭、里的官员一般由郡、县等上级机关任免。
3、东汉末年的变化
（1）建安十三年罢三公官，设丞相，由曹操但任。其官属设置与三公略同，以服务于军事的居多，如领军、护军、军师、军师祭酒、军谋掾等；长史之下设有主簿，约为三至四人，负责典掌机要，出纳教令。此外，还设过校事一职，用以监督臣下。
（2）常设四征（东南西北）、四镇（东南西北）将军，地位相当九卿，官属设置与领兵的将军相同。
（3）地方上的州正式成为郡以上的行政单位，掌有行政实权。
（4）曹操被封为魏王后，曾设秘书监、丞以统辖上书奏事。这是上书台流为一般政务机关的先兆。