左宗棠总是以自己是一个好农夫而极端自豪，他对促进甘肃的农业发展具有浓厚的兴趣。他积极办学，既为回民，也为汉民。由于所有书本都在战争中毁失，他在西安建立了一所印刷厂，木刻刊印《四书》全本，自己掏腰包支付费用。他坚信人们应该汲饮儒家智慧之泉，坚持让回民在他的学校里学习孔孟之道。他还致力于改造兰州城，有效地改变了城市风貌，以至于在这位伟大的总督去世以后很久，兰州城貌仍然引得旅行者注目。
他的兴趣和关注远远超出了总督本职工作范围。他对俄国的蚕食感到十分不安，非常关心日本方面新的发展。俄国人以伊犁地区动荡不安为借口，于1871年侵占了伊犁，并照会中国政府：他们的目的只是为中国代管，直到中国人有能力维护该地区的秩序为止。1873年初，总理衙门（外交部）写信给左宗棠，询问有关伊犁问题的看法。左宗棠回答如下：
上年曾两奉钧谕，并与俄使辩论各节及折稿，谨聆一是。因察访关内外兵事，久稽奉复。元日复奉上腊十九日尊函并疏稿，及与俄使议论各节略，俄人久踞伊犁之意，情见乎词，尊处持正论折之，实足关其口而夺其气。惟自古盛衰强弱之分，在理而亦在势。以现在情形言之，中国兵威，且未能加于已定复叛之回，更何能禁俄人之不乘机窃踞？虽泰西诸国亦知此为不韪，不敢遽肇兵端，然既狡然思启，必将不夺不餍，恐非笔舌所能争也。
荣侯深入无继，景都护兵力本单，后路诸军久成迁延之役，兵数虽增，仍多缺额，且冗杂如常，并无斗志，望其克复要地，速赴戎机，实无把握，并虑徒增扰累，以后更苦无从着手。甘、凉、肃及敦煌、玉门，向本广产粮畜，自军兴以来，捐派频而人民耗，越站远而牲畜空。现在仅存之民，已皮骨俱尽，屯垦之地，大半荒芜，年复一年，何堪设想！宗棠所以有从内布置、从新筹度之请也。
就兵事而言，欲杜俄人狡谋，必先定回部，欲收伊犁，必先克乌鲁木齐。如果乌城克复，我武维扬，兴屯政以为持久之谋，抚诸戎俾安其耕牧之旧，即不遽索伊犁，而已隐然不可犯矣。乌城形势既固，然后明示以伊犁，我之疆索，尺寸不可让人，遣使奉国书与其国主，明定要约，酬资犒劳，令彼有词可转。彼如知难而退，我又何求？即奸谋不戢，先肇兵端，主客劳逸之势攸分，我固立于不败之地。俄虽国大兵强，难与角力，然苟相安无事，固宜度外置之。至理喻势禁皆穷，自有不得已而用兵之日，如果整齐队伍，严明纪律，精求枪炮，统以能将，岂必不能转弱为强，制此劳师袭远之寇乎？
就饷事而言，西征诸军各有专饷，如肯撙节支用，无一浪费，无一冗食，或尚可支。今乃以拥多兵为名，不战而坐食，惟知取资民力，竭泽而渔，不顾其后，往事之可睹者，
已如斯矣！欲从新整理，非亟求实心任事之人，重其委寄，别筹实饷，于肃州设立总粮台，司其收发，并将各军专饷归并为一，相其缓急，均其多寡应之不可；非核其实存人数，汰其冗杂疲乏不可；非定采办价值、差徭款目不可；而尤非收回各军专奏成命不可。此亦宜及早绸缪者。
要之，目前要务，不在预筹处置俄人之方，而在精择出关之将；不在先索伊犁，而在急取乌鲁木齐。衰病之躯，智虑耗竭，何敢侈陈大计？既蒙垂询及之，不敢不毕献其愚。
在一封有关日本的信函中，左宗棠注意到了他们迅猛的西方化，特别提到了他们的海军。他强烈呼吁跟日本人建立自由而无限制的关系，总之要培育与所有西方国家的交往。他认为必须积极地接触外国人，取得平等的地位，维护国家的威望。［7］
左宗棠一直关注着他在福州创建的船政局，持续了解那边的每一步进展。他甚至建议福建省把本来应该为他在甘肃的部队提供的军饷截留一大部分，用于推进海军工程。他的活动与兴趣范围表明他有惊人的能量，我们尤其不能忘记，他已经过了60岁。
肃州是甘肃回民军最后的根据地。他们的堡垒一座接一座倾倒，每倒下一座，就会有许多幸存者逃向其他中心。就连河州也有许多回民不满马占鳌的投降，跑到了西宁。在西宁易手之后，许多幸存者逃散于西宁以北地区，大通一时成为东干人的活动中心。这个山区的大雪使作战非常困难，但刘锦棠挥师急进，使回民军无暇休整。1873年2月，西宁回民军首领马桂源投降，被押送到兰州，在这里被处以磔刑，这是处置特大罪犯的刑罚。
此年春季，来自整个陕甘的数万名回民军余部出现在肃州地区。在1871年晚秋，苏占彪已经回到了他那支奉命从中卫前往甘州解围的6000人的部队。他于1872年从凉州推进到甘州，在河州易手之后得到了若干增援，得以开进肃州地区。此年秋季，他跟著名的陕西回民白彦虎交手苦战。白彦虎肯定不是等闲之辈。从陕西到喀什噶尔，他一直与左军作对。在10年的苦斗中，他从未试图防御一座城市，从未让自己遭到包围，总是在左军合围之前就溜走了。他在西宁时，发现这座城市不可避免被围，便拍屁股走人，到北面去阻击苏占彪。
1873年2月，左宗棠开始大规模向肃州地区调兵。金顺从宁夏西进肃州。张曜驻扎在凉州以北的镇番。宋庆、杨世俊、陶生林和其他将领在官道上前进，通过凉州、甘州和高台。自从汉代以来，这条路就是中队和影响力进入中亚的主动脉。苏占彪在春季已经封锁了通向肃州的道路，切断了所有的供给。宋庆于5月份抵达肃州。这时左军的兵力已足以对该城合围。
肃州的城墙坚固异常，四周有宽濠环绕，深逾40英尺。城东有一座围墙的附城，名叫东关。在中国的围城当中，肃州独具一格，没有西城门。苏将军于7月13日把保护附城的城墙炸开了一个长约100英尺的豁口，试图占领附城。他的攻击预备出了纰漏。他未能安排部队迅速跨越壕沟，于是被守军击退。然后他设法用土和岩石把壕沟填平了一大段，修筑了一条通向城墙豁口的道路。7月30日，他在金顺和宋庆的协助下猛攻东关。回民军关闭了进入主城的大门，让门外的守军拼死抵御。部队执行了主帅的命令。苏占彪经过惨烈的近身肉搏战，占领了附城，斩杀了回民军大将马得振及其全部部属。苏将军在战斗中左脚负了重伤。左军在东关城墙上修筑起炮台，俯瞰肃州主城，使回民军大为震惊，于8月19日拼死反攻，企图夺回附城。苏占彪差一点被赶出附城，多亏得到迅速的增援，才站稳脚跟。《年谱》作者说他紧扎伤脚，不顾痛楚，始终在指挥战斗。
在此关头，指挥体制的中国特色凸显出来，有可能使肃州周边的作战延缓下来。金顺是满人将领，是为数极少的几个与左宗棠相处融洽的满人将领之一。但是，作为一个满人，他并不直接隶属于左宗棠。在理论上，他直接听命于皇帝。他喜欢左宗棠，从不给左总督添乱。可是白彦虎率领一大支攻击部队出现在肃州以西的敦煌，皇帝命令金顺西进攻剿白彦虎，同时命令左宗棠为这路兵力提供所有军需和运输。左宗棠向皇帝奏报，说他这里离不开金顺，而且无论如何也无法维持这路兵力的军需。他说，白彦虎总是四处游击，不必为他感到不安。如果金顺移师敦煌，白彦虎在金顺赶到时肯定会跑得更远。金顺没有西进，但在几周内给战局注入了不确定的因素，毫无必要地影响了作战的指挥。
左宗棠觉得他有必要亲临肃州，于1873年9月10日离开兰州，于10月3日抵达肃州。第二天，他亲自巡视城市周边的所有工事。《年谱》作者说，当肃州回民首领马文禄看见左宗棠的旗帜在肃州城四周移动，他就绝望了。10月5日，他派人向左宗棠求降，提出的条件是将他的部队编入清军，他会率领肃州回民攻剿白彦虎的部队。左宗棠断然拒绝他的请求。10月6日，左军发起全面攻击，但在每一处都被击退。
苏占彪已经在东城墙下两处以及东南角上埋设地雷。东城墙下的一处地雷于10月7日引爆，在城墙上炸开了缺口，苏占彪试图从缺口突入，被守军击退，损失惨重，副将阵亡。10月10日，另两处地雷埋妥，同时引爆。突击部队到位，试图占领两处缺口。将领杨世俊和500名官兵在东南角上的缺口处阵亡，而突击东城墙缺口的部队遭到重挫，被迫退回。
左宗棠认为强攻代价太大，而时间对敌军更重要，他可以用饥饿来逼迫敌军投降。他下令环城修筑壕沟与壁垒，要达到“不容一鸟飞出”的坚固程度。
回民军陷入了悲惨的处境。粮荒从仲夏就已开始，如今饥饿已让城内居民付出了沉重的代价。左军的大炮在不断地轰击。几周以前，左宗棠就把专家赖长调来肃州，为他的炮兵担任顾问。他在这里试验他在兰州制造的枪炮和弹药。他说他使用了兰州造的2400发炮弹，对效果甚为满意。刘锦棠于10月30日从大通赶来，左宗棠兵势大增，他在考虑再发起一轮总攻。
1873年11月4日，马文禄单独来到左宗棠的大营投降。左宗棠当面告诉他：他可以投降，但他不会得到宽恕。接着，左宗棠命令所有甘州、西宁、河州与陕西的回民出城，把他们分派到不同的堡垒中。他从这些回民中选出1573名较为勇健的男人，下令处死。马文禄及其他8名被认定为首领的回民，被处以程度较轻的磔刑。11月12日，左军开进肃州，屠杀了4000回民。900名老人和妇孺留下了性命。以上的数据都是《年谱》提供的，但人们普遍认为死于肃州的回民人数超过了这些保守的统计。《年谱》作者说先前有3万名非回族中国人住在肃州，但在该城易手时只有1100人离开。所有活着的造反者被运送到甘肃东部，没有一个回民留在肃州。
那时候长城是甘肃的北部疆界，末端是肃州以西约20英里的嘉峪关。往北就是蒙古，而嘉峪关以西是新疆。随着左军攻占肃州，陕甘的回民运动落下了帷幕。左宗棠曾于1868年9月25日向慈禧太后奏答，他需要5年时间平定陕甘，看来当时他的猜想非常接近实际。他于1868年11月26日抵达西安，从那时起直到1873年11月12日最后战胜肃州的回民军，只比他估计的时间少了两周。
注释：
［1］《年谱》，第6卷，第3页。
［2］《年谱》，第5卷，第4页。
［3］《年谱》，第6卷，第13－18页。
［4］安德鲁斯：《中国西北的回教势力》，第85－86页。
［5］普瑞捷瓦尔斯基：《蒙古》，第2卷，第135－136页。
［6］安德鲁斯：《中国西北的回教势力》，第86页。
［7］《年谱》，第6卷，第12（a）页。