三天之后，日本官方总算对发生在东京驻日公使馆的暴行做出了回应，一方面是因为在这次不幸事件中有日本外务省官方人员遇难，另外一方面更是考虑中国军方扣押滞留在华的外交人员和侨民的压力。日本外务省决定聘请第三国调查小组，对东京中国驻日公使馆进行详细的勘察，然后调查小组亲赴中国向南京总统府做出正式报告，继而协商赔偿问题。
中国外交部当然很清楚这是日本人的一场作秀，目的就是通过所谓的“第三国调查小组”，把日本政府文明的一面传播到世界上，顺便还能与中国军方报复性扣押日本公民做一个比较。不过外交部并没有太在乎这一点，而是反反复复在各大报纸和通讯机构中强调中国驻日使馆当日发生的惨况，包括十三岁小女孩遭到严重侵犯。
至于在交涉方面，伍廷芳奉行吴绍霆的指示，决定向日本索要现金赔偿。只是这一切还要等“第三国调查小组”经过一系列程序之后，才能进一步展开交谈。南京总统府已经做出了预计，向日本索赔的金额百分之八十支付给遇难者，剩余百分之二十则纳入国库，尽管从名义上这么做不好，可如果没有国家做后盾，日本绝不会支付这么昂贵的赔偿金。
同样是在这一天，在金州集结完毕的东北三省第一路军，开始向旅顺要塞发动进攻。从另外一个侧面来讲，东北三省第一路军在这个时候投入作战，多多少少都给人一种彷佛是在响应东京使馆事件似的。
尽管今天距离开战已经故去了将近十天时间，中朝边境的三路大军早已开始行动，而东北三省第一路军在自家境内却显得不紧不慢，直至今日才正式发动第一轮进攻。这主要的原因并非是因为第一路军的自身因素，而是为了协调整个中日决战大局的战略部署。
客观上来讲，第一路军需要整顿刚刚收归国有的南满铁路，铺设军用交通系统，其次则是要与青岛德军司令部的步调达成一致，确保随时随地都有海军舰队前来支援。除此之外，延缓第一路军的进攻日期，对开战前期的经济开支有极大的减负。
在集团军司令部战略会议上，蔡锷制订的主体战略是在正面战场获得绝对优势，而在旅顺租界的战场上仅仅是辅助主体战略，将旅顺租界演变成日本军事整体的一个持续流血伤口。因此在收回南满铁路之后，仅仅是在金州一线与旅顺形成对峙，牵制第五师团在旅顺一动也不敢动，并不急着发动进攻。
事实上，在东三省第一路军完成编制并陆续开进金州之后，第五师团已经失去了撤离旅顺的最后机会。对于第五师团来说，在经历了青岛战争时期的大轰炸后，面对早有准备的中国军队兵临城下，他们甚至连主动发起进攻的信心都没有。
日本陆军省和参谋本部在这件事上一直感到很懊恼，只能指责中国单方面突然开战，导致整个计划都被阉割了最主要的一部分。参谋本部不得不承认，第五师团现在成为了瓮中之鳖，更贴切的来形容就是成为了中国的人质。以第五师团的兵力，即便动员旅顺的所有侨民参与作战，最终只能是被动的防守，如果在中朝边境的正面战场上无法奠定优势，第五师团永远不可能发起反攻。
不仅如此，日本海军还要分担更多的压力，第五师团常备兵力一万多人，总不能眼睁睁的放弃他们不闻不问，既然失去了南满铁路的陆地交通线，那就只能依靠海上运输来为第五师团提供后勤保障。虽然从六月五日开始，趁着德国远东舰队还在准备期间，日本通过雇佣第三国商船紧急向旅顺输送了几批物资，可这些只能应付一时之需。
从六月十日开始，中国宣布了渤海、黄海军事限制令，规定辽东半岛附近沿海属于交战区，所有未经许可的船只禁止靠近军事限制海域。这天开始，旅顺要塞彻底陷入交通瘫痪，而日本本土要想继续援助旅顺，就必须依靠军舰护航。
金州南部的第一天交战并没有像丹东鸭绿江那样激烈和伤亡惨重，双方仅仅是依靠炮兵不温不火的对射了一阵，随后主要就是侦查兵的试探性进攻。张作霖命令部队保持谨慎的姿态，尽可能的不要发生短程大规模交火，把整个战场的进度控制在最缓慢的程度。
就在这段时间，日本陆军省和参谋本部连续召开了数天的会议，确定中日作战的最新战略思路，推翻之前制订的假象计划，决定先以战略防守为中心，尽量利用对朝鲜地理了解的优势，深沟固垒筑造一批阵地防线。利用阵地防守为主要应对措施，一方面在前线拖延时间，为后续部队的增援做铺垫，另外一方面则是尽可能利用阵地战制造杀伤力，消灭中国军队的有生力量。
鉴于中朝边境沿着鸭绿江一线布置的防御工事过于简单，参谋本部甚至做出了预备方案，立即开始动工构筑第二道防线。一旦鸭绿江防线告失，前线的部队和后续的部队可以立刻退入新的防线继续作战，虽然付出了一定的代价，但依靠更坚固的第二道战线，必然能给中国军队造成更严重的阻击，迟早都是能够扳回局面。
经过一番论证，参谋本部决定将第二道防线设置在芥川至咸兴一段，主要的阵地仍然是芥川、妙香山、松山里和咸兴四处。妙香山与松山里之间行程了连绵起伏的山区地形，路况非常复杂，这是天然的阻碍屏障。而掌握了妙香山和松山里两地，就能控制贯穿芥川至咸兴之间唯一的一条山区公路线。
因此，对日本守军来说可以从容应对各个阵地防线的相互支援和后勤保障。相反对于中国军队而言，由于没有可用的交通线提供后续兵力和后勤补给，是不可能试图绕开正面阵地发起进攻，而无论是集中兵力突破一点还是展开全面进攻，都将陷入阵地战的可怕消耗中。
为了保证第二道防线的顺利动工和充裕的施工时间，工兵部队先一步着手测量和设计防御工程草图，朝鲜总督府则从即日起开始强行征召民夫。防御工事正式开工定于六月中旬，整个工程预计需要两个月时间成型，三个月之后才能投入使用，完全竣工则需要四到五个月的时间。根据这份工程预测，参谋本部要求鸭绿江第一道防线的各师团，无论如何要将战事拖延到四个月以上。