诸葛长民无论如何也料不到，刘裕已于夜晚轻舟疾进，不经新亭，神不知鬼不觉的进入了东府。次日清晨，诸葛长民遇使者来报“太尉有请诸葛刺史。”长民大惊，心知已杀不了刘裕，便要前往。
诸葛黎民阻止道“刘裕已经起了疑心，此行一定凶多吉少，不可前去。”长民道“我若不去，更增他的疑心，况且我并未造反，他未必会杀我。”“那我随兄长一同前往。”来到东府后，长民与黎民待要入门，守卫交举戟枪拦道“太尉有令，只请诸葛刺史一人”诸葛黎民无奈只得在外等候。
刘裕开门见山对诸葛长民说道“当年刘毅随我共起义兵，我待之如同兄弟。这番使其做荆州刺史，对他不可谓不厚。无奈他想谋反作乱，其死乃是自取。长民兄弟，你我相识多年，我待你亦不薄。可是你所为多不法，百姓视你如仇。我本想饶你，只是奈国法与百姓何!”长民乞道“太尉能否看我往日功劳，饶我一命。我愿回丹徒做一步衣。”刘裕怒道“桓氏之乱你为刁逵所擒，险些误我大事。卢循进犯京师你竟想带皇帝渡江避难，若依你晋朝早就完了。你何功之有？”说完又将诸葛长民写给刘敬宣的信拿给他看，“你要杀我，我岂能再容你！”诸葛长民哭泣说道“狡兔死，良狗烹。我今日入地，祝你早日升天!”刘裕怒拍桌案，早就藏于帐中的壮士丁旿突出，一锤击中诸葛长民之头，长民当场毙命。
在外的诸葛黎民久等不见长民出来，感觉不妙，拔剑格杀四名卫士，闯了进去。看到躺在地上的哥哥，大怒骂道“刘寄奴，你如此狠心，日后定为国贼。”黎民勇力不凡，丁旿此时又手持单锤，两人格斗良久，丁旿才一锤击断黎民之剑，又一重锤击中其胸断其心脉而死。
百姓得知长民死后纷纷庆贺，拍手称快。而刘穆之却责怪刘裕“诸葛长民犯法确实该死，可是如果将他交付廷尉，依法处置岂不是更好？用这等黑暗手段，怕有失公道啊。如今豪族大姓都相互警戒，民间甚至有了‘莫跋扈，付丁旿’之说！”刘裕改容称谢道“是我思虑不周，杀他之心太急了。爱卿之言我将谨记在心。”
内乱都已平定，刘裕决定再次伐蜀，自说道“谯纵，你的好日子要到头了。”平蜀选将，刘裕难得其人。刘穆之推荐朱龄石，刘裕与其相谈，也觉其才干不凡，见识过人，定能胜任。但诸将佐都认为朱龄石年纪轻轻且资历甚浅，难以服众。刘裕断言道“朱龄石祖辈数代为将，必能办成此事。诸君无须再言！”便令朱龄石为益州刺史，使臧熹、蒯恩、刘钟等为副，领军二万余前行。臧熹由于是刘裕妻弟，为刘裕所眷顾，此时官已在朱龄石之上。但此番伐蜀，刘裕特意使之为副，并嘱咐道“龄石年轻，我恐诸将不服，因此以你为副，你要为龄石之命是听，诸将绝不敢有贰。若有违节度，军法从事！”
前番伐蜀，毛修之请行，刘裕不许。怕他因与谯纵和当地居民仇恨太深，多所诛杀。这次毛修之仍然固请不已，刘裕便答应了，让他跟随臧熹前往。
出发前，刘裕私下对朱龄石说道“往年伐蜀，刘敬宣从内水出发向黄虎进军，无功而返。若依寻常而论，蜀人必认为我再次行军会从外水出发。但那谯纵颇有些见识，一定以为我仍会从内水出发。因此他必然以重兵守涪城以防备内水之道路，成都防守一定空虚。所以这次我要你带大军从外水出发，进向成都，克之必矣。此乃极密军机，不可泄露。我另有密函一封，到白帝城再打开。”朱龄石回道“谨受太尉之令”并接下了密函。
413年6月，朱龄石带军进至白帝城。发函一看，刘裕已在信中布置好诸军。龄石当即下令“太尉有密令：沈田子带数百老弱之卒乘高舰十余艘，从内水出发向黄虎，虚张声势吸引敌军，为佯攻。臧熹带兵二千从中水出发进攻广汉，作为助攻。其余将士全部随我从外水出发，进攻成都。”
谯纵果然命谯道福将重兵三万余去守涪城。朱龄石带军来到平模，距成都有二百里。由外水之道进军成都必须经过此地，而侯晖与谯诜仍率领着近一万兵力夹岸筑城于此地屯守。朱龄石看敌方城守坚固，眼下又值盛暑，酷热难耐。朱龄石与刘钟商议道“天气如此，攻城难以得利。我们不妨先休兵养锐，慢慢伺敌之隙。日久敌众心中必然不安，到时兵不血刃即可下城。”刘钟回道“此乃自危之道，使不得。我们已派出虚兵去佯攻涪城，谯道福必不敢离开涪城前来。如今我大军突至，出其不意，贼徒已经破胆。我们尽锐急攻，其势必克。然后乘胜鼓行而前，可一举拿下成都。若缓兵相守，徒老我师。日久敌方必然知我军虚实，谯道福回军来攻，敌众人情安定，我军二万众将尽为蜀虏”。
朱龄石采纳了刘钟的建议，准备攻城。北城地险兵多，诸将都认为应先攻南城。唯独刘钟说道“攻下南城，亦于北城无损，并且伤我兵力。不如合众攻下北城，南城将不攻自破。”朱龄石赞道“刘将军所言甚善。”于是朱龄石督诸军急攻北城。刘钟与蒯恩冒矢冲锋，率众先登。刘钟手斩数员大将，不提防侯晖斜刺里突来一刀斫中右臂。刘钟大吼一声，剑眉倒竖，刀交左手，勇战侯晖。刃接数合后，刘钟一刀砍断侯晖持刀之手腕，将其一脚登翻在地，刘钟举刀弯腰，待要结果其性命。而此时不远处的谯诜已张弓瞄准刘钟，正欲发射，忽然倒地，射出的箭也已走偏。原来谯诜此举被朱龄石看到，朱龄石赶忙抽箭急射，一箭射穿了他的头部，箭贯双耳。北城攻克后，旋师而南，南城之军果然不战自溃。大军继续往成都前进。