晋军追赶秦军，秦军没命的奔逃。奔逃之际，正好姚泓的亲军赶来。败下来的秦军已被追杀的失魂落魄，如溃堤之洪流般涌入了姚泓的部队，自相挤压践踏者不计其数，姚泓部队因此未经战斗就溃散开来，姚泓匹马单身狼狈逃回了行宫。王镇恶乘胜继续追赶，败军争相涌入城，镇恶追随败军由平朔门进入长安。见晋兵入城，姚泓急忙与姚裕等带领数百骑逃奔到石桥。
而姚赞听闻姚泓失败后，带军急赴。路上军士们听闻刘裕大军与沈氏兄弟即将到来的消息后，纷纷自相散去了。姚赞叹道“数万大军，竟如此不堪一击。天要亡我大秦，真是无可奈何！”言毕自尽。
姚泓见大势已去，想要出降。其子姚佛念年仅十一，劝道“刘裕心狠手辣，必不能饶恕我们。不见南燕慕容超乎？贼奴将他在建康斩首示众以炫耀其武功。我们投降徒自取辱而已，不若死于宗庙。”姚泓本就懦弱，儿子见他犹豫不决，说道“恕孩儿不孝，今后不能陪伴父亲了。”说完登墙自投于地，脑裂而死。姚泓再三犹豫后还是带领群臣降于王镇恶。
王镇恶得了长安，令军士严守纪律，对百姓丝毫不得侵犯，秦民安堵。三秦父老看王镇恶颇有其祖父风范，也很是乐于推戴。
九月，刘裕与沈氏兄弟俱至长安。沈田子在路上听闻长安为王镇恶所取后，叹道“不想灭秦之终功为此竖子所取！”沈林子安慰道“兄长先以一千士卒大破姚泓亲军，使秦军夺气。功劳不在王镇恶之下，太尉必然心中有数。”王镇恶在灞上迎接刘裕，刘裕赞道“成吾霸业者，卿也。”沈田子于一旁嘿然。王镇恶有所察觉，回刘裕道“实是仰仗明公之威，诸将用力，镇恶何功之有！”刘裕大笑道“哈哈，汝真似吾之冯异。”
秦平原公姚璞与尹昭见长安已失，蒲阪孤立，便举城投降。而姚和都不愿降于刘裕，便奔赴匈奴堡。姚成都听闻长安失守，仰天悲啸“大秦数十年基业，竟毁于一旦。我日后定与刘裕誓不两立。”兄弟俩举镇附于魏国。
在刘裕尚未入秦境时，鲁宗之已病死。秦灭后，鲁轨与司马休之、司马国璠等亦投奔了魏国。秦灭亡的消息传到魏国，魏国上下并未引起多少波澜，都以为是意料之中的事。只有姚菁一人悲伤不已。是夜秋风萧瑟，寒雨淅沥，姚菁回忆起自己远嫁魏国时，哥哥涕泣不已，送行十数里。又想起幼时与哥哥姚泓嬉戏逐闹的场面，如梦似幻。这番国灭，心知哥哥姚泓必无生理，悲愤成疾，卧床不起。拓跋嗣换了数名御医来诊断，精心调药，但姚菁的病情丝毫不减。爱妃憔悴日甚一日，拓跋嗣看在眼里疼在心里，然亦无可奈何。姚菁最终于冬季病卒，她比姚泓小四岁，终年二十六.而姚泓被带往建康后果被刘裕在闹市斩首。
爱妃青春短命，拓跋嗣又悲又怒，暗下决心，“翌日我定要饮马长江，吞并南朝，一雪前耻。取下刘裕老贼的头颅，来安慰亡妾的在天之灵。
灭后秦，收复中原，刘裕大军都未怎么动用就已成功，心中之喜自是难以言说。他在长安文昌殿置酒高会，大庆三日，赏赐诸军士，诸军士个个喜不自胜。宴席上，刘裕为诸将敬酒，诉说他们所立战功。举酒先对沈田子说道：“咸阳之平，卿之功也。当以咸阳赏赐爱卿。“当即授沈田子咸阳、始平二郡太守。接着刘裕又举杯对王镇恶说道“长安之平，镇恶之功。”授予王镇恶冯翊太守。大家人人痛饮，谈笑至夜，大快平生。参军王仲德向刘裕言道“赖太尉英明，长安唾手即得。末将斗胆问太尉，下步有何计划？”刘裕说道“中原虽定，拓跋鲜卑仍在北方虎视眈眈，终将为患。关中阻山带河，四塞之地。形势险要，土地又肥饶，我要留此经营。数年后，军锋北向，一清六合。使天下永无烽烟，万民安定，此乃吾之夙愿。”众将士纷纷高声贺道“好！好！好！”
两个月后，建康方面来一使者，带来了刘穆之的死讯。刘裕听闻后胸中大恸，仰天大哭“天不欲吾澄清四海耶？奈何夺我良辅如此之速？”悲伤竟日，茶饭不思。
使者还送来了刘裕妻子的一封家书。深夜，月光透窗而入，刘裕辗转反侧，难以成眠。开看家书，上仅有一首诗“自君之出矣，金翠暗无精。思君如日月，回还昼夜生。”
在刘裕伐秦临行前，臧爱琴明知道阻止不会成功，但仍然试图尝试一番“如今我们大晋国富兵强，百姓安定。保守国土，太平无事岂不是很好？何必要兴师远出，冒万里不测之险？上次远伐南燕，你就几遭不测。这两年来每到冬季你就有寒嗽之苦，如今你已年过半百，军旅劳苦实是让我非常担忧。”刘裕叹口气说道“自吾投身军旅至今已近二十载。战斗之惨烈、百姓之苦难我岂不知？只是这天下有分裂，战争就永不会停息。你也知战国、三国时烽火不熄，百姓流离。如今形势不啻当时。若要四海太平，万民安康，只有靠武力统一全天下，然后渐渐消除各民族间的隔阂，融合各民族，使得各民族团结和睦相处，才能达到真正的和平。此亦吾之终志。”臧爱琴沉默片时说道“望你能早日凯旋而归。”
当刘裕灭秦的消息传道建康后，刘裕离家已一年多，臧爱琴非常希望他能早日回来，于是写了这封信。读信后，连刘裕这样的铁血硬汉也不由得动了思家之情。再想想刘穆之已死，晋朝根本难以托付他人，刘裕决定南返。他使自己年仅十岁的次子刘义真作为雍秦二州刺史，留下来镇守长安。刘裕还将自己在军旅之余，总结用兵得失所写的一部书《兵法要略》给了刘义真。