张献忠入川不成，只得掉头逃回汉中，收拢了两千多残兵败将，试图朝西逃向陇西，但是他还未进入陇西，便又遭到了一伙官军的阻击。
虽然这支官军仅仅是一支陕西的地方军，可是现如今张献忠所部也没有了当初的那种彪悍，双方小战一场，张献忠又被堵回了汉中。
这时候张献忠可谓是四面楚歌，向西有官军拦截，向南有川军阻挡，向北有洪承畴坐镇，向东又有孙传庭虎视眈眈，张献忠彻底被堵在了汉中境内，是上天无路入地无门。
于是张献忠只得又祭出了他的最后法宝，那就是诈降。
张献忠派人去和川军联系，表示他愿意接受熊文灿的招抚，另外还派人给熊文灿送了一批厚礼，都是他这几年来四处抢掠所获的财宝。
熊文灿本身有爱财的坏毛病，这一点张献忠不知道从哪儿打听出来的，以为只要贿赂一下熊文灿，暂时只要让熊文灿招安于他，那么过了这阵之后，再谋复起也不迟。
闻之张献忠要入川的消息之后，熊文灿亲自从省府成都赶往了利州卫坐镇，又带来了两千多兵马增援，铁了心要堵住张献忠入川的道路。
张献忠派人到利州卫找熊文灿商议接受招安的事情，熊文灿闻之大喜过望，一边收下张献忠的贿赂，一边立即点头答应了下来，准予张献忠到利州卫接受招安。
张献忠高兴的屁颠屁颠的，觉得这一次阴谋再次得逞，于是兴冲冲的便带着残兵败将奔向了利州卫。
熊文灿亲自率部接出了利州卫，在城北较为开阔的朱家沟一带，在那里等候张献忠的到来。
张献忠兴冲冲的率兵赶来之后，双方远远的看到对方之后，都满脸堆笑，张献忠带着一些亲兵朝着熊文灿走来，当双方距离二百米左右的时候，突然间在四周响起了一片火-枪的声音，几十支狼牙步枪特有的声音如同爆豆般的响起。
张献忠脸上露出了错愕的神色，大叫一声骂道：“熊老儿使诈！快走……”
可惜他的叫声未落，身上就腾起了几朵血花，巨大的冲击力将他从马背上一下带的翻了下去，一头便栽倒在了地上，连带他身边几个亲兵，也纷纷中弹摔落下马，张献忠手下顿时大乱。
熊文灿脸上露出了一丝冷笑，一挥手道：“不要留一个活口！杀光他们！”
数千川兵立即蜂拥而上，刀枪并举杀向了张献忠的人马。
整个朱家沟一带响起了一片喊杀以及惨叫求饶的声音，喊杀声整整持续了大半天时间，才算是彻底沉寂了下来。
再看朱家沟之中已经变成了人间地狱，到处都布满了张献忠手下的尸体，两千多流民军，一个没剩，全部都被熊文灿下令屠灭。
而张献忠在最初遭伏的时候，就已经身中数弹当场气绝身亡，人头也被川兵砍了下来，装在了一个木匣子里面，用石灰腌了起来。
熊文灿看了张献忠的人头之后，微微叹息了一声，自言自语的说道：“不是我熊某言而无信，而是你张献忠善于使诈，熊某实在是不敢轻信与你！再之为祸十余载，不知造了多少杀孽，也该你还债的时候，于监国有令于我等，绝不可轻信你的受抚，宁可错杀于你，也不能放过尔等……”
“抚台大人，战场已经清点完毕，张贼此行共率领两千三百六十四人，现在除了军中四百六十个女眷未杀之外，其余的已经尽数授首！请抚台大人定夺！”
熊文灿点了点头，转过头不再看那张献忠血淋淋的人头，开口吩咐道：“将匪首人头斩下，悬于利州卫城墙之上，以震慑宵小之辈休要觊觎川中！尸体就地掘一大坑掩埋起来，至于女眷则解往成都府进行处置！”……
崇祯百无聊赖的在皇宫中的后花园陪着几个皇子玩耍，自从他交权给于孝天之后，举家便被禁足在皇宫之中，每日闲来无事，不是看看书，就是在花园之中陪伴一下妻儿。
这样悠闲的日子，从他当上皇帝之后，还从未有过，虽然最初的时候崇祯非常不习惯，而且日夜都感到十分愤懑，气不能平，连续两三个月经常在御书房发脾气，连宫中太监都被他打死了好几个。
但是后来他发现太监们似乎对他没有以前那么畏惧，甚至于也没有以前那么恭敬了，这才意识到他已经不是以前的皇帝，现如今他只是一个挂了虚名的傀儡罢了，如果再这么下去的话，恐怕连伺候他的人都没有了。
于是崇祯这才收敛了许多，不再轻易拿那些太监宫女撒气，想到他即便是再不高兴，也已经无法改变眼下的这个事实，他已经被天下人抛弃，虽然他还是大明的皇帝，但是却已经没有了皇权，一切大权都已经被于孝天独揽，他就算是把皇宫给点了，也改变不了这个事实。
崇祯这才渐渐的开始接受眼前的事实，心情也渐渐的开始平复了下来，得空的时候招来几个皇子和公主，在御花园之中陪着他们玩耍一番，抑或是教他们读一些书，日子过的倒是也相当平静。
于孝天也没有太过难为他们，每日都及时为皇宫供应新鲜的肉食蔬菜，让宫里面的人倒也衣食无忧，天气冷下来之后，还给宫中送入足够用的木炭供宫中取暖之用，该给送的衣袍也一样不少。
有时候还给宫里面送一些精美的礼品或者小玩意儿供宫里面的皇子公主们玩耍。
甚至于每天于孝天还会派专人，整理一份朝廷的各种大事的简报，送入宫中给崇祯参阅，甚至于还派人时不时的问询一下崇祯在一些事情上的看法，并未彻底把崇祯视作笼中之鸟看待。
最初崇祯拿到这些专-供他参阅的简报的时候，根本不屑一顾，直接丢在一旁，但是后来实在是闲来无事，便开始有意无意的随便浏览一下。
渐渐的这居然形成了一个习惯，每天早晨见不到这份简报的时候，他有些魂不守舍的感觉，连连催问为何简报还没有送入宫中。
他刚开始看简报的时候，从来不置一评，特别是对于于孝天下令改制摊丁入亩以及取消皇亲国戚以及地方权贵乡绅的税收优惠的时候，甚至于气急败坏的撕掉简报，大骂于孝天一顿，认为于孝天这么做是自取灭亡，肯定会成为天下公敌，到时候到处都会有人揭竿造反。
后来他在简报上看到于孝天动用铁血手腕，强力在各地强推这些新政，并且杀人无数，更让他笃定的认为，于孝天恐怕过不了几天好日子了，肯定会招致无数人的反对，最终将他掀翻落马。
可是让他没有想到的是，虽然于孝天推行的新政招致了大批官吏以及地方权贵的抵-制，却并未闹大起来，有限的一些地方确实有人试图抵-制这种新政的推行，但是很快便被于孝天下令扑灭，为此杀了很多人，趁机抄没了不少试图抵-制此政推行的大户。
仅仅是半年时间，单单是抄没的大户家产，就为朝廷筹措到了近千万两白银，大明几省之中，过千大户被抄家，为本已财政短缺的大明获得了一笔巨额收入，大大改善了财政短缺的困境，最起码临时解决了大明现在极度缺乏财政收入的窘境。
而且于孝天改组了锦衣卫，取消了东厂，将锦衣卫改隶到都察院之下，主要负责侦办官员武将叛国、贪鄙、结党营私之事，在锦衣卫原有的人员基础上，进行了一番清洗，补充了大量新成员，而且限定了他们的权限。
现如今新改组的锦衣卫，有侦事权以及抓人的权力，但是却被取消了审讯犯人的权力，当锦衣卫侦知有官员犯错之后，可以将其逮捕，但是他们没有审讯判案的权力，必须要移交到刑部进行审讯核实锦衣卫侦办嫌犯的罪证，如果罪证属实便移交到大理寺进行判决。
这么一来锦衣卫的权力被收掉了许多，人员也精干了许多，行事也没有以前那么嚣张了，可是这并不妨碍他们侦办案件。
而刑部主要负责审讯案犯以及查证锦衣卫所提供的罪证，但是却没有判决权，必须移交给大理寺进行判决。
这么一来都察院以及下辖的锦衣卫属于侦查抓捕机构，刑部则负责审案，大理寺负责判决，三方相互监督相互制约，使得他们的权力无法像以前那样肆无忌惮。
另外于孝天在这个基础上，对地方官府也进行了改制，大明实行的三司制度，布政使司、按察使司、都指挥使司。
布政使以后主要负责各种民务，按察使司则负责刑名，都指挥使司则负责军事，这原本是一个比较合理的构架，但是于孝天把这方面更细化了一些，将刑狱之事全部划归按察使司负责，地方布政使司无权干涉，使之可以形成独立司法权，不受其他官员的影响。
在州府县一级官府之中，设立巡捕房，专司负责地方地面的刑案侦办一级处置小规模的地方乱民，对于刑案进行侦办。
在府一级新增设一个刑狱使，州县一级设立一个刑狱官，专司负责审案，如遇重犯判决杀头的话，要提交按察司进行复审，按察司负责在各地巡视检查各地地方刑案侦办的情况，负有监督权力，并且有纠正错案的权力。
这么一来地方官员便失去了利用职权草菅人命的权力，非经过按察使司审结，地方官员无权轻易杀掉犯人。
而所有官员又都受到都察院的监督，一旦有地方刑犯家人认为有冤，可找都察院和锦衣卫投告，都察院有权重新提审案犯进行重审。
被于孝天这么一改，地方官员的权力分工更加明确的同时，也限制了地方官员的权力过大。
可以说于孝天借鉴了后世的公检法司的构架，重新划分了这个时代的官府和官员的权责，使之起到相互监督的作用。