这期间，朝廷按部就班的衙门作风，因循守旧的陈规陋习也被触动了。
兵部尚书聂豹，因塞外战事不利，正焦头烂额。嘉靖三十三年（公元1544年）五月，应徐阶之请，嘉靖下旨发兵征倭，兵部议征发山东长枪手三千，但朝臣会议时，一些大臣认为倭寇飘忽无常，待发兵，也许已跑了，岂不扑了空？劳师动众，未必有效果。聂豹独力难支，只得改变决定，派参将李逢时率山东民兵三千驰援。
倒是徐阶细心，长枪手怎变成民兵了？打听下来，这三千民兵都是经过挑选淘汰下来的疲弱之卒，明显地敷衍塞责。于是徐阶再上奏本，说倭寇的特点就是飘忽无常，飘忽无常就不发兵，那就永远不必发兵，征倭就是一句空话，东南百姓就永远任倭寇蹂躏。徐阶认为倭寇越是难缠，越显得发兵的必要，此其一；其二，发兵就得发精兵，三千疲弱之卒与三千精兵耗费的军饷是相同的，但效果不一样。敷衍塞责，那才叫浪费军饷，是对国家、对百姓的犯罪。徐阶这一次真是动气了，说话占理，分析中肯，口气也硬邦邦的。由此，征倭摆上了朝廷的重要议事日程，这才有张经的王江泾大捷。
嘉靖三十三年（公元1554年）以后的几年，徐阶关注北御鞑靼，南征倭寇，并与军队主将频繁地书信往来，建议用兵方略，向张经推荐俞大猷、卢镗，向胡宗宪力荐战将戚继光，俞、戚、卢后来都成为抗倭的中流砥柱。
军情的发展自然不以徐阶的意志为转移。兵部发六千精兵前往东南沿海，第一仗就落败。朝中有了流言，要追究徐阶坚持发兵之责。
徐阶的回应，又出人意料。他向嘉靖上奏《请以兵事责有司》，这有司就是地方文官。徐阶找到了朝廷政策的重大缺失——战事只责武将而不责文官。要求重申地方官员同样守土有责。奏疏中，徐阶指出，“用兵固在督抚”，但地方官员，知府、知州、知县也守土有责，必须有所作为，要筹办钱粮，不能让战卒忍饥挨饿出战；应帮助侦探敌情，协同武将歼敌；应训练乡兵团练，以免军队未到，任倭寇烧掠，毫无抵抗之力。要求纠正对武官惩罚过严，一次战败便论死，而文官不过降职。失陷城市，武将文官，一体同罪，该逮皆逮，该杀皆杀。
这一政令推出，东南沿海的府、州、县官员都紧张起来，不敢再把征倭责任全推给军方，调动了地方文官的积极性，与战将多了沟通协商，多了协同作战，变军队一方的积极性为军队、地方两个积极性。不仅抗倭，而且北御鞑靼的军事态势，有了明显的转机。
王江泾大捷后，赵文华贪天之功获得嘉奖。但军情还是紧急，张经被逮，倭寇死灰复燃，就像水中的葫芦，按下这头，浮起那头。常熟、上虞、江阴、杭州、宁波、绍兴、台州、南京，烽烟四起，赵文华这才感到剿倭并非易事，套在这里，凶多吉少，想脱身了。他买通严嵩，慌报“水陆大胜，余寇无几”，在严嵩的配合下，班师回朝了。
小人得志，害莫大焉。赵文华在东南沿海这段时间，应天巡抚曹邦辅、浙江巡抚李天宠被诬陷罢官，继张经任总督的杨宣受谗言攻击罢官。回京以后，赵文华又与严嵩联手，害死了吏部尚书李默。为了堵言官之口，严嵩又唆使兼管吏部考察的大学士李本以考察尚书、侍郎、九卿、巡抚、都御史、科道官之名，罢黜官员五十三人。江南剿倭重任，落到了胡宗宪的肩上。