一年后，多灾多难的苏松地区突发大水，吴淞江又严重淤塞，沿江八十里，一片汪洋，平原十里，巨浸渺然。豆麦秧苗，无一存者”，灾“民如过江之鲫，携妇将雏，拥入府城。
有人盼海瑞：“当年海大人……”有人责海瑞：“疏浚没几年，怎又……”
独无人看到，此次水灾，极为凶险，十万灾民，命悬一线！
徐阶听得门外喧嚷，不禁又想起当年围府景象，便问左右：“府外何事？”徐璠告说：“吴淞江淤塞，竟发大水，大街上灾民杂沓，嗷嗷待哺。”徐璠话音刚落，徐阶便拄杖起身道：“驾舟，璠儿随为父一观究竟。”徐璠阻拦说：“父亲耄耋之年，不良于行……”徐阶摇手道：“人命关天，为父怎能安坐？”父子俩驾舟一路行来，但见“十里平畴，顷成巨浸”，浩渺大水中，梁木、盆桶杂用之物，随水漂浮，无数灾民，涉水而向府城奔去。徐阶不免叹息连连。
灾民拥入城中，熙熙攘攘，逢人乞讨，而官府却迟迟没有赈灾之举，富户乡官也不似往年踊跃施粥，灾民坐卧大街小巷，哀声动地。
是夜，年已七十有七的徐阶，辗转难寐，他分明知道，此次大灾，官府施救无望了。
官府何以不施救，富户何以不施粥？那就说来话长。
须知明代江南应天十府，自有其自然形成之社会生态，尤其是苏松地区，乡官多，富户也多。富户乡官盘剥百姓也罢，勤劳致富也罢，每逢饥荒之年，或出于同情，或迫于舆论，都会捐钱捐粮，开粥厂施粥，救灾民于水火；而官府则动用府库钱粮，予以赈济，这已成一种常态。但到了万历七年（公元1579年），情况已大不同。官府库藏空虚，尚未恢复。当年海瑞疏浚吴淞江，工程款皆地方自筹，甚至寅吃卯粮，苏松库藏已被掏空，尚未缓过气来，自然无力赈济。至于富户乡官，则或因退田，或因遵海瑞之令仅留口粮，其余皆借贷民间，内囊也罄了。
此中内情，徐阶心中了然。当年海瑞迫富户贷粮，徐阶深知其弊，致书知府衷贞吉称：“那海瑞为民的心思很恳切，但他逼迫富户出借粮米，引来奸诈者趁火打劫，他们把富户留存的口粮都指为余粮，强行借贷，把富民掏空，富民怎么存活呢？富民不是民吗？更兼奸诈者今日拥入富户甲家，明日拥入富户乙家，富户掏空，老实贫困的老百姓只能坐以待毙了。这岂不是利奸诈而毙良善吗？”可见所称富家，当年也“罄其所有”了。
当晚，徐阶披衣掌灯，文不加点，挥毫书写《上太岳少师乞救荒书》，恳请时任首辅的学生张居正伸援手，救万民。在书中，徐阶描述了惨不忍睹的水灾情景，阐述了“苏松之人，素习耕作，一失农业，便无可谋生”的危害，哀诉了受灾百姓希望官府发粮救济，可是官府的库藏早已空虚，想到大户家借粮，大户家的粮仓早已枯竭，想到邻县行乞，可是周边都遭水淹。肯求朝廷破格减免应征赋税，发粮赈灾。首辅张居正拆阅《上太岳少师乞救荒书》，不敢怠慢，立即复信恩师，称苏松地区久雨成灾，百姓遭溺的原因都是因为执政者不称职所致，对海瑞应天之政做了批评，解释了朝廷迟迟未有举动实因需要调查受灾程度，最后决定减免松江当年税收一半，地方税收也减半，马价银、颜料银、马草银等苛捐杂税一概豁免。统计下来，仅松江一府，减征大米二十二万石，同时发粮赈济灾民。