与枢密院同时成立的则是大明皇家陆军军校，主要分为炮兵工兵步兵和参谋四科，这种军校算是枢密院的下属部门。
实际上枢密院的改革是与军校分不开的，新式的**和大倍径长身管让现在炮兵的射程已经超过了直瞄可以观测的极限，必须要使用精确的测量仪器才能够使用，原本想佛朗机炮、虎蹲炮那样放于阵前直接开炮的方式已经没办法使用新式的远射程火炮，而新式的武器、新的钢筋混凝土材料以及新的作战战术，也催生着新式的军事建筑，工兵科也应运而生。
若是没有军校培养出的大批人才，枢密院的改革也就无从谈起，而原本五军都督府的左右都督、都督同知、都督佥事这样的一二品的大员，也被朱由崧扔进了军校，让北海的那些军官对他们进行现代新式战术的学习。
明朝虽然政策强硬，实际上仍然是袭承了宋朝以文统武的政策，五军都督府原本为枢密院，后来改名为大都督府，再后来却被一分为五，由原本的“中枢机构”变成了处处受制于兵部的单纯执行命令的机构，就连五军都督府的都督官衔，此时也成了虚衔，而且人事任命都需要经过吏部认可。
此时朱由崧的军校却让枢密院人才方面不在受制于吏部，有了自己培养人才的机制，不过军校对于那些武将来说，却不是一件受欢迎的东西，在他们看来，军校不过是那些北海系的人，抢夺他们权力的一种手段。
枢密院有了这些人从中阻挠让枢密院的改制陷入了停滞当中，对此朱由崧也不得不亲自予以关注。
“究竟是那些人在闹？”
现在人总参谋部参谋长的张风府说道：“是右军都督府右都督李如柏为首的一些人，他闹得最凶，其他人不过是随着起哄！”
原本朱由崧属意的总参谋长是邵杰，不过因为邵杰跟李三才曾经有一段时间的合作，让他出任总参谋长，必然会让现在朝中日趋缓和的局势，再次恶化，因此朱由崧不得不选择了张风府，在谋略方面，张风府自然也是及优秀的，不过在处理一些事物上面，张风府还是不如邵杰圆滑。
朱由崧道：“李如柏？”
对于李如柏，朱由崧并不陌生，萨尔浒之战当中，其他三路具全军覆灭，而他却仅仅丧师几千，能够全身而退的李家名将，日后自裁身亡的那个家伙。李如柏是李成梁的二子，李成梁长子李如松早逝，他就成了李家乃至整个辽东军阀的代言人，辽东边军在李成梁的带领之下，虽然开创了一时的辉煌，也开创了克扣兵饷豢养精锐家丁的政策，然后九边各军有样学样，造成了边军的糜烂和军阀化。
李如柏闹事，朱由崧并不奇怪，在李成梁时代，辽东已经形成了一个“养贼自重”的军阀团体，辽东几乎成了他们李家的私人王国，李成梁去世之后，朝廷虽然进行了一系列的改制，让辽东重归朝廷治下，不过对于辽东军队他们仍然没有任何动作，或者说那些根本不懂军事的文人意识不到辽东军队军阀性质的变化。
这次改制，朱由崧设立的总后勤部和军需官制度，直接切断了高级军官克扣军饷的渠道，这就等于摧毁了豢养家丁的“李成梁模式”的基础，辽东军队他们会同意才怪！
朱由崧冷笑道：“既然反对，就让方大人和赵南星赵大人罢免他！”
张风府说道：“王爷，这样做会不会激化与辽东边军之间的矛盾？”
朱由崧冷笑道：“放心，就算是激化了矛盾，他们还敢来进攻京师不成？”
“这倒不会，只是对朝廷掌控辽东不利啊！”张风府忧心忡忡地说道：“现在北海的农具正在普及，大量佃户失去了土地，北海如今已经有二百万人，土地已经日趋饱和，若是没有新的移民地点，恐怕回生乱子，辽东地广人稀，土地肥沃，是最好的移民地点，若是没办法掌控辽东，那么怎么安置大量的移民？”
朱由崧点了点头，说道：“你看得很远，不过就算是我们结好辽东边军，辽东的事情也没那么简单，李成梁的义子奴儿哈赤，如今已经快要统一建州女真，而这些年来，李成梁的去世和朝廷的争斗，却给了家伙发展壮大的机会，辽东的事情最后还是要动武解决，此时没必要对李如柏客气！”
在朱由崧的授意之下，很快枢密院就向内阁和吏部提交了罢免李如柏的建议，对于枢密院的“建议”，内阁方面早有准备，谁都知道，若想改革不罢免几个碍手碍脚的家伙，还那叫什么改革？
而且李成梁在世的时候，就飞扬跋扈，这让百官对李家并无好感，这次罢免李如柏自然也是顺手推舟，答应了枢密院的授意。
而对于其他军官，朱由崧则选择了拉拢教育的方阵，毕竟这些人熟悉明朝军队现状，对他来说还是有些价值的。
因为罢免了李如柏，杀鸡儆猴，这些人虽然不敢在阻挠朱由崧进行改革，心里的怨气自然难免，因此朱由崧也亲自给他们办了一场入学鹰扬宴。
“诸位都是大明的栋梁之才，只是因为新式的炮兵和火枪兵战术已经与往日不同，所以诸位需要入学学子一段时间，等学成之后，诸位必定能够官复原职！”
朱由崧举起酒杯笑道：“来，大家干了这杯！”
其他军官都随声应和，一饮而尽，而只有一人桌前的酒杯仍然满着，丝毫没有动过的痕迹，这让这次鹰扬宴的气氛一下子紧张了起来。
朱由崧看了看那人，魏进忠连忙上前，说道：“殿下，那是都督同知马林，也是一位边军骁将！”
朱由崧点了点头，对马林说道：“马将军，难道你读我的话有什么异议？”
马林站起身来，肃然说道：“王爷，末将不敢，只是末将自幼军户出身，刀枪剑戟，兵法布阵都略同一二，之后又在边军，随戚军门的军队一起训练，鸳鸯阵，车阵，这火枪火炮，末将也是极为熟悉，何用再次学习？”
朱由崧不禁莞尔，这马林倒是个直性子，而且对自己的军事素质也极为自信，有几分军人的气质：“马将军，你说你会用火炮？”
马林应声道：“这个自然！”
朱由崧说道：“那你可敢跟我的炮手比一比？”
马林虽然放过火炮，不过当上军官之后，为了安全已经不再亲自开炮，毕竟这个时代的火炮安全性根本无法保证，不过此时心中一想，就算是火炮炸膛，此时也不能退缩了，道：“有何不敢？”
北京西郊，一片空地上，两匹高头大马拉来了两门闪着幽幽蓝光的黑色火炮，完全是现代牵引式火炮的设计，炮架当中液气制退复进机、上下机、方向机，平衡机、护盾，橡胶轮胎和瞄准具都一个不缺，身管使用的是跟海军舰炮一样的80口径和45倍径，因为***威力大，所以在炮口也设计了双侧冲击制退器，最大射程十三公里。
这款火炮可以说是世界最先进的一门火炮，不过这门火炮与其说是孙元化和那些军工人员设计出来的，到不如说是根据教科书复制出来的，毕竟在朱由崧交给他们的军工书籍当中，已经包含了这些机械技术，他们制定的只是一些具体的参数而已，经过这两年的努力，他们总算是拿出了这样一种合格的火炮。
朱由崧看了看马林，笑道：“马将军，我们要打的靶子先是直瞄靶，在四五里之外，您可以随意测定诸元！”
马林看着密密麻麻的摇轮和机关，根本不知道该怎么摆弄，而此时在炮兵指挥官的指挥之下，炮兵已经将驻锄塞进了刚刚挖好的土坑当中埋实，一个人炮弹推入炮门，马上就有人使用推杆将炮弹推入炮膛，关闭炮闩之后，前方的测距员已经报出了射击诸元。
“距离两千米，角度左5，风向西北，炮击标尺……”
“开炮！”
“咚！”远处的木制靶子已经在炮击之中变成了碎木屑，而马林的靶子却仍然安然无恙，此时马林还在满头大汗地摆弄自己的那门火炮呢，马林算是看出来了，人家这种火炮那是绝对没有炸膛的危险，不过摆弄起来，也是不容易。
刚刚那些炮兵在开炮的时候，马林就在旁边跟着偷看，等人家开完了，马林才让自己的士兵跟自己一起上去，笨手笨脚地打开炮闩，推弹入膛，最后在朱由崧的炮兵指挥之下，总算是打响了一炮。
“咚！”远处升起一团爆炸云雾，不过距离靶子却有一里多远，这种直瞄射击都输了，之后北海炮兵表演的十五里外的远程间瞄炮击，马林根本就没有那个心情去丢脸了。
“王爷，这次是您说得对，我马林是犯浑了，愿受军法处置！”
朱由崧笑道：“马将军哪里话，你只是心有不解，我也只是为你，也是为大家开解难题，哪里说得上军法处置，好了，马将军你就在军校当中好好学习，争取能够早日学成归来！”