告别金宇师徒后，水门回到家里，漩涡玖辛奈正在做饭。看着妻子忙乎的身影，水门露出笑容。玖辛奈发现水门回来，晃动勺子，“你傻站在那里干什么？三代目叫你去有什么事情啊？是不是又要跟金宇一起出任务啊？这个糟老头！你跟金宇在一起的时间比我这妻子还多。”水门无语了，“唉，你啊！”这个时候的三代火影才50多岁，头发乌黑，还不算是老头。玖辛奈笑道，“看你唉声叹气的，是不是老头批评了你一顿啊？没事没事，这些根本不用在意。”水门支吾，“啊，不是这个啦！”
玖辛奈道，“那又是什么啊？”水门道，“那个三代火影让我出任四代目火影。”玖辛奈随口道，“这样啊，火影那破玩意没什么大不了的……啊，你刚刚说什么？”看着玖辛奈激动的样子，水门只好点了点头，“我受命继任为四代火影。”
玖辛奈大喜过望，一把抱住了水门，“恭喜恭喜！”玖辛奈扑在水门身上撒娇，拖鞋都甩飞出去了。水门汗，“喂喂……”玖辛奈激动万分，“今后我就是火影夫人啦！”从丈夫身上跳下来，玖辛奈咳嗽一声，“辛苦你了！”水门也道，“谢谢！”
根部的一个秘密基地，外面有暗部把守，里面是大蛇丸的实验室，这个时期大蛇丸名义上率属于根部。大蛇丸正在做实验，团藏道，“这下正中日斩的下怀……”大蛇丸道，“三代火影的本意是让水门做傀儡吧！师徒一起控制木叶。”团藏叹气，“照这种做法，木叶没有未来的。”
大蛇丸晃动手里的试管，“现在放弃为时过早，只要这个研究成功，掌控木叶的权力简直是易如反掌。当然，为了掌控权力，必要时我们可以采取些强硬手段。”团藏道，“时机成熟的话，当然不择手段了。但现在还没到时候！”
离开秘密基地，团藏与3个部下甲乙丙汇合。团藏有些恼怒，“说到底，但凡这家伙稍微有点人望，也不至于没有一个人支持！光我一个人推荐又有什么用呢？走了，甲乙丙！”三人一起答应，其中那个叫甲的暗部似乎还是个孩子，同样是大约10岁左右的样子。
过了几天，木叶就贴出了告示，三代火影猿飞声明退位，由波风水门出任四代火影。阿凯看到这个告示，大为惊喜，急忙去找卡卡西。卡卡西坐在一个横椅上阅读那本《忍者死战》，阿凯跑来，抢过那本书，“哎，这是什么？【怎样死去】？”卡卡西把书抢回来，“这是《忍者死战》，不要引发歧义啊！你找我什么事情？”阿凯手舞足蹈，“对了，第四代火影的人选已经公布了。别被吓到了，四代火影是水门老师呢！”
野原琳坟前，卡卡西在那里放上鲜花，“琳，水门老师当上火影了。老师一定能成为教授的继任者，改变木叶村，改变忍者世界，再也不会让你们这样的牺牲者出现了。”卡卡西口中的教授指的是三代火影猿飞日斩。随后，卡卡西又去了慰灵碑那里，把这个消息告诉过世的带土。因为带土的尸体没有找回来，因此只能到慰灵碑这里凭吊。
当天继任仪式，在万众瞩目下，三代火影猿飞日斩摘下头上的火影斗笠，递给了波风水门。水门接过来，将其戴在头上，露出蓝色闪亮眼眸。近距离目睹这一刻的忍者，包括两位顾问长老、上一代的猪鹿蝶三人组、宇智波富岳、日向兄弟、金宇四十五、漩涡玖辛奈等上忍。猿飞道，“拜托了，四代目！”四代火影道，“我愿意献出我的生命！”金宇露出了鼓励的眼神，玖辛奈的脸上都是笑容。
在阳光照耀下，新任的四代火影走向高台。充满阳光气息的波风水门身披御神袍头戴火影帽出现时，台下欢呼一片。卡卡西、迈特凯、不知火玄间、并足雷同、伊瓦西、阿斯玛、夕日红等少年忍者也是欢呼雀跃，不过这个时候，他们的时代才刚刚开启，还没有完全到来。而月光疾风、卯月夕颜、宇智波鼬、伊鲁卡等人都还稍显幼稚。那个时期的木叶，就像新任的四代火影一样，充满了阳光和希望。
然而卡卡西依然没有从失去战友的伤痛中解脱出来，还在为带土和琳死亡的事情自责。卡卡西还记得，水门与金宇都说过雷切这个招数的弱点，但是这个弱点现在已经克服了，那就是带土赠送的左眼的写轮眼，当千鸟和写轮眼合二为一时，雷切就完美了。可是卡卡西却用这一招杀死了野原琳，这造成了他心里的阴影。阿凯从树上跳下来，找到了卡卡西，“上面有任务找你，快去吧！”
卡卡西来到火影办公室，看见水门与金宇都在里面。卡卡西问道，“有任务吗？”水门道，“我需要你为我取来和平条约的相关资料。”卡卡西答应，金宇解释，“忍者之中还有想要继续维持战乱状态的，我们得到消息称他们企图夺走资料，从中挑拨。”水门道，“总之，你执行任务时留意一些。”卡卡西应诺。
随后，卡卡西就上路了，他独自在树林里穿梭，一个蒙面忍者从后面追来。卡卡西马上打开了写轮眼，蒙面忍者立即结印，分出了十几个影分身。卡卡西结印，发动了千鸟忍术，但是由于心里阴影，千鸟发动了不一会儿就消失了。卡卡西被迫落在地上，蒙面忍者的影分身包围了卡卡西。
正在危急时刻，迈特凯突然赶到了，“木叶旋风！”用强力的体术击破了一大片影分身。随同阿凯前来的还有几个暗部忍者，蒙面忍者见情况不利，急忙逃走了。阿凯怒道，“这可不像你啊，卡卡西，你发什么呆啊！”卡卡西道歉，“对不起。”卡卡西的查克拉出现紊乱，蹲在地上，满头大汗。阿凯吃惊，“你怎么了，卡卡西？振作点！”因为不放心卡卡西，阿凯悄悄从后面跟了过去，这才及时救下了卡卡西。
事后，阿凯将这次任务情况报告给四代火影。阿凯道，“我从未见过那么软弱的卡卡西。”水门道，“幸好有你跟在他后面。”阿凯有些不甘心，“虽说作为永远的对手，越到这种时候越需要做些什么，但……”水门安慰道，“你已经做得很好了，接下来就交给我吧。”阿凯这才放心地离去了。金宇道，“水门，卡卡西的心里阴影还没有过去啊，我看还是让他好好休养一段时间吧！”水门道，“只是单纯的休养的话，可能起不到作用呢！”
木叶医院，卡卡西望着窗户发呆，风把窗帘吹动的乱飘。猛然，水门突兀地出现在窗口，卡卡西急忙坐起来，“水门老师，不，四代目！”水门笑道，“还是用以前的称呼吧！村子里还有人反对，说我太年轻不适合坐这个位置。我今天之所以来这里，是命令你加入火影直属暗部的。”卡卡西道，“为什么让我这种人……”水门拍了拍卡卡西的肩头，“我希望你能成为我的左膀右臂，就像金宇上忍那样。”
出院后，卡卡西就加入了暗部，那天晚上，卡卡西进入了暗部基地，一个戴着面具的忍者将暗部的装备交给卡卡西。戴上猫脸面具，背起短刀，卡卡西正式成为了暗部的成员。心里的阴影让卡卡西在任务中遇到了危险，而水门还是让他加入直属火影的暗部，在那里卡卡西戴上了掩饰自己内心的面具。
火影办公室，水门召见暗部众人，“利用乱世幸存下来的小忍村的忍者中，有不少人并不希望看到火风土三方的支配，相信今后会面临来自他们的各种威胁。但现在的和平是用无数牺牲换来的，必须将它死守住。所以我需要你们的帮助！”暗部众人一起应诺。四代火影说完后，暗部众人一起离开了。
第三演习场，卡卡西来这里进行修行，用千鸟击碎了几个木桩。瞭望台，负责守卫这里的3个中忍，其中一人用望远镜发现树林里有5名岩忍出现，“五名忍者正在快速接近中！”另一人问道，“哪个忍村的？”发现者道，“岩隐村的。”一个忍者奇怪，“岩隐与我们木叶缔结了同盟啊，难道是有急事吗？”说话间，5名岩忍冲上了瞭望台，向3名木叶中忍发动了袭击。
3名木叶中忍也都身手不凡，各自拔出苦无应战。木叶忍者甲道，“为何打破盟约？”木叶忍者乙道，“我们是木叶村的！”木叶忍者丙道，“是不是有什么误会呢？”5名岩忍并不答话，只是一味地进攻。渐渐地，五名岩忍包围了3名木叶忍者。正在危急时刻，几个暗部赶到了。发现木叶的援军到了，岩忍们马上选择了撤退。木叶忍者甲道，“你们来得正好，岩隐倒戈了！”
一名暗部摘下地上敌人遗留的手里剑，“这不是岩隐的手里剑。”木叶忍者甲一愣，“冒牌货？为什么？”暗部忍者道，“为了分裂木叶与岩隐！”随队一起行动的卡卡西独自出击了，暗部甲喊道，“不要深追啊！”卡卡西追入树林，手中千鸟齐鸣，直接干掉了落在后面的一名敌人。卡卡西紧追不舍，第二个、第三个、第四个敌人也被雷切击毙。剩下的最后一个敌人惊慌失措，从树上坠落下来。
卡卡西也落下来，摘下面具，冷冷看着敌人。冒牌岩忍惊骇，“写轮眼？你就是传说中的冷血卡卡西吗？”暗部的两名忍者也飞追过来，“住手，卡卡西！”“别杀他，留个活口！”卡卡西的手中已经发动千鸟，冒牌岩忍吓破胆，“救命……”卡卡西的雷切凿穿了敌人与后面的大树，雷光在树林里升起，发出轰然巨响。两名暗部落下来，“5个敌人都是一击命中要害啊！”“哪怕留下一个活口也能问出情报啊！”
木叶街上，阿凯与卡卡西打招呼，卡卡西直接无视了，背着短刀离去。阿凯大为恼火，“居然不理我！”随后，卡卡西来到火影岩上独坐，孤独与寂寞就是那个时期卡卡西的真实写照。
火影办公室，暗部队长来报告，“虽然卡卡西进入暗部时间不长，但他的表现令人瞠目结舌。”暗部队长将卡卡西这次任务的表现说了一遍，金宇耸了耸肩，“火影大人担心卡卡西因为误杀琳，受到的心理创伤看来已经治好了呢！”暗部队长道，“是啊，完全没有担心的必要了，卡卡西是个合格的暗部忍者，只是下手太快了些。”金宇看到水门脸上的忧色，“你有什么不放心的吗？”水门叹气，“没事。”
木叶医院，医生确证了玖辛奈怀孕的事实，并恭喜了她，“预产期是10月10日。”玖辛奈大喜过望，“是吗？”
波风家，水门正在吃面条，“哈，有宝宝了？”玖辛奈很激动，“我要当妈妈了！”水门一下子愣住了，“我也要当爸爸了吗？”就在上个月，金宇向水门显摆说要当父亲了，水门还一直很羡慕。水门有些激动，“没想到这么快就轮到我当爸爸了！”玖辛奈同样很开心，“当妈妈了！”水门道，“我当爸爸……”玖辛奈抱住丈夫，“当妈妈啦！”水门高兴，“这下我真的当父亲了！”夫妻二人激动万分，对未出生的孩子充满了憧憬。但他们绝不会想到这个孩子的出世意味着一场可怕的浩劫。