虽然卡卡西加入暗部不久，但他冷血的表现有时令人瞠目结舌。知道这些的水门没有责怪他的意思，而玖辛奈产前的护卫工作，水门也放心的交给了卡卡西。
时间飞快，怀孕的玖辛奈一直处于兴奋中，经常跟宇智波美琴、正美等怀孕女**流经验。当然，玖辛奈腹中的孩子就是日后的鸣人，美琴的孩子则是佐助，正美的儿子就是晶臧。卡卡西开始了暗中保护的使命，并亲眼看到玖辛奈的肚子一天天地变大，那里孕育着新的生命。波风夫妇完全沉浸在孩子即将出世的喜悦中，丝毫不知道危险正在渐渐靠近。当然，负责监视保护玖辛奈的卡卡西也完全没有这个意识。
秋季的9月份到了，水门将卡卡西叫到火影办公室，“这段时间辛苦你了。”卡卡西道，“可现在预产期还有一阵子啊！”水门道，“这个我和三代火影商量过了，玖辛奈的生产期间由三代火影的直属暗部保护。”卡卡西道，“那我回去继续执行暗部的任务。”水门道，“其实也不用这么着急，你可以先休息一阵子。”
金宇四十五这阵子都在家里陪着妻子正美和刚出世不久的孩子，完全没有去上班的意思。作为金宇的老师，志村团藏也亲自来看过这个孩子。师徒二人按照之前的约定，团藏给孩子起名叫晶臧。
团藏希望晶臧长大一点后就去根部做忍者，但被金宇拒绝了，“我希望他能成为一个普通的孩子，在和平年代快快乐乐长大。至于今后想不想当忍者，那就看他自己的意愿和天赋了。”对于金宇的坚持，团藏虽然有些不高兴，但也表示了理解。金宇家只是平民忍者，虽然有些传承，但毕竟没有血继限界，不属于贵族序列。
卡卡西来到野原琳的墓碑前，换上新的鲜花，“对不起啊，琳。很长时间没来看你了，我发誓，真的不是想忘记你。有件事情我想告诉你，虽然暂时还属于机密。水门老师的孩子就要出世了，金宇上忍也有儿子了。他们这一代将生长在和平年代，如果我们也能晚些出生……我再去告诉带土一声！我走啦，琳。”卡卡西离去了，他丝毫没注意到一个戴着面具的男子就躲在后面的树丛里，听到了他所有的话，这人就是阿飞。阿飞来到野原琳坟前，将卡卡西摆放在那里的鲜花全部扔掉了。
十月份到了，卡卡西与阿凯走在木叶街上。阿凯正在缠着卡卡西比斗，“就没有更热血的一点的较量方式吗？你这样也好意思当我的宿敌啊！”卡卡西有气无力，“明天还要早起，今天就算了吧！”阿凯滔滔不绝，“别拿任务当挡箭牌！眼下我们拥有火热充沛无处发泄的能量，所以我们应该更加发奋图强！只要脚踏实地地努力积累，才能在将来执行任务时赢得成功。喂，你在听我说话？你进入暗部以后怎么变得这么冷漠啊！我听说了，你的外号叫做冷血卡卡西……”
卡卡西有些不高兴了，阿凯只好道，“我明白暗部的事情不能随便透露。但不能因为这个就忘了我们之间的交情啊！青春苦短啊！”卡卡西道，“凯，你有没有觉得不对劲？空气里似乎透着一股寒意。”阿凯怒道，“之所以会这样，是因为你的态度太冷漠！青春只在当下。”
满月当空，宇智波家里，年幼的鼬抱着熟睡的弟弟佐助坐在台阶前，那时候佐助还是个婴儿。鼬觉得有些不对劲，“这感觉怎么这么不好呢！”突然佐助大声哭起来，鼬急忙哄孩子，“别哭哦，佐助！……这感觉真叫人不爽啊！怎么爸爸妈妈偏偏在这个时候出门呢！不管发生什么事情，我都会保护你的哦，佐助！”
金宇家，金宇四十五正在逗弄儿子，正美是医疗忍者，刚刚给疾风检查完身体，“不要太勉强哦，我给你开的药要按时服用。”疾风答应。看到疾风好奇的样子，金宇就将儿子递给疾风抱。疾风手忙脚乱地抱住晶臧，“金宇老师的儿子，真是可爱啊！”金宇笑道，“这个臭小子哪里可爱了呢！要是个丫头就好了。”正美不满，“人家别人都喜欢儿子，就你喜欢女儿。我就最喜欢儿子啦！”金宇抬头看了看月亮，觉得有些不好的感觉。
同样，在家里看忍术资料的猿飞也察觉到了异样。阿飞悄悄出现在了木叶街角，露出了狰狞的写轮眼，“通灵之术！”强大的九尾被直接通灵而来，发动了猛烈攻击，木叶猝不及防，一下子损失惨重。九尾发出了怒吼，九条尾巴同时打开了，尾兽之难震惊了整个木叶。阿飞用瞳术控制了九尾，“上吧，九尾！”九尾开始肆无忌惮地冲入木叶，进行大肆破坏。闻讯赶来的木叶忍者拼命阻拦，却无济于事，反而白白牺牲。
暗部忍者马上通告了三代火影，“九尾、九尾忽然出现在村子了！”三代火影换上了戎装，“你们随我过去阻击九尾，绝不能让它冲入村子中央！”同时，木叶的忍者也都纷纷冲出来，向九尾所在方向冲去。金宇直接带着双剑冲出了家里，“我去阻止九尾！疾风，你带着晶臧快去避难所避难。记住，如果万一发生了什么不幸，照顾晶臧的重任就交给你了！”疾风大惊，“老师……”正美把孩子递给疾风，“照金宇的话去做吧，我也要马上过去救援，一定有很多忍者受伤的。”
街头，卡卡西与阿凯也知道是九尾出现了。阿凯怒道，“混账九尾，现在是将火热的力量释放出来的时候了！”卡卡西道，“别急，凯！”阿凯根本不听，“放马过来吧，九尾。我跟你单挑！”一个背刀的上忍阻止了二人，这个上忍就是夕日红的父亲夕日真红，“你们现在立刻去集合处集合。”卡卡西道，“为什么？现在应该马上去阻击九尾啊！”夕日真红道，“这是三代火影的命令！”阿凯道，“日斩大人吗？”卡卡西道，“听到了吗，凯？我们走！”
树林集合处，未满20岁的少年忍者都被集中在这里，并且有忍者布置了结界。夕日真红道，“听着，你们年轻一代不许接近九尾。金宇上忍已经成功地挡住九尾的去路，两位火影也会赶去支援。”夕日红道，“这是什么意思？”夕日真红道，“这不是与外村的战争，而是内部问题。你们不需要以身犯险！”红怒道，“你别擅自做主啊，爸爸！”阿斯玛道，“冷静点，红！”夕日真红道，“你也是忍者，红，命不会太长的。但是女儿啊，我希望你将火之意志托付给我未来的外孙。答应爸爸吧！我相信你！”
阿凯生气，“金宇上忍那边都不知道打成什么样子了，你们父女两个还有心情拌嘴啊！这种时候什么都做不了，真是不甘心啊！”卡卡西等人抬头看见满天的霞光，光与水组成了上万剑影遮蔽了月亮……继而，猛烈持续的轰鸣巨响过后，霞光与剑影都消失了。夕日真红露出惊色，“不好，金宇上忍的查克拉……”之后就发生了三代火影大战九尾，四代火影波风水门赶来，与妻子玖辛奈一起封印九尾的艰险战斗。
三代火影等人赶到村外，等到结界消失后，他们看到了惊人的惨状。四代火影夫妇满身是血倒在地上，刚出生的漩涡鸣人就躺在旁边，不住地啼哭。猿飞抱起鸣人，让两个随同前来的上忍，马上送波风夫妇前往木叶医院。此时，波风水门已经阵亡。漩涡玖辛奈还剩下最后一口气，“三代目，那孩子就拜托你照顾了！”猿飞哽咽，“你不用担心。”玖辛奈生命力非常强劲，“孩子叫……鸣人……是水门和我……根据自来也老师的小说起的名字。”
猿飞道，“鸣人吗？我知道了。我一定负责照顾好他，所以为了这孩子，你就别说话了……”玖辛奈无法再说话了，她已经闭上眼睛，失去了气息。猿飞泪流满面，“玖辛奈啊，我保证……”惨烈的九尾之难给木叶带来了剧烈的重创，木叶不仅仅失去了大量中上忍（其中包括伊鲁卡的父母海野夫妇）和许多无辜的村民，更重要是四代火影夫妇与金宇夫妇均在此役中阵亡。
不详的寒意在傍晚弥漫开来，为了保护村子，水门和玖辛奈不幸牺牲。之后，三代火影等人给这些死去的忍者们举行了隆重的葬礼。猿飞、门炎、小春、团藏等人全部出席，上一代的猪鹿蝶、日向、宇智波、油***冢、鞍马这些幸存的各家族成员都有出席。少年时代的卡卡西、阿凯、夕日红、阿斯玛、不知火玄间、并足雷同等人也都在场。悲伤的气息笼罩了整个木叶，木叶的金水组合就此陨落。猿飞道，“玖辛奈、水门，你们用生命保护了整个木叶，还有木叶村的未来。”卡卡西泪流满面，“水门老师、金宇上忍……”
葬礼之后，木叶高层召开了上忍会议。门炎道，“尽管成功击退了九尾，但为此付出的牺牲实在太大了。”小春道，“我们没时间沉浸在悲伤中，目前燃眉之急是选出合适的继任者，填补火影的空缺。”奈良鹿久道，“不如就托付给水门后一代的忍者吧！”小春道，“虽然他们当中也有优秀的上忍，但不可否认，他们的实力不够影级，经验也不足以领导众人。”鹿久叹气，“那么还能有谁呢？三忍之中，自来也、纲手姬都不在木叶，而大蛇丸又……”
村子发生了如此动荡，身为三忍之一的大蛇丸居然连面也没有露，这让村子的忍者都非常不满。团藏想要替大蛇丸辩驳几句，猿飞先站起来，“迫不得已，这是非常时期，我猿飞日斩愿意再次担当重任。”门炎松了口气，“你愿意出马啊！”小春道，“既然你肯答应，那就好办了。”团藏忍无可忍了，“你曾经一度让出了火影之位，真的有能力胜任吗？事实上，你尽管赶到了九尾作乱的现场，却没能救出金宇和四代目！是我的弟子金宇用生命拖住了九尾……”
门炎道，“团藏，你这么说就太过分了！”小春冷笑，“那时候团藏你又在哪里呢？金宇是你的得意门生，你为什么不去救援？而且你的根部忍者也没有一个出现在现场。”这句话一下子把团藏给堵住了。团藏本来是想让三代目、四代目与九尾拼个你死我活，他好趁机上位的，没想到阵亡的是四代目与金宇，而三代火影却安然无恙。
猿飞哈哈大笑，“是我这个老头自不量力了，到下一代火影成长起来为止。只当是个过渡了！这样总可以了吧，团藏？”团藏咬牙切齿，却不得不接受了这个苦果，火影之位再次与他擦肩而过。
墓区，卡卡西将鲜花分别放在波风水门与金宇四十五的坟前。刚好，来这里悼念金宇的团藏看到了这一幕，就走过去跟卡卡西说话，“你是旗木卡卡西吧？”卡卡西道，“团藏大人……”团藏道，“怎样，要不要到我的手下做事呢？”卡卡西道，“我是水门老师的……”团藏道，“将你送入暗部的四代火影已经过世了，照这样下去，你会变成三代火影的直属暗部。作为和平主义者的三代目，拖延了战争，是害死带土和琳的始作俑者。”