两人一犬汇合，跟着烟雾向前跑去。密窟，大蛇丸正在用大号针管抽取雪见的血液，疼痛让雪见醒了过来，发出了惨叫。雪见的喊声传来，卡卡西马上确定了方位，那个秘密洞穴就在前面的土石后面。卡卡西结印，“雷切！”以雷克土，雷切凿穿了入口的巨石。烟雾弥漫，卡卡西与大和冲了进去。受到了雷切破石的波及，大蛇丸与雪见都倒在地上。大蛇丸站起来，“两个臭小子，居然敢妨碍我！”
卡卡西道，“这次我不会再畏惧了！我会直视你的双眼直到最后，将你打倒。”大蛇丸不屑，“你啊，还差得很远！掂清自己的分量吧！”大蛇丸与卡卡西同时冲向对方，激战一触即发。这时，上方的土石开始崩塌，那是卡卡西雷切造成的后遗症。迎着不断下落的土石，卡卡西手持千鸟，冲了过来。大蛇丸射出带绳子的苦无，苦无钉入上方的岩壁。大蛇丸拽着绳子窜到了上面，“我说过，要等你变得更成熟些，我再陪你玩！”说完，大蛇丸转身离去了。
甲和卡卡西在伊布利一族烟雾的指引下找到了雪见，但得到雪见血液的大蛇丸还是顺利逃脱。
卡卡西想要追击，雪见的惨叫声吸引了他。卡卡西与大和急忙过去查看，原来雪见的咒印发作了。卡卡西见多识广，“这是大蛇丸的咒印。”大和手足无措，“怎么办，卡卡西？”卡卡西摇头，“只有施术者才能解除咒印。”大和道，“怎么会这样？”雪见在剧烈痛苦中，依然喊着天藏的名字。破碎的岩洞，阳光照射下来。大和泪流满面，雪见张开的手臂开始烟雾化，然后整个人在阳光照映下变成了粉色烟雾。
烟雾开始散开，一旦烟雾完全消散，雪见就不可能变回去。大和想起了最后的同伴，拼命结印，“木遁！”大和用木遁做出了一个木制的高耸箱体，但烟雾还是向上面飘去。烟雾的上升速度超过了木遁的制造速度，大和满头大汗地努力。到最后，依然有4股青烟飘飞到外面，大和无能为力了。大和想起死去的那个同伴，更加痛恨自己的无能。伊布利族人的灵魂烟雾飞过来，沿着大和制造的木遁箱体，包裹住雪见的粉色烟雾，伊布利族人在用自己的意志来保护最后的遗孤。
然后奇迹发生了，木遁箱体在这些生命力的共同努力下，变成了生机盎然的参天大树。大和与卡卡西目瞪口呆，那棵大树在阳光照耀下闪闪发光。大树的主干裂开了一个洞，雪见就在里面，那是死者的意愿和生命的奇迹。
大和大喜过望，“雪见！”雪见睁开眼睛，“天藏……”劫后重逢的喜悦令人感动。身体不稳定的雪见开始变为烟雾慢慢散去，甲的木遁和伊布利一族的灵魂们将雪见挽救了回来。大树随风飘舞，绿叶作响，仿佛奏响了一曲伟大的生命之歌。
离开伊布利一族的驻地，卡卡西、大和、雪见来到了一个三岔路口。当时，阳光正盛，蓝天绿树，万里无云。大家决定在这里分道扬镳。卡卡西道，“我没有见到过大蛇丸，也没遇上奇特的伊布利一族以及根的人。”说完，卡卡西沿着a路独自往木叶而去了。雪见露出笑脸，“就算再遇到刮风，我也不怕了。我会向前走下去，为了我的未来！”与大和告别后，雪见踏上了属于自己的b路。
一直遥望雪见离去，大和笑了笑，踏上了返回木叶的c路，“我只能循规蹈矩地活下去，但这样也挺好。因为我清楚了我自己也能保护别人。”活着的三人怀着不同的信念走上了各自的道路。
——————大蛇丸叛逃3年后，鸣人4岁时——————
根部基地，大和与根部忍者乙面见团藏。团藏道，“写轮眼这东西本来就是用完就扔的，就连写轮眼持有者的宇智波一族，都会在每一次使用中逐渐丧失瞳力，最终失去光明。”注意团藏所说的普通写轮眼使用会丧失光明，指的是写轮眼使用过度的极端情况。所以在没有战斗时，宇智波一族不会开启写轮眼，就是为了闭目养神，滋润写轮眼。一般而言，普通的写轮眼只要注意保护和休养，不会出现丧失瞳力的状况。而万花筒写轮眼再怎么保养，只要使用就会减弱视力，无法避免。
这时候的团藏已经得到了宇智波家的写轮眼，才有了这样的结论。团藏露出了右眼绷带下的写轮眼，“更别提有些禁术甚至得用写轮眼本身作为代价，才能发动呢。去为我这只眼睛找个替代品吧！”团藏的写轮眼装在失去的右眼上，卡卡西的写轮眼在左眼上。根部乙道，“如果要对宇智波一族的忍者下手，需要周密的准备。”团藏道，“未必是宇智波族人，有个没有双亲失去老师，并杀死朋友的人，拥有一只写轮眼。”大和马上想到了，“旗木卡卡西！”团藏冷冷道，“永绝后患！”
墓区，卡卡西来祭拜野原琳，大和与乙藏身在树丛中观察卡卡西。大和问道，“是谁的墓？”乙道，“他的同伴，被他杀死的。”一头紫发的卯月夕颜背着短刀出现，“卡卡西前辈，火影大人找你。”卡卡西道，“知道了。”两人向墓区外走去，卡卡西道，“不用叫我前辈，这又不是在忍者学校。”夕颜道，“就算在暗部，你也是前辈。我一直把前辈当成榜样。”
这时期卡卡西在暗部已经有多年了，夕颜是最近才加入暗部的，还非常年轻。卡卡西道，“找个更可靠的人当榜样吧！”夕颜笑道，“更可靠的人，疾风那样的家伙吗？整天一副病怏怏的样子，怎么看也不会成为别人的榜样。”卡卡西与夕颜离去后，大和与乙来到野原琳墓前，大和看到了墓前的鲜花以及琳的名字。
火影办公室，三代火影道，“大蛇丸在国内有多处秘密研究设施，这你知道吧？”卡卡西说知道。猿飞道，“逃离村子之前，大蛇丸破坏了其中一些，另一些则原封不动地留下来了，包括我们未知的东西。正在执行任务的4人小队，恰巧发现了用途不明的设施。根据小队回来后汇报，那应该是被大蛇丸遗弃的研究设施之一。”卡卡西问道，“小队有没有调查内部？”猿飞道，“幸好还没有。因为不知道里面有什么，我不想让村里人知道那家伙进行可怕研究的真相。不想让他们知道自己下落不明的亲人和朋友变成了什么样子。”
三代火影道，“然而调查是必须的！”卡卡西明白了，“所以你想让我这个暗部去。离大蛇丸叛逃出村已经过去3年了，他的负面遗产至今令人头疼啊！”猿飞道，“对不住，只能拜托你了！”卡卡西哈依。
卡卡西奉命出行，穿过一片树林，前往那个秘密研究基地。根部的甲和乙随后跟了上去，目的是卡卡西的写轮眼。
火影办公室，猿飞正在用毛笔写字，团藏走进来，“听说你发现了大蛇丸的据点？”猿飞道，“是那家伙留下的研究设施，我已经派人去调查了。”团藏道，“这样啊！”猿飞站起来，“你不放心吗？”团藏道，“尽管是被遗弃的研究设施，但难保里面没有遗留的陷阱。不知道那位调查人员是否可靠？”猿飞道，“我派的是暗部高手。”团藏阴狠道，“希望他没事。”猿飞皱眉，不知道团藏又搞什么阴谋。
卡卡西来到那个研究设施，那是个地下洞窟。卡卡西跳入洞中，来到入口门前，那里有个封印的符咒。卡卡西结印，试图解开封印。封印符变红后，失去了色彩。卡卡西上前揭符，符印突然发出亮光，卡卡西急速后退，“砰”地一声巨响，爆炸发生了，大门炸得粉碎，火光冲天。
后面冲出水流，阻挡住了烈火，是大和发出了水遁忍术。卡卡西险之又险地避开了爆炸陷阱，当然也发现后面的跟踪者，“你是甲吧？”大和只好站起来，“好久不见了，卡卡西！”
爆炸结束后，硝烟散尽，大门打开了。卡卡西与大和向里面走去，卡卡西随口问道，“你怎么在这里？”大和道，“有任务。”卡卡西道，“来支援我的？不，不对，是团藏大人吧？他也想擅自调查大蛇丸的研究设施，所以派了根来。”大和没有答话，卡卡西叉手，“根的人决不透露任务内容吗？但不管怎么说，刚才的水遁，真是多谢了！”大和道，“我也不想卡卡西被烧死。”卡卡西道，“要一起进去调查吗？彼此有什么发现可以沟通一下。”
卡卡西被三代派去调查大蛇丸遗留下来的用途不明的设施，跟他一起进入设施的还有根的甲，但甲接到的命令并不是调查设施，团藏盯上的是卡卡西的写轮眼。大和陷入深思，卡卡西道，“怎么了？就算部署不同，我们也都是木叶忍者，完全可以互相协助嘛！”根部乙还躲在暗处，卡卡西并没有发现。大和道，“也对，前面不知道是什么情况。一起走吧！”卡卡西道，“好。”
两人向前走，乙偷偷吊在后面。卡卡西道，“陷阱貌似只有入口那一个，想必是大蛇丸急着逃跑，没有来得及设置更多。”大和道，“是啊，但是小心为上。”说话时，大和偷偷取出了苦无，准备偷袭卡卡西。两人来到了前面一个门前，大和没有找到下手的机会。卡卡西轻轻推门，“上了，小心点！”门开了一条缝，卡卡西拿镜子晃悠，反射里面的情景，看是否有机关。
确认没有问题后，两人进入了里面，那是个实验室，桌上有很多实验报告，还有些玻璃器皿。大和道，“貌似什么都没有。”卡卡西翻看一份报告，“不知道大蛇丸在这里做过什么实验。我猜他是最擅长人体实验之类的。”大和问道，“人体实验？”
——————大和的模糊回忆——————
阴暗的柱间细胞实验室，大蛇丸与团藏走进来，大蛇丸阴森森道，“这个不行，那个不行，这些也不行……”团藏跟在后面，沿途都是破碎的玻璃器皿，还有一个孩子在器皿里挣扎，那就是大和。经过大和身边时，大蛇丸生气道，“这个实验体也失败了！我本以为成长期的儿童，才适合柱间细胞的繁殖，谁知反而不行。小孩子的体力根本支撑不住！”大和勉强睁开眼睛，看到了大蛇丸与团藏的模糊轮廓。大蛇丸决定把这里关闭封锁起来，团藏没有异议。
两人向外走去，完全没注意到大和还活着。大蛇丸道，“不用担心，细胞移植还有其他很多方法，马上就能开始下一项实验了。”两人离开后不久，实验室的仪器停止了工作，这里被大蛇丸放弃了。大和所在的器皿崩溃了，液体流出来，大和发出惨嚎，“我还活着，不要放弃……不要啊！”听到了实验室里传来的声音，团藏撞开门冲了进来，看到了大和，他露出了震惊的表情，“居然活下来了！”
后来，大和被团藏带入了木叶医院进行初步诊治，身体康复后，就带大和来到根部的训练基地。那时候的大和似乎忘记了自己是谁，连语言能力都有了障碍。团藏喋喋不休，“大蛇丸太贪心，继而连三地尝试新东西倒也罢了，却从来不会持之以恒。不过他早早对你放弃信心也算你走运，如果留在大蛇丸那里，肯定会被继续做实验材料。”
来到基地，见到了其他忍者，团藏道，“我的组织收留那些无处可去的忍者，从今往后，你也成为根部的忍者吧！”大和问根是什么，团藏道，“我们就是支撑木叶这棵大树的坚实根基。如果根基扎的不够深，大树就长不高。”大和道，“所以是根吗？”团藏道，“你的名字就叫做甲吧！从今往后，你也是我们的同伴。”