之后，团藏埋葬了大和的那些实验体同伴，足足有59个坟墓。团藏感叹，“1/60，为了培养出木遁忍者，其他59个孩子失去了性命。甲，你要珍惜自己的生命！”大和大声答应。那个墓区长出了幼小的树苗，大和泪流满面，“我去了，大家！我会成为木叶的根。”
后来，大和加入了根部的训练，在那里他初步认识了山中风等人。大和逐渐能够熟练使用水遁等忍术，团藏很满意，“你对查克拉的掌控变得娴熟了。”看到时机成熟了，团藏决定亲自训练大和。听到团藏要亲自指导大和，其他根部忍者都吃惊非小，各个都露出羡慕神色。
团藏带着大和来到那个墓区附近，团藏道，“我曾亲眼看到过初代火影的战斗……树界降诞、花树海降临……每一种都是强力的木遁忍术，继承他细胞的你，也应该能办得到。必须同时使用土遁和水遁性质的变化……”按照团藏的指点，大和结印，发动木遁忍术，大地钻出三根弯曲的树枝，摇摇晃晃。团藏露出失望神色，“还是不行吗？”大和道歉，“对不起，团藏大人。”
团藏道，“没办法，你毕竟不是初代大人的完整复制体。”团藏取成一个蓝紫色卷轴递给大和，“这是柱间大人留下的木遁忍术书，里面都是我用不了的忍术。但换成是你，应该能学会。”大和接过来，“我来学习团藏大人不会的忍术吗？”团藏道，“忍者世界的力量分为很多种，无法只靠一种力量来抗衡。必须融合多种力量，再依靠这力量设法统一混乱的忍者世界。我很期待你的木遁忍术！”大和郑重点头，对团藏佩服得五体投地。
——————大和的回忆结束——————————
卡卡西的声音打断了大和的思绪，“甲、甲……喂，甲！”大和问怎么了，卡卡西没好气，“走了！”两人开始检查下一个实验室，来到门前，照例卡卡西上前开门，“这里上锁了呢！”大和道，“让我来！”大和结印，把手指伸入钥匙孔中，木遁钥匙形成了，打开了那道门。卡卡西叹服，“这个木叶村失传多年的忍术，你是从哪里学到的呢？”大和说保密。
两人进入实验室，卡卡西道，“木遁忍术而言，对木叶村有着特殊的意义。这你明白吗？”大和说不清楚。两人翻看这个房间的实验册子，卡卡西道，“木叶有九尾人柱力，木遁术是能控制九尾的力量之一。”大和道，“我知道另一种力量是写轮眼。”卡卡西道，“你的木遁术不只对根，甚至对整个木叶村都大有益处。我知道团藏大人想把你留在身边，但照理来说，你更应该成为火影直系。你要不要离开根，去能够照耀到阳光的地方呢？”大和没有答话。
两人向下一个房间走去，这个房间有两个大型的玻璃器皿，器皿的表面是模糊的玻璃，不知道里面是什么。卡卡西上前查看，“这是什么？”卡卡西擦拭玻璃，玻璃变亮了，刚好反射出大和手持苦无冲过来的图像。卡卡西急忙侧身闪避，苦无划伤了卡卡西的肩膀。卡卡西稳住身形，“你干什么，甲？”大和并不答话，继续用苦无攻击。卡卡西拔出苦无，磕飞了大和的苦无。
随后，两人拔出背后的短刀，短兵相接，激烈地战斗在一起。卡卡西怒道，“你是认真的吗？”趁着卡卡西手臂受伤，大和挥刀击飞卡卡西的短刀，“是认真的！”卡卡西急退，大和紧追而上，并发出了木遁忍术，木柱击飞了卡卡西。卡卡西落在地上，打开了写轮眼。大和吃惊，急忙用手遮蔽自己的眼睛，防止写轮眼幻术。两人都是精英，互相忌惮对方的忍术，各自闪避到暗处，准备下一步的厮杀。
大和躲在器皿后，“占上风的是我，接下来……”卡卡西躲在另外一个地方，“那家伙知道对付写轮眼的方法，从一开始就痛下杀手。”卡卡西用急救包处理好肩臂伤口，“甲，既然你真打算杀我，那我也会动真格的。我们这是自相残杀啊！我是认真的……”根据声音，大和找到了卡卡西的位置，突然发动木遁忍术，用木条将卡卡西束缚在柱子上。大和举起长刀刺向卡卡西，“我真的是来杀你的！”
大和的刀子刺入了卡卡西的身体，卡卡西消失了，是影分身。一排手里剑射过来，准确击中了大和的左臂。卡卡西从后面出现，苦无贴住大和的脖子，“到此为止了！为什么杀我？”大和道，“这是任务！”卡卡西怒道，“哪有任务会要求杀死同伴的呢？”大和道，“这话真奇怪，杀死了同伴的卡卡西居然这么问！”趁着卡卡西愣神的功夫，大和完成了木分身替换，本体逃了出去。
卡卡西急忙舍弃木分身，回身格挡。大和的刀子砍下来，被卡卡西的苦无架住。两人激战两合，卡卡西后退到大型玻璃器皿前，“木遁分身吗？身手比3年前好了不少。”大和道，“所以你也动真格的吧！”卡卡西道，“我不会对同伴下手。”大和烦躁，“你不用客气！”卡卡西劝大和放弃任务，大和拒绝，拿刀上前攻击，卡卡西只好奋力招架。大和道，“对忍者而言，任务是绝对的！”
激斗中，大和再次突发木遁，用木柱顶飞卡卡西。卡卡西后退时，顺手甩出苦无，击伤了大和的大腿。卡卡西跌倒在地，大和腿部受伤，也只好先躲到暗处。卡卡西道，“任务不是绝对的，如果杀死同伴是你的任务，这说明任务本身就是错的。命令你执行这个任务的人一定有问题。”大和躲在暗处，取出腿上的苦无，“团藏大人是错的？不，团藏大人没错！”
大和鼓起斗志，再次发动攻击，与卡卡西激战。两人的兵刃不断碰撞出火花，混战中，大和磕飞卡卡西射出的手里剑，手里剑反弹出去，击破了后面的玻璃器皿，但是两人都没有注意。大和道，“我必须完成任务！”卡卡西喝道，“你的任务到底是什么？我再说一遍，不存在必须杀死同伴的任务。”大和冷笑，“那你为什么杀了她？”卡卡西吃惊，“什么？”两人拉开距离，盯着对方。
大和道，“你为什么杀死野原琳？”卡卡西露出难过的神色。回想起自己曾经的遭遇和团藏对自己的教导，这些让甲对自己的同伴痛下杀手。不想伤害同伴的卡卡西劝甲放弃任务，但甲的反问却触及了卡卡西的痛处。
趁着卡卡西走神，大和结印，发动木遁忍术，袭击卡卡西。卡卡西被木柱击中，受伤流血。卡卡西咬牙奋力用苦无劈开那些木柱。大和冷冷道，“你为什么杀死她？还不是任务才杀死她的吗？”大和的木遁忍术继续袭来，核桃木遁屋子锁住了卡卡西。卡卡西手中闪现雷光，用雷切击破了木屋牢笼，“别随便提起琳的名字！我确实为了暗部的任务，处置过很多木叶叛忍和叛徒，被人叫做同胞杀手卡卡西也在所难免。”
卡卡西满腔怒火冲向大和，“但是……”大和也进行结印，“木遁，木剑！”地面升起大量木剑，阻拦卡卡西的攻势。卡卡西的雷切横扫木剑阵，冲过来杀向大和。卡卡西速度极快，“我本来没打算杀她……”卡卡西摁倒了来不及躲避的大和，“我没能拯救同伴，所以琳死了。就死在我的千鸟之下，没能保护……没能保护她……”想起实验室那些死去的同伴，大和似乎有点了解卡卡西了。
大和道，“你要杀死我吗？”卡卡西道，“你是木叶的同胞，还是叛徒？”大和道，“我不是叛徒。”卡卡西道，“那你是什么？”大和道，“我是根部的忍者甲！”卡卡西道，“那么甲，放弃根的任务。”大和却说办不到，卡卡西道，“那我只能把你抓起来交给火影大人了。”大和无奈，“随你便！”卡卡西没有注意到，玻璃器皿里的一条巨蛇苏醒过来，睁开了可怕的眼睛。
卡卡西用绳子捆住大和，让他站起来。大和站起来，卡卡西道，“走了。”大和道，“任务怎么办，卡卡西？你的任务不是调查这里吗？”卡卡西没好气，“因为你的缘故，中断了。”大和道，“你可以不用管我。”卡卡西怒道，“是你想要我的命，开什么玩笑！”大和道，“我没有开玩笑……”卡卡西没耐心了，推了推大和，“快走！”
两人沿着通道前行，卡卡西道，“听说根部的训练是必须抛弃一切感情，你也一样吗？”大和道，“不只是感情，还必须抛弃名字、过去和未来，一切只为了任务。”卡卡西道，“你的任务失败了……”话未说完，后面传来玻璃破碎的声音，两人一起回头。卡卡西开启写轮眼，注视之前的玻璃器皿。大和想要过去看看，卡卡西喝止，“站在那别动！”
卡卡西拿着苦无谨慎地来到破裂的玻璃器皿前面，没有发现异物。但卡卡西身经百战，还是感受到了浓烈的杀气，以及空气中传来的危险气息。大和传来惊叫声，卡卡西回头看去，一群小白蛇围困住了大和。大和的双手被捆，无法抵御。蛇首酷似大蛇丸的巨蛇出现在卡卡西身后，卡卡西马上回身。巨蛇袭向卡卡西，卡卡西及时跳起躲避，地上被巨蛇凿出大坑。
卡卡西快速转移到大和身边，大和道，“这些蛇是怎么回事？还有那个大家伙。”卡卡西道，“不是普通的蛇，是大蛇丸的实验体吗？”巨蛇张开血盆大口，喷出了大量小白蛇，涌向卡卡西与大和这边。卡卡西急忙发动雷遁，抵御白蛇。可是这些小白蛇数量太多了，还是很快落满在二人身上。巨蛇趁机游动过来，卡卡西向巨蛇蛇首射出苦无，蛇首化成小白蛇松散形态，苦无穿过蛇首，落在后面的柱子上，攻击无效。
大和因为行动不便，被白蛇完全包裹住。巨蛇袭击过来，卡卡西奋力躲开，大和却被吞入腹中。卡卡西大惊失色，“甲！”巨蛇吞下大和后，马上潜入黑暗处躲藏起来。卡卡西用写轮眼仔细查找，很快找到了巨蛇的身形，毕竟这么大的蛇类还是不容易躲藏的。卡卡西大叫着发动了千鸟，巨蛇也察觉危险，奋力扑向卡卡西……写轮眼加上雷切，切断了巨蛇的蛇身。
被巨蛇吞入腹中的大和，感受到了死亡的危险，想起了昔日的那些实验体同伴。卡卡西的声音传来，“还活着吗？”大和睁开眼睛，卡卡西站在旁边，“你没事吧，甲？”大和坐起来，看到了身边断成两截的巨蛇，“我还活着啊！为什么？你为什么救我？”卡卡西解开大和的绳子，“当然不能看着你死了。”大和道，“对于敌人，就算是见死不救也是正常的吧？”卡卡西道，“你想死吗？”
大和道，“不，我不想死。我一点也不想死！”卡卡西道，“那就庆幸自己还活着吧！”大和道，“啊，庆幸还活着？”卡卡西正要说话，那条死去的巨蛇的蛇身开始变化了，体液流在外面，冒出奇怪的气体。大和道，“蛇的体液……”卡卡西急忙道，“这是……别吸进去，有毒！快跑！”大和也察觉不妙，“是！”
大和站起来向外跑，但卡卡西已经吸入了毒气，身体不听使唤，栽倒在地。大和急忙回身，背起卡卡西向外跑。之后，大和带着卡卡西躲入了洞窟中的一个密室，大和把入口的门封死，防止毒气渗透进来。
确认没有问题后，大和检查卡卡西的状况。猛然想起这次任务之前，团藏交给他的解毒剂。团藏自然知道大蛇丸实验室的危险性，所以才把解毒剂交给甲乙二人。大和取出试管，将解毒剂注入卡卡西体内。