（1937年12月）
在顾、唐通电话的当夜，南京枪声不息，市民们伏在家，于黑暗中继续忍受煎熬。在外面，蜷缩在寒冬马路上的是无家可归的难民，以及从前方阵地上撤下来的痛苦呻吟的伤兵。此夜天空暗无星斗，有的只是炮弹滑过后恐怖的声音和爆炸时惨白的光亮。
遥望紫金山，那里的战斗已进入白热化。
唐生智是12月11日晚上11点接到顾祝同电话的，3个小时后，也就是12日凌晨2点，他在自己的公馆召集副司令罗卓英、刘兴，以及参谋长周斓和参谋处长廖肯等人开会，将撤退的命令通告诸人。短暂的会议结束后，唐叫参谋处长廖肯、作战科长谭道平迅速起草撤退计划。在如此危急的情况下，撤退计划的拟订，成了对参谋们的一次大考。
12月12日傍晚5点，唐生智召开会议，但他没马上下达撤退令，而是先问与会将领：在一部日军（第23联队肥后盛英中队）已攻入中华门与水西门之间城垣的危局下，是否还能对南京进行有效守卫？
此时，南京环城处处激战，卫戍司令部的气氛紧张到极点。由于不是蒋介石直接向唐下的命令，所以老唐还是留了个心眼，叫各部队长分别代表自己的部队在撤退令上签字：
人们好像都不愿意第一个签。过了一会儿，第66军军长叶肇说：情势危急，我先签。
随后，周澜签了。第三个签字的是孙元良，第四个是宋希濂，随后俞济时、邓龙光都签了字。王敬久则一个劲地抽烟，最后也签了。
按桂永清的说法，在一片沉默中，他站起来说：城防左侧（乌龙山、幕府山一线）并没有多少敌人，紫金山的大部分阵地仍在手里，中山门外的四方城到白骨坟虽处于激战中，但敌人并没突破防线，而光华门更是牢固，只有中华门与水西门一线告急，但可以派教导总队的预备队去支援。
唐生智这时候从口袋里摸出蒋介石通过顾祝同下达的命令：宣布放弃南京。
没人知道唐生智此时的心情，因为他曾宣布要与南京共存亡。同时，他也对蒋介石说过：没你的命令我决不撤退。现在命令也来了，撤退似乎顺理成章。
唐在会上说的最后一句话是：“战争不是在今日结束，而是在明日继续；战争不是在南京卫戍战中结止，而是在南京以外的地区无限地延展。请大家记住今日的耻辱，为今日的仇恨报复。”
唐生智终于没有做到死守南京。他此前采取的一切背水一战的措施，开始慢慢显露出恶果了。
唐生智叫人下发了参谋处拟出的撤退计划，原则是大部（从正面）突围，一部过江（从下关渡长江北撤）。命令如下：
一、敌情如贵官所知。
二、首都卫戍部队决于本日晚冲破当面之敌，向浙、皖边区转进。我第7战区（新成立战区，由刘湘任司令长官）各部队刻据守安吉、柏垫（宁国东北）、孙家铺（宣城东南）、杨柳铺（宣城西南）之线，牵制当面之敌，并准备接应我首都各部队之转进。芜湖有我第76师，其南石炮镇有我第6师占领阵地，正与敌抗战中。
三、本日晚各部队行动开始时机、经过区域及集结地区，如另纸附表规定。
四、要塞炮及运动困难之各种火炮并弹药，应彻底自行炸毁，不使为敌利用。
五、通信兵团，除配属外部队者应随所属部队行动，其余固定而笨重之通信器材及城内外既设一切通信网，应协同地方通信机关彻底破坏之。
六、各部队突围后运动务避开公路，并须酌派部队破坏重要公路、桥梁，阻止敌之运动为要。
七、各部队官兵应携带4日份炒米及食盐。
八、予刻在卫戍司令部，尔后到浦镇。
南京卫戍军各部突围计划：
一、第74军所辖第51师、第58师自铁心桥、谷里村、陆郎桥一线以右地区突围，向祁门附近集结。
二、第87师、第88师自飞机场东侧高桥门、淳化镇、溧水一线以右方向突围，向黟县附近集结。
三、教导总队、第103师、第112师、第66军，自紫金山北麓、麒麟门、土桥镇、天王寺一线以南地区突围，教导部队向昌化附近集结，第66军向休宁附近集结，第103师、第112师向于潜附近集结。
四、第83军自紫金山、麒麟门、土桥镇一线东北地区突围，向歙县附近集结。
五、第2军团应极力固守乌龙山要塞封锁线，万不得已时渡江，向集结。
六、第36师应掩护各机关及直属部队渡江后开始渡江，向花旗镇、乌衣附近集结待命。
按命令，守卫乌龙山要塞的第2军团掩护大军撤退，但由于徐源泉的部队跟城内司令部的通讯已断，所以唐生智并不知道第2军团在他们开会前就已经渡江了。12日下午，徐源泉听一名逃兵说南京已经失守（实际上是中华门、水西门一线城垣攻进来少量日军），于是马上跟城里联系，但发现电话不通了，给唐生智发电报，也没得到回音，在这种情况下，他先行带军队渡江而去了。
这倒是一支安全脱险的部队。徐源泉先派了一支部队对沿江而来的日军（山田支队）进行警戒，又命令在乌龙山要塞的守备队接应从前进阵地撤下来的部队，在12日天黑后以主力在周家沙、黄泥荡两处安然渡江，转天天亮前，把留在南岸的最后一个士兵运送到了北岸。
虽然徐源泉“擅自”撤退，但由于已经跟城里联系不上了，而且在撤退时很有章法，为抗日军保留了大量战士，所以也很难给他什么指责。至于日军军舰冲过乌龙山要塞开到下关，已经是13日早晨8点以后的事了。
按唐生智的命令，大部突围在12日晚11点后，第83军为13日晨6时。在会上，唐生智将撤退路线下发诸将领后，又口头补充了一句：每支部队在撤退时应有长官率领，如部队已脱离掌握，可同我一起过江，第51师、第58师、第87师、第88师和教导总队，如不能全部从正面突围，有渡轮时可向北渡江，奔滁州集结。
不少人说，坏就坏在这道口头命令上了。
南京卫戍司令部参谋拟出的撤退计划还是很具体的，但当时通讯多已中断，在操作上已无法完成了。而且，搞军事的人都知道，两军对垒时，一个撤退令会对士兵的心理产生多大影响，也许在下令前士兵们还在浴血奋战，而一旦得知全线撤退后，意志就有可能在瞬间崩溃。所以，即使没有那道口头命令，在孤城危局下，撤退一方的军队也很难做到从容而行了。口头命令反而加快了这种混乱。
散会后，唐生智叫人对卫戍司令部的大量机密文件进行了处理，然后命令部下将自己的公馆焚毁，随后率罗卓英、刘兴、周斓等人奔向下关江边煤炭港海军码头。在路上，他问渡船的情况，周斓告诉他司令部掌握着一艘小火轮。
对，就是当初留下的那艘。
谭道平等人已经在火轮上等着了。唐生智等人上船后，等佘念慈和廖肯，但没等到，于是在晚上9点多的时候开船，奔向江北。他们坐的这只船，还是前几天从江阴那边开来运送军用品的，被参谋长周斓多了个心眼，留了下来。这艘船，成了卫戍司令部的救命之船。
教导总队第2旅第3团团长李西开（云南讲武堂，云南开远人）回忆，12月12日傍晚6点半，由于他的这个团伤亡惨重，接到了教导总队参谋长邱清泉的电话，告诉他邓龙光第83军将接替第3团的阵地，让他带部队到太平门外的冈子村。也就是说，此时桂永清开会还没回来。如果是这样的话，那么桂永清返回富贵山指挥部时，至少在傍晚6点半以后。半个小时前，紫金山第二峰刚刚陷落，第一峰战斗正在进行中。
桂永清是和王敬久一起回到富贵山地下室的。在指挥部，桂永清计划召开个紧急会议，但由于时间紧迫，又取消了会议，放了归桂节制的第103师副师长戴之奇的鸽子，惹得戴大骂。
桂永清决定用电话通知前面的部队长，王敬久也采取了同样的办法，于是有的部队联系上了，大多数则没联系上。王敬久不管那些了，先行渡江。
桂永清也决定走，想带邱清泉一起，被后者拒绝。邱清泉说，马威龙第3旅还在紫金山第一峰与日军激战，他想跟前线各阵地的部队长再联络一下，尽量都通知到，再商议一下撤退路线。这时候，第1团（秦士铨）、第2团（谢承瑞）、第6团（刘子淑）联系上了，紫金山上与敌激战的马威龙的两个团和太平门外的第3团（李西开）还没联系上。
桂永清望着自己的这位参谋长，说了声：保重，时间紧迫，现在南京已是危城。
随后，桂永清离开了富贵山指挥部。
桂永清撤离时也可谓历经磨难，九死一生。由于身体肥胖，他行动起来比较缓慢，好不容易到达下关江边，又无船可渡。跟随着的卫兵临时扎了一个小木筏，渡江时又多次出现险情，最终还算幸运，被卫兵连拉带拽，终于抵达江对面。桂永清逃过一劫。
王耀武于当晚8点多接到军长俞济时传达的撤退令，他领着第51师往雨花台地区的双闸镇方向突击，杀出一条血路后来到下关江边。作为一师之长，他亦无船可渡。以睿智精明著称的老王闭上眼：此即生人之江，也是绝命之江！
恍然中，他听到有人大喊了一声：王师长，快跟我们走！
睁眼一看，竟是第74军军部的副官。原来，此时军长俞济时和第58师师长冯圣法已安全过江，俞济时有先见之明，南京战前为自己的部队准备了一艘小火轮，现在专门来接王耀武。
王耀武脱险了，第51师、第58师的大部分士兵，最后也乘这艘小火轮抵达对岸。王耀武过江后，不见邱维达，万分着急，立即命人返回江南岸。
1937年12月12日夜，打起仗来以亡命和脾气坏著称的教导总队参谋长邱清泉陷入了巨大的伤感中。
按教导总队参谋处作战参谋刘庸诚（中央军校10期，四川成都人）的回忆，在桂永清走后，“邱叫卫士把一堆文件拿去烧掉，静坐在电话机旁，一支接一支抽着烟，有时两眼微闭，若有所思。”
悲从心起的邱清泉等来了刘庸诚的同学、炮兵连代理连长严开运（中央军校10期，四川邛崃人）。
临近黄昏时分，严开运的阵地击落了一架日军飞机。当时规定，击落敌机者奖银洋500块。邱清泉告诉小严，奖励以后会给你，现在你带人撤吧，渡江到浦口。但走前，把战炮全部炸毁。
严开运知道南京已经弃城，但心有不甘，舍不得自己的战炮。
邱清泉想了想说：那你就带走吧，但如果带不走，一定毁掉，不能留给日本人。
严开运向他的长官敬了一个军礼，走到既是同学又是老乡的刘庸诚面前，握住手，用四川话说：老刘，你什么时候撤？保重啊！
刘庸诚鼻子一酸，说：你也要保重！我和参谋长还要继续通知一下前面的部队。
严开运转身奔出富贵山地下室。
在已经决定弃城的12月12日夜，由于没接到命令，教导总队的防线从紫金山、灵谷寺、陵园新村、西山孝陵卫到白骨坟一线仍处处激战。
当晚7点半，教导总队第2旅第3团的人到太平门外的冈子村后，没发现前来接防的邓龙光部队，随后报告团长李西开，后者再给邱清泉挂电话时，电话已经打不通了。
到8点半时，教导总队第3团把指挥所从明孝陵转移到廖仲恺墓附近，团长李西开和他的副手彭月翔（黄埔军校6期，江苏如东人）开了一个紧急会议，商量下一步打算。这时候，第6团团长刘子淑（黄埔军校4期，湖南津市人）、第1团团长秦士铨（黄埔军校4期，湖南零陵人）陆续来到指挥所，刘子淑告知李西开，卫戍司令部已决定弃城。
刘子淑大怒道：他胡启儒（第2旅旅长）先跑了！
弃城令下达后，胡启儒在电话里告诉刘子淑，他到下关宋希濂那接洽第2旅撤退的事，但到下关后发现情况不好，于是“先行一步”了。
李西开说：现在骂也没用，当务之急是定个撤退计划！
三个团长一碰，出了两个方案（也只能是这两个方案）：一是进城后到下关渡江；二是从正面突围，经太平门向皖南转进。但由于此时秦士铨的一个团已经快打没了，刘子淑虽然还有点人，但以新兵为主，而且伤亡也不小，所以大家还是决定向江边撤。
随后，几位团长分了手，却不想秦士铨团长在突围中殉国了。而紫金山上马威龙的两个团，由于接不到命令，仍在苦战中。
教导总队通讯营的石怀瑜连长接到撤退令时已是12日深夜。他带着20多名士兵向太平门跑去，到军校大礼堂时已是零点。此时回望紫金山，一片火光，第一峰的战斗更趋激烈。石连长和他的战友泪水夺眶而出。12月12日晚，悲壮的气氛渲染着古都的每一棵枯草。南京的悲歌，已在壮烈中奏响。
南京已三面被围，不愿从正面突围的士兵和逃难的市民奔向下关江边。在他们看来这里是唯一的出口。很多市民举家跑出屋子，加入逃难的人流。于南京脱险的教导总队辎重营营长郭岐（黄埔军校4期，山西山阴人），在1938年写下《陷都血泪录》，其中有这样一段：
各级部队都在向下关蜂拥撤退，宽敞坦荡的大马路上，一片大乱的情景，出乎我的想象，人潮汹涌，遍地凌乱，极少有部队能够保持队形，几乎每一个人都在钻隙北进，尽快地奔向下关的挹江门，部队长掌握不住部队，各级官兵似乎也无意跟着部队行进。没有人知道他们挤向前去的遭遇，更遑论未来的命运，唯一的目的就只有往前挤过去。
很多人没接到撤退令，包括作为南京卫戍军司令部参谋的程奎朗。
12日傍晚，他看到宪兵第2团团长罗友胜神色紧张地来到位于铁道部大楼的卫戍司令部，告知他一部分日军已经冲了进来，他的部队奉命去中华门和水西门一线增援，但已经顶不住了。
罗走后，程奎朗在食堂里遇到一名传令兵，传令兵说：司令长官和参谋长都走了，你还不走！
他才知道南京已经弃城。当程奎朗回到参谋处办公室时，已空无一人，他慌忙出了铁道部大楼后门，往金川门去，但被人告知那里已走不通，于是折回到中山北路，也奔向挹江门，在回忆录中他这样写道：
到了中山北路海军部门口，遇到第36师部队在马路上架起机枪封锁交通，不准由南来的部队通过。这时天已黄昏，只见城南火光冲天，炮声震耳，尤以紫金山方向枪炮声最烈。中山北路上，车辆、部队，黑压压的，如潮水般地向挹江门涌来。出城的人们争先恐后，前推后拥，挤作一团，有的被踩倒在地上，喊爷叫娘。第36师的哨兵在城门口架起机枪大声喊着：不要挤，再挤就开枪打！人们依然挤着，我艰难地出了挹江门……
去下关江边，必从挹江门穿过。守挹江门的是作为南京守军总预备队的宋希濂第36师。
保卫战开始时，唐生智就把挹江门封了。12日傍晚决定弃城后，由于通讯不灵，命令并没马上下达到挹江门守军这里。此时挹江门前，两边是铁丝网，中间只有一条小道，第36师士兵举着步枪，做瞄准状，不叫人们出城。冲到门前的军民，则一起往前挤。第36师士兵随即开枪阻击，南京城内陷入大混乱！
正如程奎朗所说，此时城南中华门方向枪声大作，紫金山方向更是烈焰升起如同白昼。