后来挹江门终于打开，随即发生惨剧：拥过去的军民达到数万人，而且还在不断增加，一时间发生了人踩人的混乱场面，在光华门阻击日军的教导总队团长谢承瑞，拖着受伤之躯也来到这里，在混乱中被人挤倒在地，最后竟被后面拥上来的人群蹬踩而死！
谢承瑞从炮兵专科学校到兵工大学，又在法国系统地学习了军事，是当时难得的人才。后来有一次，有人对桂永清说：你们教导总队出身的将士都是一流的军事人才。桂黯然回答：一流的都在南京殉国了，现在剩下的都是二流的，包括我在内。那人问：谁是一流的？桂回答：谢承瑞。
军民都往下关去。这时候，下关江边有多少船呢？
按很多人的说法，此时江边看不到船。这也比较夸张。如果一条船也没有的话，脱险的那部分将领和士兵又是怎么走的呢（南京突围后，作战科长谭道平负责统计脱险士兵数量，各地共收容44，000多人，除从正面突围的两支广东部队和教导总队马威龙第3旅外，大多数仍是渡江脱险的），不可能全靠浮木登上对岸。
日军围城前，下关本来停有两艘大型火轮（每艘可运送800人），但唐生智嚷嚷着要死守南京，所以他下令把这两艘船赶往上游武汉了。据宋希濂的回忆，1937年12月12日夜，下关江边只有四五艘小型火轮，其中司令部掌握一艘，俞济时的第74军掌握一艘。下关到燕子矶一段的江边，则有两百多条民船，外加最多3艘小火轮，掌握在第36师手里。
小火轮就那几艘，民船虽然有一些，但搭载人员有限，而且速度慢，在江两边往返的话，耗时自然就要长，加上不少民船到对岸后就不再返回，所以也就成了“一次性用品”。更要命的是，这个时候，江北岸胡宗南的部队还没接到南京突围的命令，不许对岸的人过来，甚至一度枪击渡江者。这是当初唐生智下的命令。说到这个老唐，如果当初他有个周全计划，不把两艘大型火轮（过江运一趟来回45分钟）赶走，那么从12月12日下午5点以后，到第二天7点天亮前，足足有14个小时的时间，可以算一算能运送多少军民！
但这所有的一切，仅仅是“如果”，历史恰恰不相信“如果”。
第一时间安全渡过长江的部队，除了一直在江边防守又掌握渡船的宋希濂第36师外，就是王耀武的第51师和冯圣法的第58师。
由于船只不够用，更多的士兵和市民只能望江兴叹。情急之下，有的人四处寻找木料编筏子，但筏子刚投进江里，就有一群人跳上去，很多筏子到不了对岸就沉了；有的人抱着木头直接跳进冬天的长江，最终被急流吞没；有的人则蹲在木盆中，随着江水无望地漂流。
很多人在焦急中沿江往下游燕子矶方向逃去；有的则奔往上游上新河方向；更多的妇孺老弱以及伤兵跺脚捶胸，不知如何是好。
在城垣上受伤昏迷的邱维达被部下用担架抬到江边，王耀武派来的人正在四处寻找，最后终于发现邱维达，紧急把他送上小火轮！
当初，第88师残部从雨花台撤下来后，由于进不了中华门，副旅长廖龄奇只好带人往江边退，反倒因祸得福，在渡江时占了先机，奇迹般地过了江。后来，留在城里的旅长吴求剑和师参谋长张柏亭也脱险了，但师长孙元良却没能跑出去。
在中山门外作战的第87师第261旅旅长陈颐鼎、第260旅旅长刘启雄，直到13日零点才知道南京可能已经弃城，但已经联系不上王敬久和沈发藻了，所以他们跟部下一起签字，担负在没有命令的前提下撤离阵地的责任。
往下关撤退的路上，陈颐鼎想：既然是主动撤退，下关必定有船只接应部队。当拂晓达到下关江边后，他们傻了：眼前是一片片逃难的市民和撤下来的军队，而船只寥寥！
刘启雄跟陈颐鼎商量，想潜藏到难民区。后者一听就说不行，此时再进城不等于往老虎嘴里钻么？但刘启雄坚持个人想法（实际上最后没能回城），陈颐鼎只好与他分手，带人奔下游燕子矶。到了那里，他们先是坐着木板顺水漂流，木板沉没了，又侥幸搭上芦苇编成的筏子，多次历险后（一度滞于江心的八卦洲），直到12月16日才上了北岸。
第87师最终也成为南京突围中损失最惨重的部队，最终渡江脱险的，只有师直属部队300多人！
下关江边的混乱虽然在继续，但这一带却亮如白昼，因为电厂仍在为江边的路灯供着电。有人说，亮着路灯，这不是给日军飞机军舰照亮么？实际上，这时候日军虽突破了乌龙山防线，但还没冲到下关江面（转天上午才到），而日机一贯是白天轰炸。所以，江边的路灯，在12月12日的突围之夜，更多地帮助我们的同胞。但历史永远忽略细节。在这样的晚上，又有谁会去注意那亮着的路灯呢？又有谁会想到路灯后坚守岗位的工人呢？因为电厂工人都坚守岗位，没有逃跑，所以城陷后很多人来不及脱身，最终死于屠城中。
在人们涌向下关时，两支来自广东的部队：叶肇第66军、邓龙光第83军主力，以及教导总队第3旅马威龙部，已经决定从正面突围！
按卫戍司令部计划，第83军应在掩护其他部队撤退后，再于13日凌晨突围。在随后的行动中，邓龙光没执行这一命令。现在看来，当时很多部队都往下关方向撤，没选择从正面突围，这也使第83军的掩护任务实际上无法实施（后来，邓龙光被“记大过”处分）。
第83军不是全军从正面突围的，其所辖第156师（师长李江，从下关渡江）大部没接到突围命令，最后选择了向下关撤退，只有一小部跟随该师参谋长姚中英少将（黄埔军校2期，广东平远人）从正面突围。走太平门从正面突围的，还有第154师（师长巫剑雄，但他本人没随队，而是出下关，从乌龙山渡江）、第159师（罗策群代师长）、第160师（师长叶肇兼任）。
突围的广东部队以叶肇为总指挥，时任第83军参谋处处长刘绍武（黄埔军校6期，广东兴宁人）脱险后写有《83军南京突围记》，多少年后读起来，当时紧张危急的场面，仿佛就在眼前：
（12日）大约下午二时，忽接长官部电话，找军长邓龙光去开会，邓与参谋长陈文一同前去。五时左右，上校参议柯申甫突然驾驶邓龙光的汽车来找我。他一进军部大门，就大叫一声：“走呀！”……叶肇部作先锋（叶部入城后未被使用，故集结容易），邓龙光部作后卫，抢先突围。于是叶（肇）、罗（策群）、邓（龙光）、陈（文）等一拥上车。此时广场已万头攒动，水泄不通，将军的怒骂，汽车的喇叭，均失作用。只得弃车乘马，但马也无回旋余地，又迫而弃马步行。那时人都准备轻装逃命，不少珍贵行李都视如敝屣。邓龙光的几枝人参浸制的酒和几盒头号的高丽参皆弃诸道旁，无人过问。只见失却节制的队伍蜂拥向太平门方向移动，秩序大乱。我们八时许到达太平门。据报，叶肇、罗策群亲自指挥部队拆除堵塞城门的沙包。我们就在一间守兵用的小房子内静候出城。当时紫金山的敌炮断断续续地向太平门内盲目射击，麇集在太平门内的我军迭有死伤，越城之心愈急。九时许，忽然人声鼎沸，人流蠕动，据报先头部队已开路出城，我们就争先恐后继续跟上，各显身手，从城门夹缝之中挤出去……
叶肇和邓龙光的广东部队急于出城从正面突围，而教导总队士兵正从城外阵地撤回城内，准备奔下关渡江，两股部队堵在太平门！经交涉，最后教导总队的士兵同意广东部队先出城。在广东部队完全奔出太平门后，教导总队的这队士兵始涌进城内，他们并没有觉察到自己踏上了更为危险的道路。
进入12月12日深夜，很多部队开始突围或向下关撤时，固守紫金山的教导总队第3旅还在旅长马威龙率领下与日军死战。直到13日零点以后才开始撤退，这支部队沿紫金山北麓绕行敌人薄弱的空隙，成功迂回到皖南。在转年的河南兰封之役中，马旅长在与友军围攻土肥原贤二第14师团，率军冲锋时为日军击中，殉国于中原大地。
广东部队一出太平门，就遭到日军第16师团的阻击，姚中英少将阵亡。但此时日军还没意识到中队开始突围。到12月13日零点，突围到至仙鹤门、尧化门时，日军发现了中队的意图。几次冲击，广东部队都没冲过封锁线。第159师罗策群代师长身先士卒，挥动手枪带队冲击：“丢那妈，冲呀！唔好做哀仔呀！（粤语：不要丢脸！）”
冲击中，罗策群代师长殉国。
12月13日，广东部队接近汤山。又一场大战后，第159师余部奋勇冲出包围，向小九华山一线转进。第160师抵达汤山后，又遭日军拦截，叶肇和军参谋长黄植南在战斗中跟部队失去联络。此时，第83军军长邓龙光率154师、第156师余部向淳化镇方向突围而去，于21日到达南陵（安徽东南）安全地带。
从太平门正面突围的中队付出的代价是巨大的。除了罗策群代师长外，在突围中力战而死的还有第156师参谋长姚中英少将、第160师参谋长司徒非（保定陆军军官学校6期，广东开平人）少将等人，士兵伤亡更多。第66军军长叶肇和他的参谋长黄植南的经历更令人感叹。在与大部队失去联系后，他们化装成村民，于山间潜行，14日转上宁沪公路，夹杂在难民中，没想到被日军辎重部队抓了壮丁，后侥幸逃脱，艰难抵达上海，返回广州时已是1938年2月了。
虽然代价巨大，但从正面突围的广东部队经过浴血奋战，杀出一条生路，为部队保留了大量抗日精英。
广东部队突围时，有一点不知道，就是当他们冲到汤水镇时，把正待在这里的包括上海派遣军司令官朝香宫鸠彦亲王在内的日军司令部成员吓了个半死。因为此时保卫日军司令部的只有一个步兵大队。朝香宫完全不知道从南京突出的中队的来头，慌忙急电南京城下的日军救援，驻在城外高桥门的第9师团人见秀三联队火速派了第2大队救火，朝香宫一帮人才转危为安。
中队在阴差阳错中失去了意外歼灭日军司令部的机会。
当1938年1月初的朝阳升起时，广东部队已完全脱离日军控制区，在安徽南部集结后，转赴湖南休整，不久后又走上抗日战场。
12月12日夜，到达下关江边的中民已越聚越多，超过5万人。
唐生智率卫戍司令部的人于当晚10点到达长江北岸的浦口，随后一行人往滁州方向撤退，但在花旗营遭到日军（国崎支队）伏击，脱险后改路线奔扬州顾祝同那里。到扬州附近后，顾祝同已转驻安徽临淮关，走之前给唐生智留下了汽车，随后唐生智等人乘车到达滁州。
在滁州著名的醉翁亭，卫戍司令部召开会议，唐生智说：我打了一辈子仗，从来没有打过这样糟的仗。我对不起国人，也对不起自己。
随后，唐生智带卫戍司令部人员去了武汉，蒋介石在那里等着他了。南京城，在唐生智离开的当天夜里，火光不熄。
日军第114师团的士兵为了冲过护城河，放倒了一根木制的电线杆，在一侧钉上木板，搞了一个独木桥，工兵跳进水里充当人柱，日军敢死队踏上独木桥，冲向雨花门，通过多次爆破，终于把铁门炸开了一条仅能通过一人的缝隙，他们攻入雨花门，踏上南京城土地的日军，越来越多了……
到了后半夜，枪炮声渐渐稀疏了。
整个城市一度陷入巨大的寂静。在这个冬天的夜晚，清冷的月光照耀着南京的大地和被炮弹掀去顶子的房屋，地上遍是瓦砾，再就是被丢弃的各种装备，以及残破的青天白日旗。
这是南京城陷前的寂静。
这寂静，让南京市民更加恐慌。
当天，日军飞机轰炸了长江中的美舰帕奈号，而由桥本欣五郎任联队长的野战重炮第13联队，攻击了长江中的英国“瓢虫”号和“蜜蜂”号军舰，理由是“运送中国败残兵”。
日本人彻底疯了。
而历史，无可挽回地进入了1937年12月13日。
地狱之门
我吐了一口烟圈儿，说：不用愁！进了南京城，就和进了无锡一样，应有尽有！
田中看上去老态龙钟，已没什么，却依然惦记着女人的事儿，他说：女人也会有的吧！
另外，古董也会有的吧！
是啊，如果我能多带一些回国的话，就可以开古董店啦！
我进了南京后首先要冲进点心店！
岛田，你去什么店？
我去照相机店和钟表店。
你小子不是有表了吗？
我最近在收集这些玩意儿。
爬了30米左右时，小队长“刷”地高高举起战刀，大声喊：冲哇！
我胸口像被人踢了一脚，跟着也哇哇地喊起来。喊声激发起我的情绪，我就像疯了似的。
上面这段话，摘自第16师团大野联队士兵东史郎的阵中日记。当时他和他的中队（森英生中队）正在中山门外的四方城。
第6师团攻进中华门、水西门一线时，大野联队也在琢磨怎么能突破中山门，但琢磨琢磨着，就到了13日凌晨。联队派一个叫四方藤造的少尉去中山门侦察，四方带了十来个人，潜行到坍塌的城墙后，没见到中国守军，于是就带人爬了上去。到中山门城楼才发现，中国守军已经撤了，于是四方少尉从钢盔中抽出塞在里面的军旗，插在了中山门上。
中山门大铁门左侧的城垣已经坍塌，四方少尉在门上用白油漆写下这样的字：
昭和十二年十二月十三日午前三时十分大野部队占领。
铁门下，战死的中国士兵一层层倒卧在地。写完字后，四方藤造得意扬扬，但没想到刚走几步，他就踩上了地雷。
于是，那字也就成了他的“绝笔”。
在日军第16师团“攻占”中山门后，快打得没脾气的第9师团胁坂联队也通过爆破，在13日凌晨5点爬上了光华门。
第3师团第68联队占领了通济门和武定门。
后来，第6师团和第9师团为谁第一个攻占南京而争吵不休，第6师团说在12月12日傍晚他们冈本镇臣联队的一个中队就破进了中华门和水西门之间的城垣；第9师团说，第6师团不算第一个占领南京的，因为在10日傍晚他们的山际少尉就在光华门插旗了，有朝香宫亲王御赐山际少尉的皇刀为证。
柳川当然向着第6师团，朝香宫则护着第9师团。
最后找松井石根评理，松井裁断：头功还得归第6师团。山际虽然是第一个插旗的，但国旗最后被中夺了下来，山际的部队又被轰下了城墙。不过，按松井的裁决，第一个攻入南京的不是第6师团的冈本镇臣联队，而是最先在中华门上插上日章旗的长谷川正宪联队绪方敬志大队的三明保真中队。
就这样，1937年12月13日凌晨，星期五，日军在付出7200多人的伤亡后，终于攻陷***首都南京。但日军没立即入城，只是在城垣上固守阵地，因为天还没亮，怕中了中队的埋伏。