半个世纪以前，波斯德尼舍夫与一众囚犯逃离马达拉加斯的那天起始便决心毁灭这座以自杀式监狱闻名世界的小岛，然而多年以后，当他再次来到这里的时候，岛上的居民非但没有表示不满，反而因他的到来激动地欢呼声不啻归来的英雄——
那时的马达拉加斯已成为大多数敢于冒险又怀揣梦想之人的定居圣地，整日都有周边乃至遥远得可追溯到古老传说故事里的地方的船队在此行商买卖，自从当地执政官卡尔.古德曼热情接纳一艘意外航行至此的商船以来，接二连三的商队甚或载满金币的贵族船只忽然占满了港口。
爱德华的父亲克里斯托弗.罗兰是最早一批定居此地的人，但他经商的头脑显然无法与同期之人比较，努力多年仍旧只拥有那家一开始经营的颇具艺术气息的咖啡厅，在岛上风光一时，总能看见几个优雅绅士品评墙壁上挂着的不知名油画。这源于克里斯托弗一再对外宣称自己古老家族遗传下来的不可或缺的一部分。曾有一个时期，克里斯托弗热衷于收藏，无论是名家之作亦或尚未被人发觉的精品，但凡有着艺术上的造诣，他都确信这是彰显财富的象征，为此几乎耗费了收益所得的全部，许多同样看重此点的贵族因而乐意结交并邀请他参加他们的舞会。没过多久，他这个社交圈子里的新晋宠儿就遭受了最残酷的打击，一名鉴赏大师断定他那些引以为傲的艺术品只是一些不入流的货色，这种荒谬的言论让他无法接受，多次出海寻访真正的鉴赏大师评定它们的价值。最终，在一个闷热的正午，爱德华亲眼见证父亲发疯一样把它们全部砸烂。
相形之下，爱德华从年轻时候起就展现出非凡的炼金才能，一次，他当众展示一种能有效防护铁具生锈的油脂，大多数人好奇他多过那造价昂贵的油脂，无法广泛推广是他事前没有考虑到的。一个头脑灵活的家伙受到启发，设想把油脂应用到成人用品上，几次上门拜访爱德华谈论它的可行性均遭到无法接受自己的名字勾连着这类物品的对方的拒绝，自行花费大量资金雇人研发产品，几天后，一款装在一小方制作精美的木盒里蕴含着橘子花香的油脂悄然流入市场。爱德华见到它时，岛上已经因它掀起一股抢购热潮，就连他的父亲也不失时机地购入一块摆在房间内，“真是荒唐。”他说。
当天晚上，爱德华找到弗朗西斯科.罗德里格斯——这个同样不幸的男人——在他面前感叹命运对自己的玩弄，后者仅说了一句话，话题就转到他那件已制作多年不断向好友提及即或演示却从未受到重视的炼金箱子上，弗朗西斯科深信被他们称之为“戏法”的它的神奇远过任何一种已知的奇迹。此外，小岛正南面那座十余米高的风车也是弗朗西斯科唯一值得夸耀的两件事中的一件，作为它的设计者，弗朗西斯科每天必然会在风车下的长凳子上坐一会儿，有意无意地向路人透露自己建造它时的厥功至伟以及奇迹似的功用。事实上弗朗西斯科设计风车只花了三天时间，却在此后的十多年里用尽方法忘记这件事，他的口袋里藏着一瓶药，那是花费重金从医生手中得到的秘药；他的背上有几处疤痕，一名神秘东方旅人用他神秘的器物造成的；他目光所及之处有一只铁桶，这是巫师喂他吃下一种不知名草药连吐十多天的后遗症……结果无一例外失望，他总结说：“即使是我自己也无法超越这份成就。”爱德华就在那里认识弗朗西斯科，当时他对他的说法不抱信任，为了证明自己并非胡说，弗朗西斯科把他带进那间堆满各种神秘器物的实验室后爱德华迷上了炼金，弗朗西斯科也从他钦佩的表情中涌现失去很久的创造热情，来不及表达就投入炼金当中，第二天，弗朗西斯科成功制作出那个炼金箱子。爱德华至今仍能回忆起数年前，仿佛打开潘多拉魔盒般从原本空无一物的箱子里取出超过它体积一倍大小的物品的弗朗西斯科**地宣告：“它将改变我们这个时代。”
弗朗西斯科终生未能如愿，直到马戏团成员巴巴托斯发现被杂草掩埋的一具冰冷、依然紧紧抓着炼金箱子的尸体。于是从那一天起，声音洪亮说话断断续续含有杂音的巴巴托斯以炼金箱子惊人的说服力陆续在世界各地演出，他每到一个地方总会说明炼金箱子的神奇来源于魔法，人们总是听成魔术并牢记这个新兴的词汇，多次以后，巴巴托斯承认这一事实无法改变，放弃徒劳的解释，可在他死后的数十年间，人们不断找出证据推翻以前的说法，宣称炼金箱子属于上帝。
爱德华的炼金术与其说是弗朗西斯科的传授，不如说是在弗朗西斯科的炫技中偷学到的，很长一段时间内，他们共同探讨炼金学问，有时在实验室一待就是一整天，弗朗西斯科为爱德华详尽地解说实验室里的诸多器物，尤其里面不乏以往的得意炼金物品，门外的图斯蒙卡迪不时听见弗朗西斯科刻意压低地爽快笑声。
年轻时候的弗朗西斯科一如醉鬼们常念叨那句话：这个世界开门的方式有很多种，而他不小心知道了它们的绝大部分。号称炼金师的他一度忙于各类社交活动，受女性青睐程度不亚于英俊的王子，原因无他，弗朗西斯科是个合格的倾听者，外加声音里抒发地柔情，无时不诱惑着饥渴的她们，维罗妮卡的出现使他告别以往糜烂的生活，像个深爱妻子的丈夫恪守应当的职责。她同样爱着他。那场假面宴会上结识且狂乱一整晚以来，维罗妮卡彻底沦陷弗朗西斯科风趣的甜言蜜语中不能自拔，深受不幸命运的她本不再相信爱情。一个无意中获悉此事的护卫如实禀报给她的丈夫波恩子爵，后者大发雷霆刚下令逮捕两人就后悔了，那一天，波恩子爵不停地在房间里踱步，声音沉闷而冗长。守卫门口的护卫事后回忆都不免带有压抑的色调。夜里，随着那名护卫的秘密处决，他们达成共识，维罗妮卡以结束这段感情和往后种种承诺换取丈夫的不追究。
此后的半年时间，弗朗西斯科无心世事，把自己关在房间的角落，任凭黑暗的侵蚀，他的酒友们多番上门劝解无果，一个叫做布拉德利.阿巴内尔的男人最后想出了办法，请来一个据说来自神秘东方的智者。那名智者为了体现令人折服的智慧，拿出数件神秘器具配合着嘴上那句常常重复的话：“其实你早已知道答案。”弗朗西斯科盯着它们，认为自己领会了这句话的真义，全心致力于炼金创造。
弗朗西斯科雇来的保镖图斯蒙卡迪因此事名声大噪，几乎所有人都能描绘出当时一触即发的形势与图斯蒙卡迪迫使对方护卫屈服的有趣画面，尽管当事人约定保密，图斯蒙卡迪仍借着酒性吹嘘了出去。他俨然成为众人眼中的焦点。连续几个星期，图斯蒙卡迪谢绝多个雇佣邀请，与他的父亲老图斯蒙卡迪几年前做的事如出一辙，耐心等待目标人物。老图斯蒙卡迪潜伏执政官卧室的十多天里，不眠不休仅靠随身携带的水壶刺杀屠格涅夫的同时，死于大规模爆炸。图斯蒙卡迪预想中的大人物迟迟没有出现，民众的兴致很快转移到新的话题，他厌倦了等待，闯进卡尔.古德曼的寓所，“阁下你看，”他说：“这里缺一个真正的战士。”会面持续几分钟，前来支援的士兵就把他驱逐出去。图斯蒙卡迪感到沮丧不知何时走进酒馆，又不知何时流连花街柳巷，欠了一屁股债。一天晚上，弗朗西斯科认定他们之间有着珍贵的患难情谊，试图长期雇佣他，图斯蒙卡迪视作羞辱，表示拒绝后加入探险队。队长弗雷德里克每天除了比拼腕力，图斯蒙卡迪每每惜败却从不放弃，赢得胜利的时候也是他确定友谊的时候，就是打听虚无缥缈的宝藏传说。他们穿越大海、蹚过沼泽、攀上最高山峰、涉足毫无人迹的地域、跑遍世界上很多地方没有找到宝藏，倒是周游世界一圈。漂泊的日子给图斯蒙卡迪带来内心的宁静，回到马达拉加斯他对弗朗西斯科说：“事实证明你是对的。”
通过一个多月的观察，弗朗西斯科终于抓住飞鸟翱翔天空的秘诀，制作一件满是羽毛的炼金翅膀，他召集了所有人，跳下最高点之前，图斯蒙卡迪多次劝告：“老兄，你知道这是不可能的。”结果弗朗西斯科在床上躺了半年。以至于多年来的漫长时光，他说对他就说不对，他在客厅他就去书房，有时为了一件小到生活上的琐事争辩好几天，有时装作不认识对方，几天不说一句话，实在避无可避了，对着空气传话，仅在爱德华上达成一致。图斯蒙卡迪经常带着爱德华狩猎野兽，虽然少有收获，昔日以忧伤结尾的冒险经历让他讲了个遍，作为教训传授给爱德华，更多时候是后者的语出惊人。弗朗西斯科又因为一件注定偏离原意的事情与图斯蒙卡迪争论不休，被他们遗忘的爱德华突然出声，如同吟游诗人的语气追问生活的真谛，两人沉默半会儿，总结出一套相似的结论，说到细节地方出现分歧，谁也无法说服对方，都坚持自己的观点，开始一场新的辩论。他们没有一刻消停，旁人难以理解他们的雇佣关系，恰恰相反从未离开过对方。弗朗西斯科失踪的两天里，图斯蒙卡迪并未惊慌，当做对方的花招不予理会，到了第三天，前所未有的空虚驱使图斯蒙卡迪忘记以前相持不下的争端，不断闪现未曾在意的画面，凭着对弗朗西斯科的熟知，图斯蒙卡迪仍不让步，内心的煎熬却带动思绪飘来飘去，想到弗朗西斯科可能不经意间认清事物的真实，固执的自尊心令他拒绝接受更不愿在自己面前承认失败，故意避开碰面，图斯蒙卡迪一阵窃喜，不过想到因幻想破灭遭受沉重打击的弗朗西斯科可能自杀，再也坐不住，跑到大街上呼喊搜寻马达拉加斯每一个危险地方，甚至找来弗朗西斯科的酒友组成多支寻人队伍，一天后，图斯蒙卡迪在炼金师协会找到弗朗西斯科，正好端端地摆弄一堆炼金器具。
过了很久，爱德华意识到加入炼金师协会源于克里斯托弗编造的家族史，并非弗朗西斯科夸口的说项，倒不是没有出力，弗朗西斯科反复游说会长马克西姆，一向不和的他们难以达成共识，“这里和酒馆的区别在于我们确信炼金是一件严谨的事。”马克西姆说。接管炼金师协会的这些年，不管工作还是炼金，马克西姆力求做到极致，哪怕微不足道的小事也一丝不苟地完成，熟悉他的人无不钦佩，他没能创造出满意的炼金，每天重复一件事：改进前事，由此养成一些古怪的癖好，任何时候不修边幅像流浪汉一般装束，对饮食十分讲究，宁可空着肚子也不随便进食，“如果它们勾不起欲望，为什么迁就？”他说，然而炼金师协会在他手中没落，搬出了小岛中心，成员逐渐流失，只剩下几间实验室坚持创造世上最伟大的炼金。 弗朗西斯科并未放弃再次找上马克西姆，陪同他的是神甫法布里奇奥，苍白嶙峋，不满五十已一头白发，弗朗西斯科答应用将来的一个承诺换取他的帮助，尽管没有穿上平素的布道衣，在场诸人仍能从他亲切的笑容中体味上帝的仁慈纷纷祷告，法布里奇奥认为这是上帝对自己的示威，很少有人知道他已经放弃了信仰。法布里奇奥一直坚信命运眷顾着他，上帝护佑着他，光芒照耀着他，可儿子的猝死让他看到了自己苍老的面孔，看到了上帝的伪装，看到了世间无尽的黑暗，他像往常一样祈求它们，高呼它们，寻找它们，发现的却是虚无。那个时期，法布里奇奥时常进出酒馆，时常流连花街柳巷，时常坐在台阶上回望华丽的教堂；与醉鬼们斗凶比狠，与嫖客们缔结友谊，与虔诚的信民们一起拷问内心；他怀念昔日的时光也痛恨昔日的时光，他清楚将来的手足无措更害怕被人遗忘的暮年；孤独的死去，痛苦的死去，耻辱的死去，永远的死去。法布里奇奥此番过来只提了爱德华两句，除了申明后者得到上帝的祝福，就是说:“一份贵族的支持比你想像的可贵的多。”却促成了这件事。谈论最多的是他与炼金师协会的合作。