解放战争时期，陈云被派赴东北工作，授予他中将军衔；陈云在东北工作期间，成绩斐然，屡获的肯定和赞扬，尤其在接管城市的工作中，取得了许多成功经验，批示全党，要求借鉴
抗日战争胜利后，为贯彻中央力争东北、建立巩固的革命根据地的战略决策，陈云受党中央的派遣，奔赴东北地区，就任中央东北局副书记、东北民主联军副政委。为方便与苏军交往和联系，1945年9月，中央决定以军委主席的名义授予陈云、彭真、叶季壮三人中将军衔，授予伍修权少将军衔，授予段子俊、莫春和上校军衔，任命书用中苏两种文字写成。出发前叶剑英宣布了中央的上述决定。
9月16日上午，陈云和彭真、伍修权、叶季壮、段子俊、莫春和等人从延安东郊机场乘坐一架苏联的军用飞机，在苏军大校贝鲁索夫、翻译谢德明及东北民主联军负责人曾克林的陪同下，飞赴沈阳。但因天气问题，这架道格拉斯式的双引擎飞机在飞到山海关时被迫降落下来。由于连年战争，山海关机场周围一片荒芜，草长得有一尺多高，驾驶员看不清跑道，匆忙间从跑道中段降落，因剩下的跑道较短，飞机冲出跑道，**到一条小沟里，幸亏驾驶员技术熟练，及时关闭油门，才避免了一场不幸。机上成员大都受了伤，其中叶季壮伤势较重，腿被翻倒的油桶和无线电器材压住了。彭真的脑部被碰撞。伍修权、段子俊、莫春和的伤势较轻，只有陈云很幸运，飞机的舱门被撞开时，把他摔出了机外，由于地上草丛厚密，没有受伤。
在东北工作期间，陈云不仅对东北全境的解放作出了重要的贡献，而且在接管城市等方面的工作中取得了极为成功的经验，多次获得的赞扬并批示全党，要求借鉴。
针对国民党对大城市势在必得的架势、善于在农村发动群众、搞武装斗争的特长以及战争初期敌强我弱的现实情况，陈云始终强调要把党的工作重点放在农村地区，建立巩固的革命根据地。1945年11月底，陈云等人在哈尔滨南岗区一幢秘密小楼里召开会议，讨论拟向东北局并转中央提出的战略性建议。经过慎重研究，分析了国民党军队攻占了山海关后的国内外形势和特点特别是东北与北满的实际情况，提出了关于党在东北工作战略方针的建议，即《对满洲工作的几点意见》。《意见》分析了苏联在东北所采取的基本政策，总结了及其领导的军队进入东北后的斗争经验，阐明了代表敌我友的实际情况，实事求是地提出了在东北应采取的切实可行的战略方针，还提出了对建立北满根据地的工作部署。
《意见》明确写道：“根据3个月的经验，我们已可看出，苏联对满洲的政策基本上包括两方面：一方面，把沈阳、长春、哈尔滨3大城市及长春铁路干线交给国民党；另一方面，援助我党在满洲力量的发展。保持远东和平和世界和平，是苏联这一政策的基本目的。”“我们必须承认，首先独占3大城市及长春铁路干线以独占满洲，这种可能性现在是没有的。因此，当前在满洲工作的基本方针，应该不是把我们的全部注意力集中于这3大城市，而是集中必要的武装力量，在锦州、沈阳前线给国民党部队以可能的打击，争取时间。同时，将其他武装力量及干部，有计划地主动地和迅速地分散到北满、东满、西满，包括广大乡村、中小城市及铁路支线的战略地区，以扫荡反动武装和土匪，肃清汉奸力量，放手发动群众，扩大部队，改造政权，以建立3大城市外围及长春铁路干线两旁的广大的巩固根据地。”为了实现党在东北工作的战略方针和北满的工作部署，《意见》还提出在思想上应注意的问题：“必须防止干部中以为不经过严重斗争而可以取得全满洲的想法，竭力避免把一切希望寄托在苏联的援助上，以苏联对我们援助一时增减而发生盲目的乐观或悲观失望的情绪。必须严重注意干部中由于进入城市而生长起来的享受腐化倾向。同时，应该预先防止国民党进入中心城市后向我们压迫时，在干部中可能发生的精神上、思想上和行动上的混乱。”
《意见》明确地指出，独占东北的可能性是没有的，这一判断是符合当时实际的。《意见》于11月29日、30日分两次用密码电报发往延安。中央在收到第一天的电报后，就立即复电说，看了你们未完的电报，中央完全同意。在收到电报全文后，再次来电表示完全同意。
东北全境解放后，在一次重要的中央会议上对有关东北问题有过一次谈话。大意是：东北局领导下的工作很有成绩。吃了苦，走了路，全部东北到手，很庆幸。七大以后，大量干部和军队，用脚走到东北。大约半年到7个月时间，有偏差。我们开头也不了解，山海关、锦州守了两个星期，消灭敌人在沈阳锦州间，也是这么希望的。后来说不行，无枪、无粮、无政权、无经费、无鞋、老百姓正统观念。于是让开大路，占领两厢。这是陈云等人的主张。中央接受了，指示他们执行了，集中起来，胜利了。
12月28日，根据电报的精神，为中央起草了《建立巩固的东北根据地》的指示，明确指出：我党在东北的主要任务是建立巩固的革命根据地，但建立这种根据地的地区，现在应当确定不是在国民党已占或将占的大城市和交通干线，这是在现时条件下做不到的。也不是在国民党占领的大城市和交通干线的附近地区内，而是在距离国民党占领中心较远的城市和广大农村。《指示》还指出：我党在东北的工作重心是群众工作，“我党人员必须人人下决心，从事最艰苦的工作，迅速发动群众，建立根据地”。“干部中一切不经过自己艰苦奋斗，流血流汗，而依靠意外便利、侥幸取胜的心理，必须扫除干净。”
为了使中央的指示落到实处，中央东北局根据内战全面爆发后的东北形势，于1946年7月3~11日在哈尔滨召开扩大会议，讨论通过了东北局委托陈云起草的《关于东北形势和任务的决议》草案，《决议》指出：东北当前的主要任务是克服和战问题上的混乱思想，准备以长期艰苦斗争取得和平。“全党必须下最大的决心，努力准备一切条件，粉碎蒋军的进攻，以战争的胜利去取得和平。一切游移不定及侥幸取得和平的想法，都应扫除干净。”必须规定，无论目前或今后一个时期内，创造根据地是我们工作的第一位。必须认识，创造根据地的主要内容是发动农民群众。《决议》强调：要“造成干部下乡的热潮，克服许多干部中的错误思想。许多到达东北的干部，对于长期战争和艰苦工作没有认识，没有精神准备，不少人迷恋城市生活，缺乏下乡的决心，缺乏群众观点，干部中享乐腐化厌战的情绪在增长着，这是党内最危险的现象”。必须“强调员为人民服务的责任，号召他们走出城市，丢掉汽车，脱下皮鞋，换上农民衣服，不分文武，不分男女，不分资格，一切可能下乡的干部要统统到农村中去，并确定能否深入农民群众为考察员品格的尺度”。这个《决议》很快得到了中央的赞同和批准。
要贯彻这一《决议》，在农村建立巩固的革命根据地，就必须广泛地发动农民群众。因此，在东北局扩大会议后，陈云随即前往齐齐哈尔，在西满分局主持召开的省委书记会议上，作了《发动农民是建立东北根据地的关键》的主题报告，传达了《决议》的基本精神和指导思想。他指出：目前我党在东北的力量还处于劣势，还没有建立起巩固的革命根据地，因而也就无法谈到打人民战争。要改变这一不利情况，需要大力发动群众。“有了群众，一切好办，可以有军队，清除土匪，经费供给也有来源。没有群众，一定失败，死无葬身之地”。
要发动群众，必须解决一些具体问题，如武装群众的问题，解决干部的思想混乱、树立长期作战的观念问题，提高农民觉悟、培养本地干部问题，开展土地改革、满足农民土地要求问题，克服干部中的贪图享乐、争地位、闹名誉、不愿做艰苦工作等思想问题，要实行游击战和运动战相结合的作战方针，纠正工作中的盲目自流现象等等。
1946年11月，蒋介石发动山海关大战后不久，在东北地区制定了“南攻北守、先南后北”的战略方针，企图先吃掉南满根据地，解除后顾之忧，然后挥军北上，全力进攻北满，实现其独霸东北的野心。国民党调了10万大军对南满根据地进行围攻。于是南满成了东北的主战场，而此时南满我军总共只有不足4万人，形势非常严峻，南满根据地进入解放战争以来最艰苦的岁月。为了加强对南满根据地的领导，使那里的斗争能坚持下来，配合整个东北的战争局势的发展，东北局决定、并经中央批准成立了南满分局（亦称辽东分局），陈云自告奋勇到南满去开展工作，任南满分局书记兼辽东军区政治委员，萧劲光任副书记兼军区司令员。1946年10月27日，陈云和萧劲光等从哈尔滨乘火车前往临江。行前，陈云对秘书王玉清说：“我是自告奋勇到南满去的，你怎么样？是去南满，还是留在北满？”王表示愿意一同前往。陈云之所以主动请缨前往南满，是因为在他看来，南满的战略地位非常重要，而那里的敌我力量又非常悬殊。正如他在行前所写的一封信中所说的那样：“南满现在只剩下临江等4个完整小县和少数正规部队！国民党的中央军像一匹野牛正冲向北满。我自问不懂军事，但为了创建巩固的东北根据地，我一定要去南满牵住这头野牛的尾巴不可！”但在途径牡丹江市南面宁安县境内的斗沟子车站时，遇到险情。斗沟子车站前方是一个陡坡，车站位于陡坡的下方。陈云等乘坐的列车夜晚停在车站，有一辆货车在爬坡时，由于缺乏燃料，动力不足，从坡上滑下来，眼看就要与陈云等乘坐的列车相撞。在关键时刻，有一位铁路扳道工奋力扳开道岔，使那辆货车翻在离陈云等乘坐的火车仅两米远的地方。
到临江后，陈云等很快发现一些干部有畏难情绪，主张将主力撤出南满，另一些人则主张坚守城市，反对将主力撤到农村去建立根据地。针对这两种看法，陈云于1946年12月13日晚冒着大风雪赶到七道江，并于第2天在辽东军区召开的师以上的干部会议上作了长篇讲话。他首先指出了在南满坚持斗争的重要意义：坚持南满斗争，可与北满成犄角之势，这对整个东北战局是非常有利的。如果放弃南满，不仅失去了这个有利的战略态势，而且损失的人马最终不一定比留在南满坚持斗争损失得少。如要向北满撤，部队过长白山时，将要损失几千人，撤到北满后，敌人不仅会追来，而且由于没有了南满的牵制，一定会全力压过来。在那种情况下打仗，又要损失几千人，北满很可能也保不住。我们总有一天要打回南满来，那时又要损失几千人。还有那些留下来的地方武装，损失会更大。前后加起来要有万把人。两相比较，还是留在南满坚持斗争得大于失。
他打了一个形象的比喻：东北的敌人好比是一头野牛，牛头、牛身子是朝着北满冲去的，牛尾巴在南满被我们拖住，如果我们松开这条牛尾巴，那就不得了，这头牛就会横冲直撞，祸害人民，南满保不住，北满也危险；如果我们抓住了牛尾巴，那就了不得，敌人就进退两难，因此，抓住牛尾巴是个关键。这样才能给北满赢得时间，发动群众，建立根据地，我们就可以立于不败之地。况且敌人在南满的兵力也不够，我们坚持南满的斗争是完全可能的。最后，他强调说：我是来拍板的，拍板坚持南满斗争。我们在背靠沙发（指后面有苏联和朝鲜的支持）的形势下向前进，虽然是艰苦奋斗的前进，还是比退到北满最后被敌人打出国境线再打回来要合算。
陈云讲话后，辽东省委书记肖华首先发言，表示赞成坚持南满斗争的决策，其他许多同志也相继发言表示赞成。尽管还有部分同志的思想不太通，但表示要服从大局，在南满坚持斗争，使会议能够在坚持南满斗争这一基本方针的指导下转入具体作战和作战部署的讨论。会议最后通过了“巩固长白山，坚持敌后三大块（即辽南一分区、辽宁二分区、安东三分区）”的总的战略指导思想，以及正面与敌后两大战场密切结合、内线作战与外线作战相结合、运动战与游击战相结合的军事作战指导方针。会议对军事部署作出如下决定：4纵出敌不意挺进敌后，牵制敌人，消灭敌人的地方武装及分散的敌军，破坏交通线，打乱敌人的部署；3纵担任内线作战，集中优势兵力，顶住敌人，打掉敌人几张王牌，挫其锋芒。共同为巩固现有南满根据地，为改变局面打下基础。
会议做出的决定上报中央及东北局后，得到批准，随后即得到全面贯彻，从而为在南满坚持斗争提供了正确的战略指导思想和作战方针。而南满根据地的坚持和不断发展壮大，不仅极大地牵制了国民党军队对北满的进攻，而且为日后的战略反攻创造了有利条件。
会后不久，国民党军队从1946年12月17日到1947年4月3日连续4次发动了对南满根据地的大规模进攻。南满根据地在陈云、萧劲光、肖华等的领导下，与北满军队一道发动了“四保临江、三下江南”战役，粉碎了敌人的军事进攻，歼敌3万多人，收复城市11座。
在第四次保卫临江的战斗中，由于北满军队因松花江解冻撤回江北，国民党军队10万人在东北保安副司令郑洞国的指挥下，对南满根据地发动了进攻，而南满根据地只有4个主力师，2万多人，而且经过连续作战后未得到休整与补充。在这种情况下，究竟怎么打，部队中的思想很不一致。陈云等在临江主持召开辽东分局与辽东军区直属机关部队干部会议，一方面重申了在南满坚持斗争的方针，另一方面针对当时的紧急形势，陈云等强调要以打大仗、打硬仗、打恶仗和不惜付出损失我军2/3甚至3/4的代价，决心打胜这一仗，把敌人牵制在南满。陈云指出：准备打大仗、恶仗、硬仗，只要有利于全局，南满的牺牲是值得的。会议经过讨论，一致认为，无论战争多么残酷，也要打下去，而且只能打胜，不能失败。在逐个征求意见后，陈云问如果付出的代价大，要准备承担责任，后不后悔？大家一致回答“不后悔”。于是，他高兴地一拍桌子，诙谐地说：“我们学上海交易所的规矩（拍板）成交了。”经过充分动员和周密准备，南满军队以高昂的斗志、英勇顽强的战斗作风，在红石子地区全歼敌第89师全部及54师162团，俘敌7000多人。这一路是敌人进攻的主攻部队，在其被歼后，其余各路纷纷回窜，从而顺利地粉碎了敌人第四次对临江的大规模进攻。此后，南满根据地日趋巩固和扩大，陈云的工作重点也就逐渐转到他一向很擅长的经济工作上来了。
首先，陈云领导了东北地区的土改工作。早在1946年5月，中央就发出了“五四指示”，决定把抗日战争时期实行的减租减息政策改为没收地主的土地分配给农民的政策。据此，1946年7月，东北局扩大会议通过了《东北形势和任务的决议》，指出：只有解决农民的土地问题，他们才会坚定地跟着干革命，农村根据地才能建立、巩固和发展，革命战争才能获得雄厚的物质基础和人力资源。相反，如果没有农民的支持，我们肯定会失败，谈不上在东北建立根据地。在国民党大规模的军事进攻之前，东北各解放区普遍进行了土改。到1946年9月底，据安东、辽宁（现辽宁中北部地区）两省不完全统计，共分配土地370万亩，平川一般每人4亩，山区一般每人1至3亩。国民党军队大规模进攻后，东北各地的土改工作暂时停了下来。四保临江战役胜利后，东北局于1947年6月3日发出了《关于新收复区工作的指示》，强调必须放手发动群众，坚定不移地在政治上经济上清算汉奸恶霸地主的罪恶，在轰轰烈烈的群众运动中，迅速解决土地问题，使千百万农民从汉奸恶霸地主手中拿到土地，彻底摧毁封建势力。随后，辽东分局就新收复区土改问题给各省委、各工作团写了一封信，在总结1946年土改工作的经验教训的基础上，明确指出：汉奸、恶霸、大地主是斗争的主要对象，对中小地主也必须经过农民的清算斗争，达到土地归还农民的目的。在土改工作中，陈云要求各工作团必须相信广大贫雇农，大胆工作，必须树立贫雇农的绝对优势。同时，在发动群众的过程中，也要团结中农。
1947年10月，中央发布了《中国土地法大纲》，辽东各地开始着手划分阶级、进行平分土地的工作。到1948年1月，辽东大部分地区基本完成了土改工作，废除了封建的生产关系，大大地激发了农民的生产热情。1948年本是自然灾害比较严重的一年，但广大农民的生产积极性空前高涨，不仅度过了饥荒，还大力地支援了前线。仅安东省除将原有耕地全部播种外，还开垦荒地40多万亩，粮食总产量达到80万吨，上交征购粮13万多吨。当然，在土改工作中，由于缺乏经验、环境紧张等主客观原因，也是存在程度不同的失误的，如没有把地主和富农严格地区分开来，也没有很好地保护工商业，在有些地方打风过甚，死人过多等等。对此，陈云还专门向中央和中央东北局作过总结并主动承担了责任。
其次，陈云用了很大的精力着手整顿东北的财经工作。1946年2月，由陈云任书记的中央北满分局向所属的5个省委和哈尔滨市委发出了《关于目前解决财政问题的几点意见》，提出了3条措施，即征收救国公粮，妥为保管，以便解决军需民用与将来进行对外贸易，解决财政困难；清算和搜集敌伪资产；恢复和发展工矿企业，征收必要的税收；暂时不宜大量发行纸币，以免通货膨胀。
同年3月，陈云在松江省通河县召开的干部座谈会上着重指出：“财政经济即收与支的问题，亦即生财之道与理财之道。”在生财之道方面，他提出了6个收入来源：没收敌产，搞好税收，发行公债，征收公粮，发行钞票，开展贸易。在这6项收入中，有鉴于国民党统治时期滥发纸币，导致通货膨胀、物价飞涨，老百姓损失惨重、怨声载道的沉重教训，陈云对发钞票一项持谨慎态度。他指出：“纸币发行要加以控制，不能无限制地发下去，否则必然导致恶性的通货膨胀”。在理财之道方面，陈云提出了紧缩开支，提倡节约，发展生产，防止浪费等措施。
为加强对财经工作的领导，随着战局的发展，东北局决定建立健全相应的财政管理机构。8月1日，成立了东北财政经济委员会，陈云任主任，它是党政军统一的财经行政机构，对外称东北财经办事处，全面负责东北的财政经济工作。6日，又成立了全东北的最高行政机关“东北各省市行政联合办事处”，后正式定名为“东北行政委员会”，其性质是东北人民实行地方自治的政权，是工人阶级领导的人民民主专政，是为人民服务的新民主主义政权。陈云任该委员会的党委书记。
1946年10月，陈云就任辽东分局书记后，兼任辽东财经委员会主任。一次，他听说军区后勤部门采取套裁的办法，用一匹布可以制成11套军服，很高兴，因为这样可以节约很多布匹，而布匹当时是紧缺物资，所以特意要求下面把新的套裁样子送给他看。他常对辽东财委的负责人说，在辽东对经济工作他只管大政方针和重大事情，比如钞票印多少要经过他，至于方针确定后的具体工作，放手让财委和有关部门大胆去做。他十分重视发展生产与物资交流，强调在与兄弟解放区之间开展经济协作时要讲信誉，做到“先小人后君子”。就是说，在洽谈协作时，交换什么，何时交换，交换多少，要一一记入合同严格履行，怎样说就怎样做，不能违约；最后，如有可能，要尽量照顾兄弟地区，甚至可以是无偿支持，不要开始是客客气气，最后吵得不可开交。
在此前后，东北地区相继成立了银行、铁路管理总局、军区军工部、贸易总公司等机构。鉴于东北铁路多而且重要，1946年7月，成立了东北铁路总局，陈云任总局党委书记、局长。由于东北地区冬季漫长且十分寒冷，如何解决军粮和军用服装的供应问题一直是陈云非常关心的工作，对棉军服需做多厚、军鞋怎样达到保暖要求等问题，他都亲自过问。
这一时期，对苏联的贸易问题是东北地区经济工作中的一项重要内容。东北财经委员会成立不久，即于1946年8月与10月两次和苏联远东公司驻哈尔滨代表处商谈，希望开展中苏贸易。11月，复派刘亚楼赴苏联商谈。当时苏联正因春旱秋涝谷物歉收，需要进口粮食，苏方提出，要从东北进口粮食100万吨，后又要求每月30万吨，经多次商谈，最后达成每年出口100万吨的合同。我方从苏联进口的主要是布匹、食盐、火柴、石油、药品、机器零件等军用民需物资。这在建国之前无疑是一笔巨额贸易。这一贸易活动的开展，不仅使军需供应有了改善，而且普遍受到农民群众的欢迎，他们拍手叫好，说这是“经济上的又一次解放”。因东北地区在日本投降后，内外贸易的正常渠道被堵塞，内部工业生产也因战争破坏而无法正常进行，一时民用工业品不仅价格昂贵，而且极其缺乏。有些地方一度出现一麻袋大米只能换到一盒火柴的情况，不少人用大豆或豆饼切块做燃料烤火取暖，用“更生布”做的军服用力一碰就破，军鞋用手一掰就裂开。这些现象在中苏贸易开展后，逐渐被克服了。同时也积累了从事国际贸易的有益经验。陈云非常关心对苏贸易工作，在他准备赴南满的前一天，亲笔写信给继任的东北财经委员会主任王首道和副主任叶季壮等，对于用小麦5000吨及2000吨肉类向苏联红军管理的大连、旅顺换取食盐、布匹、火车零件等问题，作了详细而又明确的指示。
由于东北地区的战略反攻开始得早，相应地对原国民党的官僚资本企业的接收工作也开始得较早，但在接收过程中，对如何正确处理新接收企业中的职员问题以及在很多规模很大的、技术比较先进的工业交通企业中如何进行民主改革等问题，各地均缺乏经验，也发生了一些混乱。1947年底，陈云从辽东经朝鲜回到哈尔滨，重新主持东北的财政经济工作。1948年8月，《东北日报》发表了陈云为中央东北局起草并报经中央同意的《关于公营企业中职员问题的决定》。
《决定》首先对1945年秋以来东北解放区所接收的工矿企业中的职员状况作了分析，然后指出：两年来，在处理工人与职员关系问题上，个别企业曾犯过右的和“左”的错误。右的错误表现在过分依赖旧职员，而重视工人不够。因此，既不能启发工人的积极性，也难教育改造旧职员，使生产力的提高和企业的改造受到了阻碍。“左”的错误表现在只重视工人，轻视职员，对职员缺乏分析，不加区别地乱打击，形成工人与职员对立，这样就破坏了员工团结，其最后结果也必然是妨碍生产，危害企业。依据现有经验，处理与职员之间的矛盾，必须根据两点：第一，工人是企业中基本的生产力量，但职员也是企业中必不可少的一部分。为了提高生产，改造企业，必须使体力劳动的工人与脑力劳动的职员合作，并发扬两者的劳动热情与工作积极性。第二，必须根据日寇、国民党统治时期企业内各种职员与工人之间关系的不同，恰如其分地解决存在的矛盾，既提高工人觉悟和劳动热忱，又团结改造职员，达到员工团结、员工互助的目的。
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《决定》提出了处理职员问题应遵循的具体原则：（1）职员中70%至90%是下级职员。他们之中有很大一部分，虽然具有一般旧知识分子的意识，看不起工人，但他们的劳动条件和生活状况是接近工人的。因此对于下级职员应该团结，大体上应该和工人一样待遇，同时应用教育的方法改变其轻视工人的错误认识。
（2）技术员、技师、工程师、专门家，是管理庞大复杂的近代企业中必不可少的重要人员。我们对于一切技术人员，包括思想上还不同意的在内，只要忠于职务，不作破坏活动，都应给以工作，并在生活上给以必要和可能的优待，使他们发扬专长，为人民服务。对于能与工人合作，打破保守观念，克服困难，努力创造的技术人员，应予鼓励。
（3）日寇、国民党政府企业中专门压迫工人的特务，矿山中专以额外剥削工人为职业的把头（不是一般工厂中的工头），与一般职员不同，他们与工人的矛盾最深，在人民企业中，决不允许特务分子和把头制度存在，决不能让把头担任生产领导工作。其罪大恶极而工人要求法办者，应允许工人要求送交法庭惩办及追偿损失。
（4）总务、庶务各部门的主持人员，他们之中有不少曾经仗势欺人，克扣工人、职员的配给、薪资并且假公济私、贪污自肥。他们占有日寇、国民党政府企业中“肥缺”的原因，常常不是由于业务技能，而是依靠特殊势力。洗刷撤换这些为非作恶的人，不仅是工人的要求，也合乎多数职员的愿望。对于克扣、贪污为数巨大者，应由企业和职工依法追偿。但洗刷撤换这些为非作恶的主持人员时，必须把这些部门中未曾作恶的主持人员及非主持人员、下级职员加以区别，不应一律对待，以免扩大打击面。
（5）生产及业务的负责管理人员，如铁路的站长、段长，工厂的厂长、处长、科长，矿山的矿长、坑长等等，这些职员占企业内，高级职员的最大部分。一方面他们有专门知识或业务技能，有组织生产、组织业务的经验，在生产中有重要作用；另一方面，由于他们中的多数是日寇、国民党统治时期企业中或大或小兼管人事的生产和业务管理人员，他们管理的性质及方式虽然不同于把头、特务，但与工人之间存在着或多或少的矛盾。因此，对于这些人员的使用及他们与工人之间矛盾的处理，必须谨慎而恰当。对于日寇、国民党统治时期所产生的工人对管理人员的不满，解决的办法应该是开展工人群众的批评和管理人员的自我批评，得罪过工人的，要赔礼道歉，以便达到团结的目的。
这些管理人员，一般虽有思想上和作风上的毛病，但他们的专门技能或业务管理知识，无论目前或将来，对经济建设和人民企业都是需要的，我们许多员还必须用心向他们学习这些知识和技能。
《决定》还指出：一般职员，即下级职员、技术人员、生产业务管理人员，尤其是高级和中级职员，他们的劳动态度、对工人的态度和管理方法必须改变。对于职员的改造，是一种思想和作风的改造，是细致而长期的教育工作，不能急性粗暴地处理，需要自上而下的教育，也需要工人与职员的相互批评和自我批评。为了这个目的，可以采取讨论会、座谈会、研究班、训练班等方式。
这个决定得到和中央的高度重视，1948年8月7日，《决定》全文就被《人民日报》转载，对各解放区恢复和发展工业生产起到了很大的积极作用。
但在接管之初，还是有不少地方出现了一些问题。如鹤岗煤矿在发动工人的群众运动中，产生过不适当地打击职员的错误。同时，在不少地方出现了物价暴涨、工人实际工资降低，导致工人不安，公营企业商品售价太低、出现蚀本等不正常情况。为了寻求应对之策，陈云主持东北财经委员会在1948年6、7两个月集中进行了讨论。会后，陈云给中央写了一份报告，反映东北解放区经济的最新情况和所采取的对策。
陈云指出：东北在公营企业中犯过的主要错误，不在过高的工人待遇，相反，注意工人必要的待遇还不够，而在对职员政策上的右的或“左”的错误，其中尤以“左”的错误为重。主要原因是对职员特别是对行政管理人员的作用估计不足。这是一切新接收企业中带普遍性的问题。解决的办法已有中央批准的关于职员问题的决定。他认为，物价上涨的原因是：（甲）大量增发了纸币；（乙）1947年粮食歉收，粮价上涨了10倍。1947年底共收公粮134万吨，贸易局购入粮食40万吨，除供给必需外，无调剂市场的余力。
陈云又说：物价飞涨的结果，公营企业中工人实际工资大降。此时企业机关对于工人生活注意不足，3月公布的东北公营企业工薪标准又太低，因此4、5月间工人大躁不安。5月以后逐步提高工资，并拟订新的工薪标准，其主要内容是提高工薪的实物计算，并大部分支付实物（约占70%）。由于粮价飞涨，而公营企业的牌价，基本未动。因此造成一系列不合理现象。例如，300公里的火车票价只等于10支纸烟价，一盏20支光电灯每月收费只等于1支纸烟价等等。在粮价飞涨的情况下，公家即令按照市价统购，农民也囤粮不卖。
为了解决这些问题，陈云提出，应鼓励农民出卖粮食，在禁止私商囤积的同时，允许粮食自由流通。结果缺粮区粮价下跌或趋向平稳，余粮区上涨，从而形成适当的市场价格。在粮价上涨时，煤、盐、布、金及公用事业价格必须主动上涨，但要力求平涨，而非暴涨。在工业生产方面，必须加强计划性，必须制定1949年工业生产计划，如有可能则进一步拟订1949及1950两年的生产计划。除国营、公营企业外，还必须调查合营和私营工厂的情况，以便给以生产方向上的指导，在可能的条件下实行订货加工。
陈云指出：东北财经工作中还存在浓厚的盲目状态。就其原因来说，一是财经工作的范围日益扩大，而且复杂，我们无经验；二是两年来我们集中力量于战争和土改，未深摸细摸财经问题。他提出：要把财经工作放在不次于军事或仅次于军事的重要位置上来。
陈云之所以能写出这份报告，不仅表明随着革命形势的发展，他对财政经济工作重要性的认识更加深刻和全面了，而且反映出他对财经工作本身的客观规律的认识也更深入了。因此，他的这份报告，也就不仅引起了等中央领导人的高度重视，而且也进一步奠定了他作为财经工作专家型领导人的地位。所以，当新中国建国前夕周恩来建议调陈云到中央负责全国的财经工作时，得到了中央领导人的一致同意。而陈云刚一走马上任，即取得了统一全国财经工作、稳定物价、合理调整工商业、尽快恢复国民经济等重大成就。
辽沈战役打响后，东北全境的解放已是指日可待，如何接收并管理好即将解放的大城市，对于长期在农村从事武装斗争的中国来说并无成功的经验。为了做好这一极富挑战性的工作，1948年10月，东北局决定抽调4000名新老干部，由陈云率领从哈尔滨出发，一路上开了几次会议，对可能遇到的问题作了准备，并对有关政策问题作了规定。11月2日，战斗结束，军管会人员随即进入沈阳城内，正式开始了接收工作。在接收沈阳的工作中，取得的主要经验有：
首先，确定了“各按系统，自上而下，原封不动，先接后分”的接收方法。其具体含义是指：各按系统。军管会除市委外，下辖经济、财政、后勤、铁道、政务等五个处，以及市政府、公安局、办公室、卫戍司令部等单位（缺外交、军事、社会、文化），进行接收。自上而下。入城后即布告通知原有机关主管人负责办理移交手续；如第一级负责人不在，即由第二或第三级办理。同时，从原有内线和下面群众中了解情况。原封不动。旧职员均按原职上班，工厂企业等只派去军事代表，政权部门只撤换头子。对职员、工人一律发生活维持费10万元，等于20公斤粮，有些高级职员则不发。这只是临时过渡办法，主要目的在避免混乱和大的波动。接收步骤，第一步是资产档案，第二步才能整理人员。先接后分。各部门只有接收权，无占有权、支配权，资产档案一律不准搬走。各部门不对原来上级负责，只对军管会负责。权力集中在军管会，无条件服从，待全部接收完毕后，再统一分配工厂、房子等。接收证件统一由军管会发，由专人负责审查盖章，无证件即不准接收。此外，在入城之前，应连续广播我之政策、办法（此条很重要）。要预备布告、信封、图章、通行证、警察袖章等，并预做招牌，以便在进城后几小时即能摆开办事。军管会机关应放在食宿交通方便之适当地点，充分利用电话与各方联络。后来的事实证明，这些规定既防止了混乱，又能保证快。如果不按系统，不分上下，乱接一通，必然损失很大，影响很坏。
其次，入城接收时，要做到比较稳当而无大波动，有五个关键问题要解决。（一）首先要恢复电力供应。没有电，电灯不亮，电话不通，自来水没有，电车和火车也无法开动，变成一座死城，秩序就无法控制。沈阳靠外面送电，抚顺解放后即送电来，群众称道。但要把这项工作做好，有一个先决条件，即必须有相当数量的技工。这次哈尔滨各系统共带来新的技术干部数百名，他们忠勇而熟练，一个晚上在万难的情况下，即开出疏散弹药的火车，使本地人员惊异，无“土包子不懂技术”之感。（二）要迅速解决金融物价问题。为避免外地商人来抢购，本地商人将物资收藏，以及物价先落速涨现象，先介绍了解放区近来各地的物价表，使商人有底，敢于开市。为吸引粮食入城，定价高于外地，因而物价无大的波动。（三）敌警察必须收缴枪支，让其徒手服务。交通警察尽快站岗，消防队各守原位，户籍警察大部可留。其他刑事警察和武装警察队等带特务性者，20天后集中受训，也不宜过早遣散。（四）稳定人心，传布政策，主要靠报纸。城市的人有看报习惯，不可一日无报。对我宣传品，各阶层都是字字细读。除安民布告等预先准备好外，可先准备几期报纸稿件，一进城就立即出报。内容首先只能是刊登一些基本政策文件，各种布告和解放区一般新闻，不能一下子苛求内容生动，适合新区群众口味，但转载旧的文件，要有选择。一切布告，必须字斟句酌。要审阅大样，对广告都要过细审查。报社与对外报道委员会应各派一人，在头半个月经常住在军管会参加会议，密切联系，分期出报。排字校对，都用原人，我只派五六个干部，故第三日即出报。（五）工资问题需要妥善解决，如不注意工资问题，则人心不定。沈阳系围城，解放前基本上根据国民党的底薪等级，工人、职员、技师从每月40公斤到200公斤，因比围城时提高很多，故一般已满意。高级技术人员距离应远一些。对国民党的欠薪，则置之不理。特殊情况者，可作必要的救济。在卫戍工作上，除一般卫戍部队外，卫戍司令部尚需有一个半团机动兵力，随时派出保护接收了的工厂、机关。卫戍部队应是单一建制，让有训练有纪律教育的部队担任。
第三，要迅速处理俘虏和疏散弹药。这两项工作处理不好，将严重影响治安秩序。对散俘首先是收容好，有饭吃，有房住。次一步是如何往外分散处理。对弹药要及时地进行疏散，入城时需有充分的铁路人员和保护车站的武装，以保证交通和疏散。
第四，军管会内部做到减少扯后腿、抵消精力之事。军管会各负责人，要坚持接管原则，秉公办事，全力制止争房子、争汽车、争工厂等纠纷。
第五，关于重大事件、容易出乱子的问题，必须预先有充分精神准备。军管会的首脑要有足够时间来研究重大问题。此次外交、粮食、金融、捕杀等重大问题，军管会多少都有精神准备，但外交仍出乱子。
第六，要保证接收得好，最重要的还必须入城部队有良好的纪律教育。此次入沈部队很多，都懂得保护工厂、保护城市。今年以来，城市政策教育收到了很大效果，犯纪律者是个别分子。对苦战之师，应在吃住方面主动照顾。
第七，此次接收沈阳，使我们有一感触，即接收一个大城市，除方法对头外，需要有充分准备和各方面能称职的干部。依目前形势看，中央和各战略区野战军，均需准备有专门接收大城市的班子，待工作告一段落，即可移交给固定的市委等机关。这样的接收班子，可以积累经验，其中骨干可以暂成专职，依次接收各大城市。
陈云对接管沈阳经验的总结，引起了的高度重视。在接管北平、天津前，曾对薄一波说：城市接收工作主要是接收官僚资本；对民族工商业要好好保护，对接收工作要“原封原样，原封不动”，让他们开工、恢复生产，以后再慢慢来。的这一思想，显然是吸收了陈云在接管沈阳后所总结出来的有关经验。此外，陈云在报告中提出的要组织专门班子从事接收工作的建议，也得到中央的重视。中央要求东北局将接管沈阳、长春两个城市的人员组成两个班子，为南下接管大城市之用；同时从沈阳接管人员中抽调二三十个得力骨干前往天津参加接管工作。
辽沈战役后，陈云对铁路在作战和民用方面的重要作用有了更为深刻的认识。东北野战军入关后不久，陈云即亲自起草电报发往中央，建议中央设立铁道部，筹划与管理全国铁路事宜。中央采纳了这一建议，很快在中央军委内设立了铁道部。这是后来政务院各部中最早成立的一个部。