建国后，和陈云始终反对对民族资产阶级实行过“左”的错误政策；社会主义改造过程中，陈云受命主持对资本主义工商业的改造工作，积极贯彻中央确定的和平赎买政策；改造完成后，他和一起率先开始了改革和完善社会主义经济体制的探索
我国是在一个经济文化基础十分落后的情形下取得民主革命胜利的。这就决定了革命胜利后必须尽快把工作重点放到经济的恢复和发展上去。但由于我国又是一个小生产势力十分强大的国家，小农思想所主张的绝对平均主义，对发展资本主义有一种天然的恐惧心理。因此，新民主主义革命在全国胜利前后，不少人都主张尽快消灭私有制，实现公有化。为此，在天津解放后不久，曾受党中央委托前往蹲点，并发表了着名的“天津讲话”，稳定了资本家的心理，促进了经济的迅速恢复和发展。
但是，这种“左”的情绪并没有随着新中国的建立而消失。建国初期，有不少领导干部普遍希望过早采取消灭资本主义的政策。例如，有的地方对私营企业征收过高的税率，加上缺乏经验，有些制度也不尽合理。对此，不少私营企业家很有意见，上海工商界的一位代表人物、着名会计师徐永祚曾对解放初的税收政策提出了尖锐的批评，认为对私营企业的政策可概括为“重、重、追、苛、细、扰”。
稳定物价斗争胜利后，私人资本主义经济的虚假繁荣不复存在，在经济结构的转换中，其发展遇到了严重困难。于是又有人提出要乘机一举消灭资本主义私人经济，认为“今天斗争对象，主要是资产阶级”。陈云对此率先提出了批评。1950年4月，他在中财委召开的会议上指出：“我们既然在经济上承认四个阶级，有利于国计民生的私人工商业就要让它发展，有困难就要帮助。”“对资产阶级无非有两种办法：一是不给‘油水’；二是给一点‘油水’。二者必居其一。我主张从预算内划出一部分，给资产阶级一点‘油水’，这对我们更有利。”
赞成陈云的意见。在1950年4月召开的中央政治局扩大化会议上，指出：“和资产阶级合作是肯定了的，不然《共同纲领》就成了一纸空文，政治上不利，经济上也吃亏。‘不看僧面看佛面’，维持了私营工商业，第一维持了生产；第二维持了工人；第三工人还可以得些福利。当然中间也给资本家一定的利润。但比较而言，目前发展私营工商业，与其说对资本家有利，不如说对工人有利，对人民有利。”并在一份全国统战会议工商组讨论会的发言记录上，明确批示，表示不同意“今天斗争的对象，主要是资产阶级”的说法，指出“今天的斗争对象主要是帝国主义封建主义及其走狗国民党反动派残余，而不是民族资产阶级。对于民族资产阶级是有斗争的，但必须团结它，是采用既团结又斗争的政策以达团结它共同发展国民经济之目的。”并提出，对民族资产阶级的限制应是主要限制“那些不利于国计民生的工商业，即投机工商业，奢侈品和迷信品工商业，而不是正当的有利于国计民生的工商业，对这些工商业当它们困难时应给以扶助使之发展。”在经营范围方面，应与国营经济有适当分工。在目前阶段，国营经济应与私人资本主义共同发展。他批评了那种只许国营经济发展，而不许私人资本主义存在的主张是“完全错误的说法”。6月，在七届三中全会上又说：“有些人认为可以提早消灭资本主义实行社会主义，这种思想是错误的，是不适合我们国家的情况的。”这次全会，明确提出了“不要四面出击”的方针。
6月23日，在一届政协二次会议上说：对于民族资产阶级来说，“只要战争、土改关都过去了，剩下的一关就将容易过去的，那就是社会主义这一关，在全国范围内实行社会主义改造的那一关。只要人们在革命战争中，在革命的土地制度改革中有了贡献，又在今后多年的经济建设和文化建设中有所贡献，等到将来实行私营工业国有化和农业社会化的时候（这种时候还在很远的将来），人民是不会把他们忘记的，他们的前途是光明的。我们的国家就是这样稳步前进。”当然，对资产阶级进行社会主义改造，毕竟是消灭这一剥削阶级的政治革命，有可能会遇到一些阻力。对此，曾指出，将资本家的生产资料收归国有，虽然是用和平的、不流血的办法，但有很大的强制性。
在调整私营工商业的过程中，中央决定加大对私营企业的加工定货，陈云指出：“这是逐步消灭无政府状态的手段。通过这种办法，把他们夹到社会主义。”
党的领导人在最初设想向社会主义过渡的具体步骤时，曾提出过“直接过渡”的想法，即在新民主主义社会的各项准备工作做好时，用很短的时间，“直接”、“突然”过渡到社会主义。如在1948年9月中央政治局会议上曾说，到底何时开始社会主义的全线进攻，也许要15年。1949年9月，他在回答民主人士关于何时到社会主义的提问时，又说：大概二三十年吧。
对“突然过渡”的论述则更多也更详细。在“天津蹲点”期间，他说：到社会主义的时候，由国家下个命令，资本家将企业交给国家或由国家加以收买，就可以实现由新民主主义向社会主义的过渡。1951年6、7月间，他又说：将来搞社会主义，在城市20个人以上的大工厂，都采取剥夺的手段。取消私有只能采取革命剥夺的手段，不能采取逐步动摇、削弱甚至否定的办法，而是用一二年时间来一个运动就解决问题。受这一思想的影响，陈云也说过：“资本家并不可怕，到实行社会主义时，最后一二年就可以解决，现在不必着急”。
从1952年9月起，也许是考虑到“突然过渡”既不利于社会稳定，又不利于经济发展，同时也不适合中国民族资产阶级的具体情况，开始提出要用三个五年计划或者更多一些时间逐步完成社会主义改造，而不是在10年或者更多一些时间以后再进行社会主义改造，向资本主义全线进攻。他说：七届二中全会提出限制与反限制的斗争问题，现在这个内容就更丰富了。工业中，私营占32.7%，国营占67.3%，是三七开；商业零售是倒四六开。再发展5年，私营比例会更小，但绝对数字仍会有些发展，这还不是社会主义。5年以后如此，10年以后会怎么样，15年以后又怎么样，要想一想。到那时候私营工商业的性质也变了，是新式的资本主义，公私合营、加工定货、工人监督、资本公开、技术公开、财务公开，他们已经挂到的车头上，离不开了。从这时起，开始酝酿提出了以“逐步过渡”为主要特征的党在过渡时期的总路线，提出要用三个五年计划或者更多一些时间逐步完成对农业、手工业和资本主义工商业的社会主义改造。
在社会主义改造中，陈云主要负责资本主义工商业的社会主义改造工作。他是中央对资本主义工商业改造领导小组的组长。
在对资本主义工商业的社会主义改造中，中国根据马列主义的基本原则，结合中国的具体情况，创造性地提出通过国家资本主义的途径，用和平赎买的办法，实现对资本主义工商业的改造。
列宁曾经指出：“真正革命民主国家中的国家垄断资本主义，必然会是走向社会主义的一个或一些步骤！”国家资本主义的性质取决于国家“为谁的利益服务”。“社会主义无非是从国家资本主义垄断再向前跨进一步。换句话说，社会主义无非是变得有利于全体人民的国家资本主义垄断了。”“国家垄断资本主义是社会主义最充分的物质准备，是社会主义的前阶，是历史阶梯上的一级，在这一级和叫作社会主义的那一级之间，没有任何中间级。”
《共同纲领》规定，“国家资本与私人资本合作的经济为国家资本主义性质的经济。在必要和可能的条件下，应鼓励私人资本向国家资本主义方向发展。”在国民经济恢复时期，我国的国家资本主义经济逐步建立和发展起来。在没收官僚资本时，对原先在官僚资本主义企业中的私人股份，新政权仍然让其在原企业中继续存在。这样就出现了第一批国家资本主义性质的公私合营企业。“五反”运动后，国家对私人银行、钱庄实行公私合营，从而扩大了公私合营的数量和范围。
1953年春，中央统战部部长李维汉受中央委托，率调查组赴上海、南京、武汉等地作调查。5月下旬，他向中央送上了一份题为《资本主义工业中的公私关系问题》的报告，深刻分析了各种形式的国家资本主义在我国社会中的地位和作用。他向中央建议，通过国家资本主义实现对私营资本主义工商业的社会主义改造。高度重视这一报告，并决定将它“提交政治局会议讨论”。关于国家资本主义的许多论述都来自李维汉的报告。
指出，所谓国家资本主义经济是指“在人民政府管理之下的，用各种形式和国营社会主义经济联系着的，并受工人监督的资本主义经济”。它是“一种特殊的资本主义”，“带着很大的社会主义性质”。他指出：鉴于资本主义数量是不可忽视的，数量很多，又少不了它，而我们又有办法把它改造为社会主义，所以目前一脚踢开资本主义是不可能的，也没有资格。只能通过发展国家资本主义，来改造它。
认为，国家资本主义是实现向社会主义这一原则性过渡的灵活性。“社会主义全民所有制是原则，要达到这个原则就要结合灵活性。灵活性是国家资本主义，并且形式不是一种，而是‘各种’，实现不是一天，而是‘逐步’。”他还指出，“国家资本主义不是只有公私合营一种形式，而是有各种形式。”实现对资本主义工商业的社会主义改造，“就是逐步实行各种形式的国家资本主义，以达到社会主义全民所有制。”
1953年9月上旬，在同民主党派和工商界部分代表座谈时，对国家资本主义问题进行了系统全面的论述。他指出：“经过国家资本主义完成对私营[工商业]的社会主义改造，是较健全的方针和办法。”“国家资本主义是改造资本主义工商业和逐步完成社会主义过渡的必经之路。”他还对国家资本主义的具体形式进行了探索，认为“公私合营、全部出原料收产品的加工定货和只收大部产品，是国家资本主义在私营工业方面的三种形式”，“[私营]商业亦可以实行国家资本主义。”既批评资本家的惟利是图，也要允许资本家有利可得，“即使中国的[私营]工商业基本上是为国计民生服务的，部分的是为资本家谋利的——这样就走上国家资本主义的轨道了。”“实行国家资本主义，不但要根据需要和可能（共同纲领），而且要出于资本家自愿，因为这是合作的事业。”要合理安排好按照所得税（34.5%）、福利费（15%）、公积金（30%）、资方红利（20.5%）的适当比例，保证私营企业的正当利润，改正私营企业中资方无权和不发红利的缺点，“否则将阻塞国家资本主义的道路。”发展国家资本主义要坚持“稳步前进，不能太急”。他认为，把资本主义改变成国家资本主义，是社会主义改造的第一步，全面完成社会主义改造，还要走第二步，即把国家资本主义改变为社会主义全民所有制。
通过国家资本主义由低到高几个阶段的逐步发展，使得资本主义工商业逐步纳入到社会主义计划经济的轨道，为最后成功地实现对资本主义工商业的和平改造提供了条件。
在国际运动史上，是马克思和恩格斯最早提出了用赎买的方法来和平改造资产阶级的设想。恩格斯曾回忆说：“我们决不认为，赎买在任何情况下都是不容许的；马克思曾向我讲过（并且讲过好多次！）他的意见：假如我们能赎买下这整个匪帮，那对于我们最便宜不过了。”列宁在十月革命胜利后，也曾试图采取赎买的办法来改造资产阶级。他指出：“马克思曾十分正确地教导工人说：正是为了易于过渡到社会主义，保存大生产的组织是很重要的；如果（作为一种例外，当时英国是一种例外）将来种种情况迫使资本家和平屈服，在赎买的条件下文明地有组织地转到社会主义，那就要给资本家付相当多高的钱，向他们赎买，这种思想是完全可以容许的。”但是，十月革命后，俄国资产阶级都站到了与苏维埃政权为敌的阵营里，列宁的思想没有实现。
中国对资本主义工商业的社会主义改造，创造性地运用了马列主义关于和平赎买的设想。1955年11月，在主持起草《关于资本主义工商业改造问题的决议（草案）》时，明确提出了和平赎买的思想。他在《决议草案》中加写道：对资本主义工商业的社会主义改造，“并不是不要付出代价的。为了结成和继续这个联盟，为了借助国家资本主义达到社会主义的目的，我们就需要对资产阶级偿付出一笔很大的物质代价。这就是对于资产阶级私有的生产资料，不是采取没收的政策，而是采取赎买的政策。”他指出，我们采取和平赎买的政策，“这是从我们中国特殊历史条件中产生出来的政策。这种政策并不违反马克思主义的原则。马克思、恩格斯和列宁都曾经认为在某种条件下采取赎买政策，是可以允许的，是对于工人阶级有利的。”这一决议还根据的意见，提出了具体的赎买办法。“我们的赎买办法，就是从中华人民共和国成立的时候起，在大约10年左右的时间内，工人阶级在为了满足人民群众和国家的需要而生产的同时，也为资产阶级生产一部分利润。在企业利润的分配中，资本家所得虽然不到1/4，但是如果以10年左右的时间计算，这笔利润的数目，就可能达到20亿元左右人民币。这是逐步的赎买，不是一下子赎买。也不是由国家另外拿出一笔钱来进行赎买，而是由工人阶级在10年左右的时间内用给资本家生产一部分利润的方法进行赎买。”根据的意见，《决议草案》还规定：“除了对于资产阶级的生产资料进行这种办法的赎买以外，对于那些有技术才能和有管理企业的能力因此使企业能够供给国家更多工业品的资本家，还给予较高的薪水，同时，直到现在还有许多资本家用职员的名义在企业中支取相当高的薪水，其中一些人是没有能力而挂名支薪的。这些，在过渡时期，也是属于一种赎买的性质。这种赎买，也是必要的。”
改造问题解决后，陈云开始着手解决资本家在改造后的收入和安排问题。当时有人认为，资本家的财富是剥削来的，因此在赎买时只要象征性地给一些钱就可以了。对此，主张要赎买就是真正赎买，全部赎买，并且要赎买到底，“不要半赎买半没收”。“不要省这几个钱，不要虎头蛇尾，有始无终。”
陈云完全赞成的主张，也认为要赎买就要真赎买。因为，中国的资本家不仅对发展经济做过贡献，而且在政治上拥护中国的领导，又自觉地接受社会主义改造。况且资本家人数虽然不多，但社会政治影响大，稍一不慎，就会产生严重的消极后果。同时，中国的民族资本家都是从事轻工业的，数量虽多，但算得上是大企业的为数却很少，真正赎买也花不了多少钱，是国力完全能够承担得起的。
当时资本家的普遍心态是“保三望四”，即年息稳得3%，争取4%。陈云经过反复思考和计算，向中央提出，定息的原则应从简从宽，一律定为年息5%。这一决定公布后，全国资本家普遍感到喜出望外，认为确实是太宽大了，内心非常满意。后来，陈云又根据党中央和的意见，提出从1956年起，7年不变，如7年后工商业者生活上还有困难，还可以拖一个尾巴。从而进一步消除了一些工商业者的忧虑，不少人在合营以后都为发展企业而尽心尽力地工作。
针对改造步伐一再加快、引起资本家情绪波动而影响生产的状况，陈云还一再强调改造要循序渐进，步子要稳妥，对资方人员要妥善安排，以有利于生产的发展。他指出，在社会主义改造中，对资本家，要网开一面，不要两面夹攻，要尽量使资本家心情舒畅。对资本家原先的牌子，最好把它保存下来。“如果统统改掉，编成号头，使人搞不清楚，还不如‘瑞蚨祥’、‘全聚德’等各种各样的牌子挂着好一点。这样资本家也舒服，牌子是祖宗传下来的，把牌子搞掉，他们是会心痛的。”
情况确实如此。当时在全国各地的私营企业改造都处于一片高涨的情况下，大势所趋，资本家不可能发出公开反对的声音，但是心里头却并不完全是没有想法的。自己甚至家族几代人辛辛苦苦经营起来的企业眼看着要被公私合营，变成国有的了，在感情上产生一定的痛苦，是难免的。1955年11月16日，周恩来在中央召开的关于资本主义工商业社会主义改造问题会议上的讲话中以荣毅仁为例说：他是全国第一号的资本家，他在这个地方讲，他那个阶级应该消灭，可是，另外碰到一个人又跟他说：你祖宗三代辛辛苦苦地搞了这点工厂，在你手里送出去实在可惜呀！他也眼泪直流，这是很自然的，合乎情理的。两种情形都存在，都是真实的。这种又接受和平改造，又感到痛苦的表现，如实地反映了中国民族资产阶级的心态。如果交出工厂，如弃敝屣，没有一点痛苦，那就不是资产阶级了。陈云的上述主张在一定程度减少了资本家的失落情绪。
陈云还指出，对资方人员，一定要全部养起来，而且要量才使用。他说：工商业者的绝大部分是懂技术的，有业务经验的。不懂的只是极少数。他们的技术和业务经验，对人民、对国家、对社会主义建设是很有用的。国家需要这些懂技术懂业务的人。国家对资本家与对待地主是不同的。地主对发展社会生产有害无益。资本家懂得技术，能管理工厂，组织生产。政府安排资本家并不是对资本家特别好，而是因为这对国家对人民都有好处。对资本家不仅今天要安排，将来也要安排。因为资本家在解放后，拥护人民政府，拥护土地改革，支持抗美援朝，这些都是好事情。好事做得越多，得到的好处自然也会越多。
陈云还指出，一定要让有能力的资本家在公私合营后继续当企业的负责人。对此，有些工人可能不理解，会说从前他当厂长、经理，合营后还是他；资本主义是他，社会主义还是他。有些资本家也害怕，当了经理后，工人说闲话，不听他的话。陈云对资本家说，你们要有思想准备，听了这个话后，不能生气。因为过去工人与资方长期是对立的，这种对立情绪不是一下子能改变的。正如两个人刚打完架，要一下子坐在一起有说有笑是不可能的。政府可以向工人讲清楚，资本家愿意公私合营，不要他们是没有道理的。现在资本家与过去有所不同，过去为利润工作，现在为国家工作。他们中有的人有技术，有业务经验，国家也需要他们。工人是讲道理的，是会认识到应该团结资方的。工商业者自己也要改变对工人的态度，改变对工作的态度。
陈云不仅注意对资本家本人做说服教育工作，还十分注意做资本家家属的工作。在一次工商联座谈会上，有的资本家反映说：“我们通了，但是老婆不通。”也有的说：“两个副总理讲了几个钟头，但是还不抵老婆一席话。”对此，1956年3月，陈云专门主持召开了全国工商业者家属代表会议，就他们关心的一些问题进行了解释。
在公私合营的中，有些工商业者家属，把家里的黄金、美钞、人民币、宝石戒指、金钢钻、房产等都拿出来增加资金，这本来是好事，但如果提倡不适当，就会发生偏差，有些人不想捐献，但迫于形势，也不得不捐献。对此，许多家属感到压力很大。针对这个问题，陈云在会上指出，政府不提倡这种捐献，因为一提倡，一表扬，就会形成一种空气，一种压力，发生强迫命令的现象，使不能或者不愿意增资的人也增资了。这种现象，一定要加以避免和纠正。全行业公私合营，政府不是想要你们增资，这次开会也不是想要你们增资。你们增资一两千万，数目就不小了，但对政府的帮助并不大，反而给你们自己造成困难。大家愿意捐献，心是好的，但是政府希望你们最好不要捐献。已经捐献而造成困难的，要赶快退回去。没有东西捐献的，不要认为不光彩。政府不是希望你们再拿钱出来，而是希望你们与政府同心协力，办好企业，建设社会主义。
对一些资本家愿意放弃定息的想法，陈云希望工商界不要这样做。因为有的人有条件放弃，有的人家里人多需要定息，不能放弃。有人放弃，就会给没有放弃的人带来压力。因此，他希望大户小户都不要放弃。
通过这些解释和说明，工商业者家属了解到，公私合营后，资方人员的工作安排是没有问题的，生活和福利待遇也是有保障的，从而解除了他们的后顾之忧。
由于社会主义改造的步骤太快，加上一些领导人不仅本人不熟悉经济工作，而且对资方原有管理人员的意见又不能虚心听取，使得许多企业的产品质量明显下降。特别是一些名牌产品的质量下降得更为明显。例如，北京“东来顺”的涮羊肉在合营后就不好吃了。有些人因此发牢骚说：“社会主义还是不如资本主义好，资本主义的羊肉到社会主义后都不好吃了。”这话后来竟传到了的耳朵里。他对此非常重视。1956年1月，在中央召开的知识分子问题会议上说，搞社会主义，不能使羊肉不好吃，也不能使南京板鸭、云南火腿不好吃，现在云南没有火腿了吗？不能使物质的花样少了，布匹少了，羊肉不一定照马克思主义做，在社会主义社会里，羊肉、鸭子应该更好吃，更进步，这才体现出社会主义比资本主义进步，否则我们在羊肉面前就没有威信了。随后，在第六次最高国务会议上，又专门提出：请陈云同志讲一讲，为什么资本主义的羊肉社会主义以后不好吃了。并说：“社会主义革命的目的是为了解放生产力。”
陈云经过深入调查研究后发现，“东来顺”的涮羊肉之所以在合营后不好吃了，主要是因为“我们轻易改变了它的规矩”。他说：“它原先只用35斤到40斤的小尾巴羊，这种羊，肉相当嫩。我们现在山羊也给它，老绵羊也给它，冻羊肉也给它，涮羊肉怎么能好吃？”而且，“羊肉价钱原来一斤是一块二角八，合营以后要它和一般铺子一样，统统减到一块零八，说是为人民服务，为消费者服务。这样它就把那些本来不该拿来做涮羊肉的也拿来用了，于是羊肉就老了。本来一个人一天切30斤羊肉，切得很薄，合营后要求提高劳动效率，规定每天切50斤，结果只好切得厚一些。羊肉老了厚了，当然就不如原来的好吃了。”
同样，“全聚德”烤鸭子在合营后也不如以前好吃了。陈云经过调查后发现，原来“全聚德”的烤鸭用的是专门的鸭子，这种鸭子从小喂起，大概要喂100天左右，饲料主要是绿豆和小米，粮食统购统销和公私合营后，我们给它的是劳改农场的老鸭子，烤出来的鸭子当然就不好吃了。
根据这些调查，陈云提出，要保持名牌产品的质量，公私合营后，这些产品原有的生产方法、经营方法，应该在一个时期内照旧维持不变，以免把以前好的东西改掉了。
为了保证公私合营后产品的质量不下降，品质不减少，陈云还提出了五条措施：一、对有些商品，如百货中的一部分，国家不再统购包销。好的，国家要；不好的，就不要。陈云说：“这叫‘将’你一‘军’。不好的不要，就要跌价，跌价工厂就要亏本。一亏本，工资都发不出，管理人员就要动脑筋，想办法提高质量，增加品种。这要有步骤有计划分批地进行。”二、对商品的设计人员，像工厂的工程师，时装店的设计师，要给予奖金。三、优质优价。好货好价钱，质量好的价高，不好的价低。四、要设专人负责。五、要给好的原料。
为了方便人民生活，陈云还对小商贩的前途和命运作了思考。1956年3月，他在全国工商业者家属和女工商业者代表大会上说，在长时期内，大部分小商小贩在中国社会里是不可缺少的。如果没有小商小贩，市场一定会很死，居民就会感到不方便。他指出，小商小贩也是一笔财富。卖馄饨、卖酸梅汤的小商小贩，如果都取消了，只有“全聚德”、“东来顺”，老百姓就要反对我们。在胡同里和火车站有卖饮食的，冬天是热的，夏天是凉的，乡下还有送货上门和收购破铜烂铁的，少了这些小商小贩，老百姓也会不满意。他说，到了社会主义社会，长时期内也还需要夫妻老婆店，因为老百姓还要买小杂货、油盐酱醋，还要吃大饼、油条、馄饨、汤团。
当然，对小商小贩也要进行社会主义改造。小商小贩自身也愿意接受社会主义改造。在社会主义改造初期，由于没有来得及对小商小贩的社会主义改造进行规划，有些小商贩还有怨言，说：嫌贫爱富，光吃肉不吃骨头。公私合营到来后，他们更是天天敲锣打鼓，放鞭炮，递请愿书，要求公私合营。
于是，一些地方为图省事，盲目实行按行业改造，分工归口管理。天津附近有个集镇甚至出现了这样的笑话：听说要归口，就把理发的和杀猪的归并在一起，理由是都拿刀刮毛。有的地方，合并规模过大，一条街上只有很少几家商品销售点和理发店等服务设施，而且不在人口集中的居民区，又实行严格的上下班制度，给人民的生活造成很大的不便。
对此，陈云本人也有切身体会。解放后，陈云有很长一段时间住在北京的南长街。当时，他家对门就有一个小铺子。这个小铺子只能站两个顾客，但是它卖的东西适合那个地方群众的需要，有文房四宝、牙膏牙刷、针头线脑，甚至邮票，样样都有。什么东西群众有需求，他们就卖什么东西，怎样卖法群众喜欢，他们就采用那样一种卖法。百货公司的信封，是成扎卖的，他们一个也卖。百货公司的信纸是成本卖的，他们一张也卖。售货时间也不一样，百货公司是八小时工作制，到点关门，他们是晚上12点敲门也卖东西。但在公私合营后，工作人员开始拿固定工资，品种也不全了，晚上12点以后也不开门了，服务态度也有变化。
因此，陈云认为，对小商小贩不能用公私合营的方法进行改造。他说：夫妻老婆店不能发固定工资。如果按月发工资，那末，半夜敲门买东西，他就不会开门了，一定会说：“睡觉了，明天来吧。”因为反正他按月拿工资，他省心了，但对老百姓就不方便了。不仅夫妻店不能发固定工资，摊贩也不能发固定工资。如北京卖蔬菜的，过去推车到胡同去叫卖，现在组成了联营小组，发固定工资，他就不到胡同里去叫卖了，老百姓很不满意。
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陈云主张，在公私合营后，对小商小贩在很长时间内仍然要保持他们的单独经营方式。“对他们应该很宽很宽。他要求加入合作社，也只能挂个牌子，报个名，登记一下就算了。把他们组织起来，每个人要在一个小组统一进货，统一经营，统一核算，那就有一种危险，即馄饨皮子就不那么薄，而是厚了；肉不是鲜的，而是臭的了。”他认为，对小商小贩，最好的办法就是经销、代销。这种办法，既使小商小贩得到了妥善的安排，也没有给人民的生活造成太多的不便。实践证明这是一种适合中国国情的改造小商小贩的成功做法。
为了解决加工定货和统购包销中存在的问题，他在1956年6月30日的全国人大一届三次会议上提出，在商业部门内部，要改变过去那种自上而下的统派购制度，实行选购办法，要“在巩固的社会主义基础上实行一定程度的自由推销和自由选购，也就是在计划经济许可范围内的自由市场”。7月，他在一次会议上又提出：“市场管理办法应该放宽。现在从大城市到小集镇大部分都管得太死，放宽后，害处不大，好处很多。”“今后重要物资如粮食、布匹，还要统购，实行计划分配。有些供不应求的热销货，也要实行计划分配。其余的可以自由选购。”他认为，“既要实行计划经济，管好市场，反对投机倒把，又不要把市场搞死。不走这条路，我们又找不到其他更好的路。”
这些思想的提出，实际上已经触及到了改革和完善社会主义经济体制这一深层次问题。1956年9月，陈云在八大上的发言中，提出了在工商业的购销关系、生产经营形式、市场管理、物价政策等方面搞活经济的若干措施，即“三个主体三个补充”的思想。他认为新的社会主义经济体制将是：在工商业经营方面，国家经营和集体经营是工商业的主体，但是附有一定数量的个体经营。这种个体经营是国家经营和集体经营的补充。至于生产计划方面，全国工农业产品的主要部分是按照计划生产的，但是同时有一部分产品是按照市场变化而在国家计划许可范围内自由生产的。计划生产是工农业生产的主体，按照市场变化而在国家计划许可范围内的自由生产是计划生产的补充。在社会主义的统一市场里，国家市场是它的主体，但是附有一定范围内国家领导的自由市场。这种自由市场，是在国家领导之下，作为国家市场的补充，因此它是社会主义统一市场的组成部分。
1956年11月，收到中国民主建国会主任黄炎培的来信。信中说：“全行业公私合营，工商业者的表现是好的。这几个月，有少数人表现了消极作用，流行着定息万岁的口号，白天是社会主义，夜里是资本主义，还出现地下工厂、地下商店。可以看出，资本主义工商业的改造任务还是艰巨的。”不久，全国工商联召开会员代表大会，先后三次找了工商联的负责人和各省代表进行谈话，了解情况。陈叔通在同的谈话中，反映了资本家的一些疑惑：资本家对定息能拿多久心里没底，怕取消太快；资本家现在还给安排工作，怕再过几年会不会被一脚踢开；合营以后，如何进行自我改造？
12月7日，在同民主建国会和工商联负责人的谈话中说：现在我国的自由市场，基本性质仍是资本主义的，虽然已经没有资本家。它与国家市场成双成对。上海地下工厂同合营企业也是对立物。因为社会有需要，就发展起来。要使它成为地上，合法化，可以雇工。现在做衣服要三个月，合作工厂做的衣服一长一短，扣子没眼，质量差。最好开私营工厂，同地上的作对，还可以开夫妻店，请工也可以。这叫新经济政策。我怀疑俄国的新经济政策结束得早了，只搞两年，退却转为进攻，到现在社会物资还不足。他说，还可以考虑，只要社会需要，地下工厂还可以增加。可以开私营大厂，订个协议，10年、20年不没收。华侨投资的20年、100年不要没收。可以开投资公司，还本付息。可以搞国营，也可以搞私营。可以消灭了资本主义，又搞资本主义。当然要看条件，只要有原料，有销路，就可以搞。12月8日，在同工商界人士的谈话中，他还提出：“你们把问题都提出来，政府来研究，陈云副总理来考虑，解决一些能够解决的问题。”
顺着这一思路，在12月29日召开的人大常委会第52次会议上说：如果资本家要盖工厂，是否可以批准他盖呢？可以的。我们国家有百分之九十几的社会主义，有百分之几的资本主义，我看也不怕。“有这么一点资本主义，一条是它可以作为社会主义经济的补充，另一条是它可以在某些方面同社会主义经济作比较。”1957年3月，他在湖南视察时又进一步指出，我们现在有一种迷信思想，“我是社会主义，就比私人资本主义先进。”这种迷信思想要不得，一定要去掉。只要我们去掉这种迷信思想，我们有人有钱，社会主义的名声又好，靠这样多的优越条件，再加上学习私人资本主义的先进经验，社会主义就一定会竞争赢资本主义。否则，就是资本主义优越于社会主义。4月，他在上海党员干部会上说：社会主义经济是计划经济，但是计划性把多样性、灵活性搞掉了。实际上，社会经济生活是几千种、几万种、几十万种，而计划又不能计划那么几千、几万、几十万的，只计划那么多类，结果就把社会经济生活搞得简单了，呆板了。5月，他在北京对中央党校负责同志谈话说，研究社会主义经济，还要特别注意一个问题，就是使社会主义经济既要有计划性，又要多样性和灵活性，苏联在这方面的教训是值得我们注意的。他们只有社会主义的计划性，只讲究计划经济，搞得呆板，没有多样性，灵活性。又说，我们一定要比资本主义经济搞得更要多样，更要灵活。如果我们的经济还不如资本主义的灵活性、多样性，而只有呆板的计划性，那还有什么社会主义的优越性呢？
这些思想实际上是对陈云“三个主体三个补充”思想的进一步发展。