他和一样重视知识，大胆选拔、积极培养和放手使用知识分子
在中国这样一个经济文化都十分落后的国家里从事革命和建设工作，重视发挥知识及知识分子的作用，有着十分重要的理论与现实意义。然而，在党的历史上，在如何正确对待知识分子的问题上是有过沉痛教训的。党的六大后，由于受苏联和共产国际片面强调工人阶级出身错误观念的消极影响，一度对知识分子出身的党员和干部存在着错误的认识，实行了不正确的政策。遵义会议后，以为首的新的中央领导集体在总结历史上正反两方面的经验教训后，逐步形成了一套正确的知识分子政策。
1939年12月，在为中央起草的《大量吸收知识分子》的决定中指出：在长期的和残酷的民族解放战争中，在建立新中国的伟大斗争中，必须善于吸收知识分子，才能组织伟大的抗战力量，组织千百万农民群众，发展革命的文化运动和发展革命统一战线。没有知识分子的参加，革命的胜利是不可能的。全党同志必须认识，对于知识分子的正确的政策，是革命胜利的重要条件之一。我们党在土地革命时期，许多地方许多军队对于知识分子的不正确态度，今后决不应重复。对于一部分反对知识分子参加工作的干部，尤其是主力部队中的某些干部，应该切实地说服他们，使他们懂得吸收知识分子参加工作的必要。“决定”还批评了党内存在着的对知识分子作用认识不足、歧视知识分子的错误倾向，指出：对于知识分子的正确政策，是革命胜利的重要条件之一；要求大量吸收知识分子参加军队、政府和学校等工作，对他们中表现好够条件的要吸收入党，同时注意对他们的培养和教育工作。他还明确指出，我国的知识分子除极少一部分充当帝国主义、封建主义和官僚资本主义的附庸以外，都是爱国的，他们在“中国革命中常常起着先锋的和桥梁的作用”，“尤其是广大的比较贫苦的知识分子，能够和工农一道，参加和拥护革命。马克思列宁主义思想在中国的广大的传播和接受，首先也是在知识分子和青年学生中。革命力量的组织和革命事业的建设，离开革命的知识分子的参加，是不能成功的。”“应容许资产阶级自由主义的教育家、文化人、记者、学者、技术家来根据地和我们合作，办学、办报、做事。”对广大国统区和日占区的同情我们的党外知识分子，应该同他们建立适当的联系，把他们组织到抗日和民主的伟大斗争中去，组织到文化斗争中去，组织到统一战线的工作中去。
在党的七大上，又指出：“为着扫除民族压迫和封建压迫，为着建立新民主主义的国家，需要大批的人民教育家和教师，人民的科学家、工程师、技师、医生、新闻工作者、着作家、文学家、艺术家和普通文化工作者。”“中国是一个被民族压迫和封建压迫所造成的文化落后的国家，中国的人民解放斗争迫切地需要知识分子，因而知识分子问题就特别显得重要。”“今后人民的政府应有计划地从广大人民中培养各类知识分子干部，并注意团结和教育现有一切有用的知识分子。”
陈云是在抗战全面爆发后不久回到延安的。1937年12月，中央政治局会议决定增选王明、陈云、康生为中央书记处书记，陈云兼中央组织部部长。在延安当中央组织部部长时，陈云在政治上坚定支持提出的坚持统一战线中的独立自主的正确主张，反对王明提出的“一切经过统一战线，一切服从统一战线”的错误主张；在军事战略上，旗帜鲜明地拥护提出的开展独立自主的山地游击战的主张，反对打大的正规战、运动战和消耗战。当王明等人提出要把中央主要领导人集中到武汉去的主张时，遭到的坚决抵制，但当时党内不少高级领导人被抗战初期国共合作的假象所迷惑，纷纷附和王明的错误主张，一时处于少数的只好表示，如果大家赞成到武汉去，大家去好了，我是要留在延安的。在这一关键时刻，陈云坚定地表示拥护的意见。由于陈云是中央政治局常委、书记处书记，又曾是驻共产国际代表团的主要成员，他的表态，使分歧的天平立刻向一边倾斜，从而否决了王明的错误主张，避免了一场可能导致的不堪设想的后果。
在党的组织工作中，陈云也完全赞成的正确主张，十分强调要大量吸收知识分子加入中国组织，发挥他们的聪明才智，为夺取抗战的早日胜利作贡献。党中央《关于大量吸收知识分子的决定》这一重要文件就是他接受的委托后而起草的。他对土地革命战争时期，“左”倾领导人认为知识分子不可靠，不敢或不让新知识分子干部做负责工作，反对知识分子，不放心知识分子甚至排斥知识分子的做法很不满意，并进行了严肃的批判。他认为这种做法无异于作茧自缚，不但不利于党的事业的发展，反而会葬送了党的事业。他要求全党，特别是党的组织部门，必须坚决肃清“左”的影响，正确看待知识分子，尤其要重视提拔青年知识分子加入党的组织。1939年12月10日，陈云在陕甘宁边区第二次党代表大会上指出：半殖民地半封建国家的知识分子是要革命的，许多革命是靠知识分子来领导的。我们再来看农村里的革命，也是知识分子领导的。我们的刘志丹同志就是知识分子，我们里最早的彭湃同志，他在广东省委工作，领导42个县的农民运动，他也是一个知识分子。由这些事实可以看出知识分子在革命中的重要性。有些同志对知识分子非常不了解，他们说知识分子是为资产阶级服务的。我们说知识分子有的是为资产阶级服务的，有的是为无产阶级服务的，大部分知识分子是可以为无产阶级服务的。
党中央《关于大量吸收知识分子的决定》公布后，陈云曾就贯彻问题说道：这个决定指出：（一）知识分子是革命力量，而且是重要的力量。我们要把这个力量吸收进来，在抗战工作中，在我们革命事业中，都是需要的。（二）我们的革命是在农村里面，可是农民不识字，需要提高文化水平，必须依靠知识分子，所以我们要吸收知识分子。（三）没有知识分子，革命就不能胜利。
陈云提出，要在广招天下士时，大量吸收知识分子。他用“抢夺”一词，来说明此事的紧迫性和重要性。他认为，抢夺知识分子是抗战中的一个大的斗争，谁抢到了知识分子，谁就抢到了胜利，谁就可能得到天下。他说：现在，大家都在抢知识分子，日本帝国主义抢，国民党抢，我们抢得慢就没有了。如果我们把要求救中国、要求抗战、要求革命的各种知识分子都抢到手里，那我们不能说天下完全是我们的，但至少也有1/3是我们的了。不要把这个机会错过去，否则将悔之晚矣。
当时，抢夺知识分子的斗争，是同日本帝国主义和国民党展开的。所以，陈云同志指示在国统区、敌占区的党组织，在广招人才的时候，要多同中高级知识分子接触，要把他们争取过来。国统区的党组织在工作时，紧紧在抓住了文化、教育、科学各方面的知名人物的同时，也抓住了高级民主人士，把他们团结在周围，并建立了一些的外围组织，及时把一些不适应在国统区的知识分子送回解放区，还组织大批青年知识分子奔赴抗战前线。敌占区里的党组织，十分精干，不能公开，但他们抓住多数知识分子具有强烈的爱国热情的特点，大力开展抗日救亡宣传，特别是用日寇残酷屠杀、**掠夺的事实，启发人民起来抵抗，启发知识分子投身到实实在在的反日洪流中去，并注意抓好“学联”工作，做好广大教师的思想工作，反对日本人搞奴化教育。
在敌占区、国统区与日本帝国主义、国民党争夺知识分子的同时，陈云要求解放区和各敌后根据地的党组织，一定要敢于放手、大胆地使用知识分子，欢迎他们到革命队伍中来，为他们创造一定的条件，在生活上给予照顾，形成尊重知识，尊重知识分子的环境和气候，以配合前方抢夺知识分子的斗争。要让他们感觉到中国人说到做到，是真心欢迎知识分子的，解放区尊重知识分子已蔚然成风。这样虽然体现在已到革命队伍中的知识分子的身上，却会产生更加巨大的吸引力，影响着更多的知识分子。
陈云不仅在理论上反复论述了知识分子的重要性，而且还以其自身的实践活动，为人们做了表率，从而也赢得了广大知识分子的信任和尊重。
1938年8月的一天，南方局书记周恩来从重庆发了一个电报到延安，说着名外科医生何穆和他的作家妻子陈学昭，经八路军办事处介绍，前往延安。陈云看了电报后，非常重视。何穆夫妇到延安后，他亲自接待，与他们进行了谈话，安排他们继续从事自己的本职工作。何穆到了边区医院任肺科主任；陈学昭去了延安鲁迅艺术学院，从事写作。在生活上，也对他们保持了优待政策。
他们刚到时，积极性还是挺高的。陈云对此很高兴，多次抽空找他们谈心，做思想工作，鼓励他们好好干。可是，不到一年时间，两个人在感情上发生了矛盾，互相告状，闹着要离婚。陈云再三给他们做工作，连着两次找他们谈话，化解他们的矛盾，并对他们说，总要凑合一年看看吧？
经过做工作，两人不提离婚了，但仍感到生活不习惯，加上为筹建中央医院，与一些领导人产生了一些分歧。何穆的思想尚未适应战争条件下的因陋就简的边区医院制度，总认为游击习气太浓。而当他的正规化的建议因战争环境的限制不能全部被采纳时，就产生了处处被制肘、不能发挥个人作用的误解，从而萌生了重回国统区去私人开业的念头。陈云又找他们谈话，希望他们留下来工作，说：你们两人来了，我们欢迎，如果一定要走，我们也欢送。你们出去以后有什么困难，愿意回来，我们随时欢迎。但他们仍表示要走。
1939年8月，陈云、李富春给中央书记处写了一封信，说：“何穆又提出来要出去休养，我们与之谈了三次无结果。他提出的问题是：（1）无医生；（2）医生工作的适当条件。而最近原因大概是由于恩来同志臂未弄好给以刺激。我俩谈无结果，提出：（1）允许暂时出去给以任务（请医生、买器具，弄一个好医院）；（2）书记处有位同志与之一谈或可留下，不出去。”周恩来随后也找了何穆夫妇谈了话，但他们仍坚持要走。
于是，陈云就介绍他们回到重庆。尔后，他俩慢慢恢复了感情，加上他们在开业过程中又屡屡遭到国民党反动人士的干扰和阻挠，他们的一个孩子生了病，因经济拮据而无法及时治疗，死了。这时，在重庆的周恩来等领导人，不时前去慰问和治病，何穆在同周恩来等的接触中，进一步认识到中国不仅要驱逐日寇出中国，还要推翻整个旧社会，建立新中国。每当何穆在开业中遇到困难，周恩来等总是给予必要的支持。此时，在延安的傅连璋写信给何穆，说延安中央医院的院长职务还留着等他去当。所有这些，都使何穆夫妇重新考虑今后的发展方向。经过反复、慎重考虑，他们又提出要求来延安工作，得到周恩来的同意。
在周恩来的安排下，1940年12月，何穆夫妇又去了延安，他还动员了几个纯洁、热情、年轻的医务人员与他同行。何穆到延安后，陈云再次同他们进行了谈话，并安排他到中央医院任院长。不久，陈云又安排何穆到晋冀鲁豫的白求恩医院当外科医生。
为了适应革命战争飞速发展对人才的需要，除了要同国民党和日本帝国主义争夺现有的知识分子外，陈云还提出要大力培养新的知识分子。他要求中央组织部不但要抓吸收人才，壮大队伍的工作，而且还要把培训各方面的人才作为组织工作的一项中心任务；组织部自己不仅要办好组织部党训班，还要会同有关部门大力加强干部教育训练工作。他认为，培养干部，不能小手小脚、慢条斯理，而要敞开大门，成千上万地训练。
当时在陕甘宁边区和各敌后根据地都创办了各类院校，仅在延安的综合性院校就有：抗日军政大学、中央党校、陕北公学、延安大学等。其中，抗日军政大学在各中央局都设有分校。专业性的有：马列学院，专门学习马列理论，是研究政治理论的高级学院；军事学院，是专门训练军事干部的；自然科学院，是研究自然科学的；鲁迅艺术文学院，是培养文学艺术人才的；中国女子大学，是培养妇女干部的，隶属中央妇委；泽东青年干部学校，培养青年干部，隶属中央青委；行政学院，专门训练行政干部；等等。除此之外，还举办了很多短期训练班，设有速记和无线电等专业。
从大后方来的青年学生，中央组织部一般都根据工作需要和个人特长，安排他们进不同的学校学习，然后再进到综合性学校学习一段时间，使他们坚定政治方向，了解和拥护党的路线。一般是，分配去学军事的，先送抗大学习；有专长或可向某一专长发展的，就先分配到专业院校学习；边区急需的护士、工厂技工、无线电专业技术人员等，则只需进行短期政治培训就分配工作，或不经培训就安排工作；对文化程度较高、理论上有造就的人，选送到马列学院去深造；年龄太小的，先送延安中学、延安师范或保育小学学习。不光对青年干部如此，对老同志及其家属，一般也要先安排学习，然后再分配合适的工作。
后来，由于国民党反动派封锁的加剧，从国统区和大后方来延安的青年人越来越少，同时为了克服在职干部政治理论水平低、文化知识少的不足，便从前线抽调大量干部来延安各学校进行训练，为数众多的前方干部都曾到延安的各类学校学习过。
为了使训练工作能适应抗战的需要，同时又照顾到战时的特点，陈云提出了一个训练方针，叫做“现炒现卖”，也就是只能进行短期培训，而不是一定要学到多少系统的理论知识。后来，陈云说道：抗战初期，抗大、陕公的训练方法，学生在学校只学几个月，随后就去参加工作。而且在学校中所学的不是一大堆马克思列宁主义的抽象原则，而是生气勃勃的革命风气。他主张，在学习中，既要照顾综合性院校，又要考虑专业院校，但学习时间都不要太长，一般三五个月一期。
陈云主张，在所有学校中，都要开设两门课程：一是政治课，主要讲党的总路线、方针和政策，讲抗日民族统一战线，讲持久战的战略方针，讲国际形势，目的是坚定学员的政治方向。另一门是军事课，讲授军事知识。另外，他还要求一些院校必须开设党的建设课，讲党的纲领、章程、党的奋斗目标和组织原则，目的是为了在全党引起重视，更好地加强党的建设。
在整个抗战时期，延安各类学校共培训干部20万人。其中，仅抗大总部和各分校就培训了10万干部。那时，陕甘宁边区和晋绥边区共辖人口150万，中央机关、边区机关和驻地部队在内，共有脱产干部5万人，其中1万人是在校学生。可见中国当时对培训干部的重视程度。
陈云对知识分子的重视，还表现在他能用辩证的态度来看待知识分子的优缺点。他提出对知识分子要看其主流，用其所长。他说：一个人的每一个长处里，同时也包括着某些缺点。用人就是用他们的长处，使他们的长处得到发挥，短处得到克服，天下没有一个人是毫无错误的。用其所长，不是用其所短，发挥长处是克服短处的最好办法。
陈云对傅连璋入党一事的处理就采取了这一态度。傅原是福建漳州的一个个体医生，红军打下漳州后，他关闭了自己经营的西药店，并带着医药器材，参加了红军，随后又参加了二万五千里长征。陈云以廉臣的笔名发表的《随军西行见闻录》，以一个被俘军医的口吻，讲述了红军长征的所见所闻，其原形就是傅连璋。
长征到了陕北后，傅连璋被分到边区医院工作，其主要任务是给中央主要领导人看病，后来又成了的保健医生。他医术高明，工作态度也很认真，经过学习和教育，政治觉悟也有很大提高，因此向党组织提出了入党申请。但他也有一般旧知识分子的不足，在与人相处时，态度古板，说话生硬。医院里一些同志看不惯他的这种作风，就不愿当他的入党介绍人。
陈云得知此事后，就同中央组织部干部科的同志多次找傅连璋和医院党支部的同志谈话，交换思想，了解傅连璋的历史情况，帮助教育他，肯定他的优点，指出他的不足，要求他改正；帮助医院党支部对傅的情况进行具体分析，对傅的申请进行考察，并在这当中进行教育帮助，而不是将其拒于门外。他说：看人一定要看他的主流，傅连璋在政治上愿为奋斗，跟走，态度是比较诚恳的，我们不能将其拒之门外。他在艰苦的长征中经受了考验，表现不错，工作是认真负责的，我看他符合一个党员的标准。他在作风上确实是有些缺点，这是可以批评教育的，也应该对他进行帮助。他表示愿做傅连璋的入党介绍人。通过做细致的思想工作，大家在思想上取得了一致，由陈云和中组部干部科科长王鹤寿做傅的入党介绍人，在医院支部大会上作了介绍，经支部大会讨论，最后通过了，傅被吸收加入了。傅连璋入党后，工作更积极了。新中国成立后，担任了卫生部的副部长，辛勤工作了数十年。
陈云对康生等实行的一套“左”的干部政策进行了积极的抵制，对干部的政治生命一向认真负责，慎重对待，当时的“中组部”有“干部之家”的美誉。1938年秋天，丁秀夫妇奉命回到延安，起先以为是被派回来学习的，十分高兴。到了组织部后，陈云问他们：“知道回来干什么吗？”他们高兴地答到：“是回延安学习的。”陈云十分坦诚地告诉他们：“有人说你们是托派，有一个还是托派特委委员，调回来是审查你们的。”他俩一听就吓坏了，一面急着申诉，一面哭了起来。陈云和蔼地告诉他们，先不要哭，要相信党，事情总会查清楚的。我保证替你们查清这个问题。并安排他们在中央组织部的招待所住下。仅过了两个星期，陈云就去找他们谈话，告诉他们问题已经查清楚了，他们不是托派。这两个人根本想不到这么快就澄清了问题，很感动，他们怀着十分激动的心情重新投入到工作之中去了。几十年后，他们回忆往事时，仍充满深情地说道：“当初，要不是陈云同志亲自审查，问题不会那么快就澄清，要是落到康生手中，这一辈子就完了。”