虽然联军主力已经撤离太原郊外，但是联军和闯军的战斗还没有结束，双方依旧有相当数量的部队在山西中部的苛岚州、定襄县等处州县交锋。
李自成亲提战兵六万渡过黄河以后，经过平阳府，立即直趋太原城下。李自成麾下的白广恩等将领，皆是孙传庭的故人旧将，他们熟悉秦军战术，才一交锋就立即发现敌人之中并无传闻中凶悍坚利的八旗兵。
闯军诸将，包括李过和牛金星在内，当时都因为大同之败和雁门之败的缘故，对八旗军的战斗力心有余悸，都认为清军没有出现在太原城下，显然是潜伏他处，另有图谋。
所以李自成并没有第一时间将主力部队投入太原战场，展开解围作战，而是驻军太原城城南的悬瓮山，立下大营，牵制孙传庭的攻城部队。并派李过率领一支精兵，向北迂回往天门关方向，沿途搜索清军兵马的踪迹。
这就给了孙传庭从容撤出晋中的机会——本来雁门之战以后，闯军留守山西的三万主力，大半覆灭，只有田见秀、姜瓖、任继荣在太原城拼凑出一万守军，形势危殆，根本不可能阻止孙传庭的攻势。
可是雁门之战结束以后，多尔衮立即改变了此前对孙传庭言听计从的态度，先是下令二万清军在太原攻城战时退兵石岭关，消极作战。不久以后，再前方探骑送来李自成已经渡河入晋的消息后，更是直接在没有提前通知孙传庭的情况下，直接退兵返回大同。
这几乎陷孙传庭一支孤军于李自成援军的团团包围之下，当时李来亨也和刘芳亮从固关方向出兵，有侧击孙传庭兵团的态势。如果不是李自成对于“消失的清军”心怀疑虑，没有直接开战，那么毫无疑问，孙传庭这一支三万人的秦军旧部，势必全军覆没。
崇祯十六年三月底，孙传庭利用闯军援兵尚在犹疑的机会，赶在李过切断天门关的退路以前，断然停止攻城，放弃了几乎将要攻克的太原城，立即退兵。
孙传庭命高杰殿后，全军北指，立即退往宁武关和雁门关设防。秦军在孙传庭的整顿之下，虽然纪律比之以前已经好了很多，但毕竟不比清军那样如臂使指、整齐划一，于闯军围堵下的紧急撤退，自然也是险象环生。
只不过李自成始终认为清军潜伏在太原以北的某地，所以不敢轻举妄动，只有李过一支轻兵对孙传庭北撤部队进行了尝试性的拦截。
但是李过兵力有限，只在天门关附近和高杰所部交战一次，闯军骑兵全部下马，以长矛结阵，依山阻击。秦军虽然拥有局部上的兵力优势，又是思归之军，可是因为地形缘故，居然被李过用少数兵力阻截了很长一段时间。
若非高杰的部将李成栋率领数百人穿林过山，在闯军侧翼打出清军旗号，使得李过在犹豫以后，以大局为重，主动放弃拦截，孙传庭整支军队，就差点因此陷入进退失据的地步里。
这之后，直到秦军一直撤回到雁门关和宁武关一线，李自成才慢慢确认了明清联军的撤退并非诱敌，而是确实径直撤回晋北。
闯军内部对于明清联军的突然撤退，也出现了不同的猜测和意见，如牛金星便认为孙传庭和多尔衮（他还认为孙传庭和多尔衮是一路人）突然北撤是由于孙传庭养寇自重的原因，李自成本人则认为明清联军突然撤围，主要应该是恐惧于李自成带来的闯军主力兵团，另一方面也可能是因为山西地形复杂，不利于发挥虏骑的优势。
但对孙传庭来说，秦军能够在大同之战和雁门之战的连续胜利以后，避免在太原城下的失败，在军队士气依旧比较高昂的情况下撤回晋北，已经是他能够预想到的最好情况了。
“英吾，虏军……清兵现在态势如何？”
白沟河联军战败的消息已经传遍了天下，几乎完全抵消了孙传庭两战两捷为明廷带来的回光返照作用。清军现在观望不前，态度暧昧，京畿又异常空虚，崇祯皇帝虽然在不得已的情况之下打开边墙，放皇太极率领清军主力入关，可是明廷内部对于皇太极非常不放心，朝廷屡次往雁门关送来诏书，要调孙传庭回师北京护驾。
孙传庭担心事情再这样发展下去，大明会有不测之祸。他礼貌性地接待了一批本地官绅以后，未做深谈，就又找到高杰询问多尔衮的动向。
高杰虽然是李自成的旧部，是从流寇中投降于朝廷的降将，但他生得十分英武，年纪虽然也不小了，但英挺程度居然不下于刘芳亮，俊采风流，也难怪会和李自成的妻妾纠缠在一起。
高杰是个直言无忌的人，还在闯营里的时候，他就曾好几次直言当时地位仅次于李自成和刘宗敏的大将田见秀是庸才。
等室内的仆人退出去以后，高杰便两手一摊，无奈地说道：
“东虏的九王口口声声说愿意派兵接防宁武和雁门两关，可实际上却处处拖沓，至今只派来数百兵员。”
孙传庭闭目道：“朝廷催促愈来愈严厉，我也担心虏酋到燕下以后，会再生变故，如此必须克期回京。”
“大人于举世昏昏、众口嚣嚣之际，亢直敢战，两战两捷，那些手无寸功的言官辅臣，凭什么来议论咱们秦军？”
“唉！目前国家多难，社稷危如累卵，朝廷无兵可用，不得不借师助剿。可是东师贪得无厌，久居畿辅，必生他变。朝廷调秦师回京，亦是情理之中。”
崇祯十一年、十二年时，也是多尔衮率领清军入塞，共陷北直隶和山东八十余州县，所过之处皆烧杀抢掠，景象极惨，
当时孙传庭奉命截击，数次与多尔衮作战都不能取胜，只能坐视清军满载金银财帛和人口牲畜而去。
他对清军的实力有很深了解，也知道过去幸而有边墙的牵制，以致清军每次都只能在长城上找一个缺口进出。现在崇祯皇帝为了抗衡那个小李贼，不得不门户洞开，使得虏骑直接由山海关等处长驱直入，久居内地，即便剿贼成功，也势将遗留五胡、安史之祸。
“饮鸩止渴！别无他法啊！”
高杰还是有些不安地说：“关宁军在白沟河大败，今后秦军就是剿灭闯贼的唯一中坚力量，也是朝廷剩下的最后一支捍卫京师之旅……一旦有事，倘出意外，天下事有不忍言者。”
孙传庭从高杰的话中听出亡国的殷忧，不免深受震动。虽然高杰是流贼降将，可自从新安之败以后，高杰的兵力就成为孙传庭麾下唯一支柱，二人互相支撑，方有今日二战二捷的中兴希望。
高杰出身于流贼，可他的忧国之心，却让孙传庭深为感动。
“传庭不肖，何能承担国家兴亡的重任？丈夫以报国为主，朝廷需要我们回师拱卫北京，即便有不虞之事，也万死不辞。”
孙传庭想到新安之战秦军战败以后，他和高杰等人一路上逃亡的狼狈惨状，想到一路上无数秦军将士的牺牲，又想到在大同和雁门巧施妙计，击杀贼将张天琳、田虎等人的大捷，心中五味杂陈，长叹道：
“中兴大明，中兴大明啊……”
这时候门外传来一阵嘈杂的脚步声，高杰向孙传庭请示一下后，便将大门打开。高杰的部将李成栋从外面急匆匆快步走了进来，他抱拳道：
“大人！末将刚刚已和刘镇台接洽，晋兵过来接防了。”
皇太极率领大量清军入关，崇祯放心不下，要求孙传庭率领秦军回来拱卫北京。可是这样的话刚刚收复的晋北地区，就又有了被闯军夺回去的可能性。
现在大同总兵刘迁愿意帮助孙传庭防守宁武关和雁门关是再好不过了。大同边军约有二万人，清军也约有二万人，孙传庭还打算在山西留下一万秦军协防——他估计多尔衮即使不愿意进攻，至少在防守上八旗兵应该是不会再那么消极作战的。
这样晋北守军就有五万战兵左右，加上大同、雁门、宁武等要垒，李自成亲提六万大军，田见秀在太原另有一万守军，合计七万人，短时间内是很难突破晋北一线的。
孙传庭终于放心下来，决定尽快率部返回北京，先行安定京师的局面，面见皇帝以后，再考虑下一步的打算。
李成栋接着说：“大人，关宁军的吴镇台、高镇台，还有山东镇刘镇台，都写信过来，他们现在都急着面见督师，犹如久旱之望云霓。”
“哈哈哈！”
孙传庭和高杰相视一笑，看来关宁军在白沟河之战确实是损失惨重。其实崇祯皇帝招孙传庭回京，除了希望他拱卫京师以外，另一方面也是想要让孙传庭像整顿秦军一样，用相同手腕整顿一番关宁军。
经过白沟河之战的惨败后，孙传庭估计关宁军的心气应该也收了不少，现在吴三桂等人主动写信过来，应当也是在做出一个顺服的姿态。
他估计此去北京，整顿关宁军的难度，应该比自己当年去陕西整顿秦军要更容易许多！