南都政权在文臣方面，主要分外了江南和江北两派力量，江南自然是东林党人，江北则以凤阳总督马士英为首，淮抚路振飞身在江北，与江北两位总兵刘良佐、高谦关系很深，但在政治上也和江南的东林党人关系密切。
但在更为关键的武力方面，局势就更为复杂一些了。
首先是江北的刘良佐和高谦两位总兵，自从高谦裹挟史可法逃到南方以后，他就和刘良佐沆瀣一气，成为一丘之貉，在江北屡屡滥招兵马，疯狂扩军，成为了两支人数众多，但实力成色很成问题的军阀势力。
在南都上游，则有此前在九江被大顺军郭君镇部击败的两位总兵黄得功与郑鸿逵。其中黄得功与江北的凤阳总督马士英关系更为密切，郑鸿逵代表的郑家则因为郑森老师钱谦益的关系，与东林关系较近。
再次之的武装力量，就是黄鸣俊、朱大典等人正在编练之中的浙江团练武装。
最后则是北来大臣带来的津辽水师与刘泽清新编的一支军队。
这些兵马分为江北、江南、北来三派，关系错综复杂，各自盘踞地方，使得小小的南都政权迅速变成了一派乌烟瘴气的模样。
在南方最有威信的大臣史可法又受制于高谦，不能整合各派势力，共同推进或支持某一藩王称帝。因此福王或潞王个人内心中，固然都希望自己能够称帝，但因为忌惮于激怒清廷，又担心敌对派系的反对，因此在口头上都坚持尊奉北傀的伪同治帝，根本不敢独自称帝。
各方势力相互制衡，因此才让南方形成了一种奇妙的平衡局面，任谁都不能轻举妄动，也无法做出什么有效的行动来。
但是被顺军放回江南的北来群臣，特别是苏观生带来的津辽水师、刘泽清带来的山东兵马，则作为一股新的力量加入南方党争之中。
当刘泽清、高起潜暗中结盟，准备前往南京搜罗朱明宗室，秘密策划定策大业的时候。掌握南京江面操江兵力的郑氏，便以最快的速度发现了这一变化。
郑芝龙和郑鸿逵过去虽然都曾经是叱咤一方的海盗领袖，可如今郑家元老大多显得暮气深重，只有郑森立即察觉到了此中的危险。他发觉刘泽清从北方带来的那支部队，已有相当兵马利用津辽水师的船只，打着前往江南就食的借口南下时，便断然前往上游的安庆说服郑鸿逵出兵拦截。
但与此同时，本来是奉命“北伐”，煽动河南土寇叛乱的高谦和刘良佐，则找上了马士英。
他们皆以郑氏水师已自安庆南下镇江的消息为理由，力劝马士英率部南下，从南京上游渡过长江，去获取富庶的江南地盘。
刘良佐和高谦作为军阀，都对江南的富饶虎视眈眈。马士英则是因为他作为地方督抚，遭到了江南士人的排挤，因此也有心借重刘高两大军阀势力，实现他独占金陵政权的目的。
于是这三人一拍即合，决定继续利用高谦裹挟的史可法作为名义，利用郑鸿逵东下前往镇江拦截刘泽清的机会，从安庆渡江，直下江南。
但是此时南方另一强力军阀势力黄得功尚拥兵于安庆，虽然黄得功所部在九江之战中遭到了大顺军郭君镇部的沉重打击，实力严重受损。可勇卫营出身的黄得功所部，依旧是南方各支明军部队中最为强力的一支劲旅，刘良佐和高谦所部皆是蚁聚乌合之众，马士英也认为强攻安庆，未必能够得手，一旦时间拖宕，等到郑氏水师回援，则江北军阀就将错失南下的好机会。
于是马士英便为刘良佐和高谦二镇出谋划策，提出了联合黄得功以拥立福王称帝的策略。
这时候由于北来群臣的到来，崇祯皇帝是被清军所弑杀的消息，已经在一时间轰动了大江南北。由潞王监国的南京小朝廷，为了抗拒占领长江上游的大顺军，居然强行压制这一消息，妄图延续此前的远交近攻、联虏平寇的大略，早就引起了南人的强烈不满。
马士英认为南都政权的过失自当由担任监国的潞王负责，而与总督戎政的福王无涉。
那么以拥立福王继承大统为理由，应当是足可以说服黄得功的。只要黄得功愿意加入定策拥立的大军之中，那么三镇联手，又应当是足可以压制江南其他反对势力的。
刘良佐本人并无大略，但高谦久历河南、山东战事，在面对大顺军一次又一次的失败中，总是能够死里逃生，这一点甚至已经超过了左良玉，他也因此“盛有武名”。
惯于投机的高谦，马上就认为马士英的这一策略是乃不世出的良计。于是马士英、刘良佐、高谦三人便在凤阳歃血为盟，又收容了一批因为大顺军强力镇压而从河南出逃凤阳的土寇武装，聚兵三万人，号称十万大军，经庐州南下，直抵安庆府境内的枞阳。
到枞阳以后，马士英亲自前往安庆府城，将刘良佐、高谦意欲拥立福王称帝的消息告知于黄得功。黄得功一时意动，但他认为福王尚在南京，不在三镇手中，一旦福王被江南党人趁乱挟制，那么三镇岂非是做了白工？
马士英于是提出三镇在安庆便打出拥立福王称帝的旗号，大张旗鼓地沿江东下，收取镇定人心的作用。
黄得功尚在犹疑间的时候，刘良佐、高谦二镇已经分别从枞阳和黄石矶方向威胁安庆。黄得功手中的勇卫营固然较江北二镇更为善战，但如果硬打一场，势必会大大减损黄得功手中在家九江之败后本就十分有限的兵力。
经过审时度势以后，黄得功决定率军离开安庆，接受马士英的提议，前往枞阳与刘良佐、高谦会盟。
马士英与三镇联合，立即在枞阳打出了拥立福藩继承大统，“北伐中原、扫清幽燕”的口号。但他们“北伐”的真正目标，当然不在“北”，而是在“南”，这样一支四万余人的杂牌军队，随即便号称二十万大军，沿途纵兵焚掠，大掠池州以后，直扑向南京城。
刘泽清、高起潜这一派妄图拥立远支宗室的力量，此时正在镇江方向准备联合苏观生的津辽水师渡江，郑氏水师则正在进行拦截，尚无人料及三镇大军自南京上游扑来。
但此刻的江南并非完全手无寸铁，浙江巡抚黄鸣俊已经启用了在籍的原任漕督朱大典训练浙勇，在江南一带分驻有大约二万人的浙勇部队。
这支武装虽然尚缺乏骑兵、枪炮，其中骨干兵力又被此前的何刚、许都等人带走许多，但经过这段时间来朱大典的整顿训练，同样具备相当实力。
于是，南都小朝廷的一场大内战，终于到达了彻底爆发的时刻……
无论谁胜谁负，都将意味着在短时间内，南都政权将无力干涉顺清之间的中原决战——不过即便没有发生这场内讧，南都政权的干涉力度，恐怕也会是相当无力的。