此时朝鲜在位的国君，就是推翻了亲清派光海君的李倧。他对明朝更为亲近，可也因此遭致了丁卯胡乱和丙子胡乱两次蹂躏，李倧被迫在崇祯十年向清朝皇帝皇太极行三跪九叩之礼，并接受清朝册封为朝鲜国王，使朝鲜的宗主国从明朝变成清朝。
他反正之初，曾经斥责朝鲜上一任国君光海君忘恩背德，私通后金，并标榜要同明朝“协力讨虏”，但在实际上仍然采取对后金的不刺激政策，倒也相安无事数年。
皇太极成为新任后金汗后，情况发生变化，首先皇太极一向就是后金内部的对朝强硬论者，再加上他继位后内部不稳，又发生饥荒，需要发动一场对朝战争来转移和缓解矛盾。
于是在天启七年正月，皇太极派二贝勒阿敏率军进攻朝鲜，同时成为进攻对象的还有东江镇的毛文龙，这便是“丁卯胡乱”。
因为当时的后金兵无法渡海，所以只攻陷了毛文龙在陆上的据点铁山，对在岛上的毛文龙无可奈何；而对朝鲜则势如破竹，从义州、安州、平壤一直打到黄海道的平山，李倧率仁穆大妃和群臣避难于江华岛，同时命昭显世子分朝于全州。
不过皇太极当时的意图，并不是要占领朝鲜全境，而是急于迫使朝鲜屈服后撤军，所以两国在短暂交战后展开了外交交涉，三月初三在江华岛达成盟约，双方结为兄弟之国，阿敏撤军时又擅自在平壤与朝鲜人质原昌君李玖另立一约，规定朝鲜向后金输岁币。
不久，后金又要求朝鲜开市中江，与之贸易，朝鲜对这些要求无法拒绝，被迫一一答应。
不过，朝鲜与明朝的宗藩关系尚未因此断绝。
朝鲜继续在明朝和后金政权之间保持暧昧，暗中协助明朝在关外的军事行动。
崇祯八年皇太极征服蒙古察哈尔部，以获得传国玺为借口欲称皇帝，朝鲜自然不肯就范。次年二月，皇太极派英俄尔岱等人来朝鲜，借春信、吊祭为名，劝朝鲜请皇太极进帝号，遭到朝鲜方面坚决拒绝。
以此事为导火索，朝鲜国王李倧晓谕朝鲜八道，痛斥后金僭号企图，命令官民做好抵抗后金的准备。
也是在这一年的四月十一日，皇太极即皇帝位于盛京，改国号为大清，朝鲜春信使罗德宪、回答使李廓虽然被强迫参加贺礼，却拒绝三跪九叩，被皇太极遣返回国，清朝与朝鲜的紧张关系骤然升级。
在随后的几个月时间里，朝鲜分化为金尚宪为首的斥和派与崔鸣吉为首的主和派，斥和派占朝鲜士大夫的绝大多数，但朝鲜国王李倧内心偏向主和派，所以在十月向清朝派遣译官送去国书，委婉地向清朝表达恳求和谈之意，却遭到皇太极拒绝，战争遂不可避免。
丙子胡乱的战事，由于由于朝鲜同清朝实力悬殊加上金自点等将帅的无能，清军不费吹灰之力就逼近汉城，十二月十四日，朝鲜国王李倧安排王世子、大君、宫中女眷、大臣家眷等先到江华岛避难，自己稍后出发。
此时清兵先锋已经追到汉城近郊，而到江华岛还需要两天，朝鲜君臣担心途中被清兵俘虏，所以选择就近逃到南汉山城。
这就是李来亨那个世界中，曾被拍过电影的南汉山城之围了。
朝鲜八道的勤王军被皇太极轻易击溃以后，南汉山城守军几次出击，也都惨败而归，从此只能龟缩不出。
清军主力悉数抵达，把南汉山城围得水泄不通。朝鲜君臣绝望之下，只能同清军议和，接受了清朝提出的断绝对明关系、向清朝称臣纳贡的盟约。
李倧本人也在风雪之中，穿着蓝染衣，骑着白马，率世子及50多名随从官员出南汉山城西门，在汉江南岸的三田渡向皇太极行三跪九叩之礼，然后改换穿皇太极所赐的貂裘谢恩。
丙子胡乱后，清军撤军，带走了作为人质的昭显世子、凤林大君与约五十万万朝鲜俘虏回国。力主斥和的洪翼汉、吴达济、尹集三学士也被带到盛京处死。
此后朝鲜不仅向清朝称臣纳贡，还被迫出兵帮助清朝攻打明朝，发兵参与了皮岛、松锦的相关作战。
朝鲜国王李倧在此后尽可能顺从皇太极之意，对耻于向满清称臣的大臣则深恶痛绝。他认为所受之辱都是斥和派造成的，直斥斥和派“误国”，又说：“此辈以国之存亡置之度外，谋占美名，党同伐异，竟使宗国覆没，甚可恶也！”
与之相应的是重用主和派和亲清派，他在丙子胡乱后拜崔鸣吉为领议政，崔鸣吉因私通明朝被清朝抓走后又起用金自点。
但是李倧政权的合法性也在两次胡乱后面临严重危机，由于李倧反正、推翻亲清派光海君政权本身的名义就是亲明排金，因此他向满清屈膝自然使人们倍感失望。
丙子胡乱以后，朝鲜掀起了辞职和隐退的风潮，亲明士人也都对朝鲜王室倍感失望。
另一方面的表现就是自丁卯胡乱后，叛乱阴谋层出不穷，天启七年李仁居起兵江原道、崇祯元年柳孝立等欲立仁城君、崇祯五年柳应泂谋逆、崇祯六年李时说欲立锦原令李倬、崇祯八年李基安谋逆、崇德四年贞明公主及宫人的诅咒事件、崇德八年李挺海叛国事件、昭和元年反正功臣沈器远欲立怀恩君……
可以说是朝鲜王朝历史上谋逆事件最频繁的时期。
朝鲜政权正处在内部的风雨飘摇之中，清军的入关，甚至其挟持崇祯皇帝，在北京擅自拥立明朝新君，都给朝鲜带来了巨大的冲击和震撼。
直到去年徐州会战，李来亨率领大顺军摧枯拉朽般歼灭满清十万劲兵以前，东虏的入关南征都是非常顺利的。
朝鲜国王李倧因此断定东虏必将定鼎中原，朝鲜根本不可能与之抗衡，所以竭力在国内打压、消灭斥和派、抗清派。
结果只是造成了大量对朝鲜王室失望透顶的士人纷纷掀起叛乱，朝鲜本国的政权稳定性和军事力量都衰落到了谷底。
由于地理遥远、消息难通的关系，朝鲜是在天法元年时才知道了清军在关内大败的消息。朝鲜君臣一度还对此不敢置信，认为远方传言的所谓“虏被贼所败，死伤数十万，尽弃燕云”之说，只是妄言。