黄巢就在田令孜的宅地下榻。财富充足的他让手下兵士们见到贫穷者就施与他们。黄巢之众觉得天下已定，从未见过长安之繁华的他们又暴露了自己的本姓，开始四处抢掠女子、财物。最初跟随黄巢起义的那数千山东人经历无数恶战到此，更是骄横无比，杀人满街、到处放火。整个军中弥漫着一股强盗的气氛，都将先前黄巢申明的纪律抛到九霄云外了。法不责众，见大家如此，黄巢想阻止他们也是不可能了。由于黄巢部下多为穷苦之农民，他们尤为憎恨贪官污吏，这回都发了疯似的到处搜查，见官就杀，不论其是否清白。
为发泄部下的愤怒，黄巢索性令人将唐宗室成员在长安的全部杀掉。崔沆与豆卢琢等高官追赶皇帝没跟上，藏在民间，被搜出后也被杀了。广德公主被抓后宁死不屈，说道“我唐室之女，岂可污于贼手！”言毕撞刀锋而死。
十三日，黄巢即皇帝位于含元殿，击战鼓数百代替金石之乐，作为登基之礼。之后登上丹凤楼，颁下赦书，定国号为大齐，改年号为金统。册立其妻曹氏为皇后。任命尚让为太尉兼中书令，赵璋为兼侍中。考虑到民愤平缓的差不多了，自己刚建立新朝廷，极为缺乏官吏。在二十日，黄巢又发布命令，凡是原来唐朝三品以上官员全部停任，四品以下官员保留官位如故。令百官到赵璋府第投递上名衔，准许复其官。将作监郑綦、库部郎中郑系坚守臣节，宁死不愿臣服于黄巢，全家自杀。左金吾大将军张直方虽臣于黄巢，但由于他多收纳亡命，又将很多唐朝公卿藏在家里的暗墙之中，被黄巢发现后也被斩首。
再说唐僖宗一行向骆谷进发时，凤翔节度使郑畋在道路旁拜谒，希望皇帝能留在凤翔。唐僖宗很不高兴：“凤翔离贼这么近，岂不是很危险？我还是先去兴元吧，然后徐徐征兵以图收复。希望爱卿能东抗贼锋，西抚诸蕃，待诸道兵会和后，共同讨贼，建立功勋！”
郑畋在凤翔召集诸将商议出击黄巢，诸将大都说道：“贼势炽热如斯，我们应等待诸道兵集合后，再图收复。”郑畋又惊又怒道：“凤翔东面即为长安，贼不日将至。这么说，你们是要劝我臣服于贼吗？”说完后气昏倒地，面部被砖石所伤。等他醒来后，一直到次日早晨，都说不出话来。这日正好黄巢派使者带着赦免诸军的赦书赶到，监军袁敬柔与众将佐对黄巢使者毕恭毕敬，草写降书宣示于众，代替郑畋署名，对黄巢的赦免表示感谢。监军袁敬柔为黄巢使者举行宴会，音乐响起后，兵卒们都失声痛哭。使者感到很奇怪，节度使府幕客孙储解释说：“由于军府相公郑畋因病不能前来参加宴会，所以大家感到悲痛。”民间百姓闻知后无不流泪者。郑畋听到如此情形后，内心燃起一丝希望说：“我就知道天下人心尚未对大唐王朝完全绝望，逆贼授首指日可待！”于是刺破手指，用血书写表文，派遣亲信走小路带到唐僖宗的行营，以表自己灭贼之决心。他又召集部下将佐，慷慨誓众，向他们晓谕以逆顺之理，以忠义激励部下。言辞慷慨，激动流涕。部下官兵无不感动者，他们都刺血为盟，誓愿以死报国！之后郑畋带领大家将凤翔的城墙壕堑修复完好，兵器军械修复完善，训练士卒，并秘密约请相邻藩镇合兵共讨黄巢，相邻藩镇也都许诺发兵，一齐到凤翔会合。当时朝廷的神策军坐镇于关中的有数万人，听说唐僖宗逃往西蜀后，一时无所归从。郑畋就派人前往各军招抚，神策军士都感义前来，表示愿听从郑畋的调遣。郑畋还将所有公私财产分给诸军，以连结稳固诸军之心，瞬时间军势大振。
唐僖宗车驾到兴元后，下诏令天下所有藩镇出动全部军队共同收复京师。
黄巢派遣使者到河中地区调发兵粮，使者前后达数百人，河中吏民无法负担，苦不堪言。节度使王重荣大怒，召集部众说道：“当初我忍辱负重，屈节臣贼，为的是缓解一时之急，待诸道援兵来到后再攻击贼众。如今黄巢来征调兵粮不断，欲壑难填。怕是等不到援军来我们就要亡于他手。我们不如即刻发兵拒贼，到死也不失忠义之名！”部众都称赞叫好。于是王重荣将黄巢派来的使者全部处死。
黄巢大怒，派遣部将朱温从同州发兵，弟弟黄邺从华州发兵，两军会合共攻河中。王重荣出兵抗拒，大破两支军队，缴获粮食兵仗四十多船。长安失守，义武节度使王处存听闻后号哭数日，誓灭黄巢，不等皇帝诏书下达就带领全军向长安进发，并派出二千人去兴元保卫皇帝车驾。王重荣听闻其忠义，便派遣使者与王处存结盟，王处存就带领军队来到渭北扎营。
西川节度使陈敬瑄听闻皇帝车驾西巡，遣步骑三千来迎，希望皇帝能够到成都避难。因为西川是以成都为治所。陈敬瑄是田令孜的哥哥，田令孜当然本来是陈姓，因自小投到一田姓家中为奴，便改了姓。后来入宫为宦官，成了皇帝的大红人，他一直没有忘记自己的哥哥。在田令孜的帮助下，无甚能耐的陈敬瑄一路高升，做到了西川节度使。这时跟随皇帝的士兵越来越多，兴元的粮储不够充足，田令孜也劝皇帝前往，于是唐僖宗一众向成都前进。
月末，黄巢在长安城大摆宴席，犒赏军民。“我们终于在长安过上了大年！”“从此这天下再不姓李！”“苦日子一去不复返，憧憬未来吧……”其兵众个个无比欢喜。
这些人只顾眼前之乐，以为得了长安便可得天下，个个心满意足。都开始贪图享乐，忘记了那些艰苦奋斗的岁月，安逸懒惰，不思进取。连黄巢也认为天下不日即可平定，他只派兵将去攻击以长安为中心的各处险要重镇，以为以此为核心，传檄天下，各藩镇都将前来归附。
其实他错了，错的还极其严重。天下各藩镇跋扈数十年，都握有重兵，他们剿贼不肯尽力那是顾及自己的利益，平时连唐朝的命令都敢不听的他们，又岂会俯首帖耳的向黄巢这个暴发户称臣？