888年初，秦宗权派大将石璠带领万馀人攻击宣武军之陈州、亳州，朱全忠遣朱珍、葛从周将数千骑应敌，葛从周奔阵生擒石璠，大败蔡军。唐僖宗见朱全忠屡胜，便以全忠为蔡州四面行营都统，代替时溥，讨蔡之诸镇兵皆受朱全忠节度。徐州时溥怏怏不乐，不听其号令。在兵力大增后，朱全忠猛攻秦宗权，大败秦宗权于蔡州之南，分诸将立二十八寨以包围蔡州。这日，朱全忠亲自到前沿督诸将攻城。在蔡州南城即将攻克时，朱全忠腋下忽中一流矢，流血渗衣。吓得朱全忠出了一身冷汗，心说道“太险了。幸好没中要害！”左右之人赶忙围了过来，朱全忠诫嘱他们道“万勿泄露此事，城池垂克，不可影响士气。”不久蔡州南城就被攻下，朱全忠越想越是后怕，看着秦宗权已不足为忧，便留兵围城，自己向汴州返回，从此他再不敢亲临阵前。
到汴州后，朱全忠得到唐昭宗之召书，要其护送刘瓒到楚州就任刺史。朱全忠与朱珍商议道“此番往楚州，又要经过时溥之地，我想他必会再次出兵阻拦。我给你五千兵力先行，另派李唐宾领兵一万余为后继。若遇到时溥军队，万勿与之交锋，立即撤退，待李唐宾到来后与其合兵再攻击。时溥前番不听帝诏，这回若再出兵阻截，我们便是师出有名，可趁机将其灭掉……”
朱珍带领兵将护卫刘瓒前去赴任，果真遇到了时溥所派李师悦带领的截击部队，朱珍依计而行，与李唐宾将其大败，朱珍阵斩李师悦，之后乘胜又攻下了沛县、滕县，斩杀擒获一万余人。时溥得知后亲自将步骑七万屯在吴康镇，准备来夺。朱全忠就派庞师古领兵数万前往，与朱珍合兵一处，在吴康镇一战大败时溥。朱全忠还另外派兵攻克了宿州。时溥的势力被大大削弱。
已近岁末，秦宗权被围困数月，势力日蹙，上下离心，人人都欲出降。终于，其将领郭璠发动兵变，将秦宗权折断膝骨，送给朱全忠，并领兵出降。889年二月，朱全忠将秦宗权送至京师，在独柳斩首。唐昭宗大为高兴，加朱全忠兼中书令，并进爵东平郡王。全忠既克蔡州后，军势更盛，志骄气满，竟想兼任盐铁转运使。他派人向皇帝道出此意后，众臣都畏其声威，无一敢拒绝者。唐昭宗也因其功大欲要答应。唯独宰相孔纬认为不可，他私下与唐昭宗说道“盐铁乃天下之大利，国需之根本。若舍此与之，朱公将独占大利，他日若反，我们无粮养兵，朝廷危矣。”唐昭宗这才没有应允，孔纬还声色并厉的向朱全忠使者说道"若朱公必要此职，非兴兵不可！"在使者回复给朱全忠后，朱全忠略加收敛，也放弃了这个念头。
再说朱全忠派朱珍对阵时溥，时溥屡败。因与天平镇地势相接，时溥便与朱氏两兄弟结为联盟，又知河东是其死对头，便向李克用求救。李克用这时正有战事，难以抽出兵力，但亦不愿坐视不管，便派其将石君和带五百骑兵前往。
时溥以石君和骑兵为先锋出战，朱珍小有不利，退入营中。考虑到作战不利，朱全忠可能会亲自到来，朱珍令诸军严明纪律并清理马棚、修整军械装备以迎接其到来。唯有李唐宾的裨将严郊怠慢无礼，受到了军候范权的严厉斥责，并被派人严密监察。李唐宾是朱珍之副，二人骁勇不相上下，两人统军屡建大功，日久生隙。李唐宾素来不甘居朱珍之下，因此遭到了朱珍的嫉恨。这时李唐宾见其下属受到如此之待遇，认为是朱珍故意找茬，带着一脸怒气来找朱珍诉说此事，言辞激烈。朱珍大怒：“唐宾胆敢对主帅无礼！”令左右之人将其擒下，立即斩杀。
朱全忠听闻后，心中大惊。朱珍擅杀大将，罪不可赦。可若治他的罪，战事方殷，岂非自折股肱？他召敬翔与之商议，敬翔说道：“必须杀。如今这时代，将骄便难驾驭，公不见屡有节度使被其副将所杀继而取代吗？公是有大志之人，为大事者必先正刑令！绝不可姑息一将，杀了朱珍正好以儆效尤，杜绝以下犯上之心。”朱全忠问道“那之后，当以谁为将？”敬翔道“庞师古、葛从周俱是有勇有谋之将，朱珍每战前也必与他俩商议策略，是以多立功勋。此两人俱有统驭之才！”敬翔所推举之人正和朱全忠心意。因为当年攻蔡州时，有次战役，朱全忠临阵马踣，蔡州兵众来追甚急，葛从周扶朱全忠上马，奋命以卫，拼死与敌格斗，才使朱全忠先脱离危难。然而葛从周身中数枪数箭，面部被斫一刀，身受重伤，为众所围，所幸救援来到来才免于一死。从此葛从周面上留下了道很深的伤疤。“刀疤葛”的绰号也在军中暗暗传开。
敬翔又接着说道“不过，我还有一个更合适的人选！”朱全忠疑惑道“是谁，快说！”“正是公之长子朱友裕。友裕武力绝伦，少年时便从公征战黄巢。攻华州时，有一敌将登城墙大骂，诸将弯弓而射，无一中者。友裕一箭使其坠落，三军大喜，称赞声震荡山谷。更何况令子生性宽厚，颇得士心。以之为将，必能服众！”朱全忠点了点头。
于是朱全忠令武士拿住朱珍，责其专杀之罪，要将其斩首示众。朱珍之将丁会久从朱珍战，听说后大惊，赶忙带十余名裨将来劝“朱珍屡立大功，还请明公三思啊！况且目前战事正紧，临阵斩将乃兵家大忌啊！”朱全忠丝毫不听，丁会一众仍然跪求不已。朱全忠恼了“老子要杀便杀，谁敢再阻拦，连他一起杀了”拿板凳砸向丁会，诸将这才退下。
890年四月，时溥出兵攻击朱全忠故乡——砀山，朱全忠令其长子朱友裕带兵攻击，斩杀三千馀人，石君和因重伤被俘于阵。这时唐昭宗下了讨伐河东之诏书，朱全忠遣使者请粮并借道于魏博藩镇以伐河东，魏博节度使罗弘信不答应。朱全忠又请于镇州，镇州节度使王镕方与李克用修好，亦不答应。朱全忠大怒，虽说时溥还没解决，仍决定攻打魏博。十二月他令大将丁会、葛从周渡过黄河，攻取黎阳、临河，庞师古、霍存攻下淇门、卫县，朱全忠亲自以大军为后继。
891年正月，罗弘信在内黄驻军。朱全忠麾军前攻，五战皆捷，直打到永定桥，斩首万馀级。罗弘信这时害怕了，派出使者带着丰厚的财物去请和，表明愿从此附于朱全忠，唯其命是听。以后若有战事，出兵出粮，一切都听从调遣。朱全忠这才接受了其和，还军河上。