段祺瑞辞职的消息在北洋政府内部引起了一阵骚动，尤其是段祺瑞的一些门生以及属于皖系的追随附庸者，包括徐树铮、傅良佐、倪嗣冲等等这些人，对这突如其来的变故都感到十分吃惊。即便之前袁世凯与段祺瑞之间的重重矛盾，多多少少是预示了一些先兆，可任谁都没有料到二人的决裂会这么快。
在北京的傅良佐闻讯之后，禁不住对旁人发出感叹道：“大总统登基称帝始终是一个坎儿，就算段总长会闹情绪，理应大总统也会再三劝留才是，却没想到终归还是人走茶凉。”
有人自然是预料到段祺瑞会坚决反对袁世凯称帝，但同时也预料到袁世凯一定不会在称帝这段时间来对段祺瑞采取行动。毕竟要确保帝制万无一失，舆论和声势肯定还是要做到位。再者去年才发生了袁肃辞去陆军部次长一职的事例，如今国内反袁反帝制的声势又处于水涨船高的地步，最是需要做好表面功夫的时候，大总统自然不应该草率形事。
对于众皖系将领们而言，在中央失去了一个主心骨，又要应付袁世凯称帝所带来的压力，实在不是一件痛快的事情。
可即便如此，段祺瑞辞呈已经递交了，本人也十分果决的开始收拾行李准备离京，甚至这段时刻因为闹情绪，任何人前来拜访都被拒之门外。那些门生和皖系的政客们纷纷叹息不已，哪怕是想为这位老长官送行都不行。
也正是因为这件事，给原本就暗流涌动的京城私底下更添了几分晃动。
不少北洋政府内部的老官僚们都禁不住猜疑起来，之前的袁肃辞职可以不当一回事，反正是袁世凯不信任自己的侄子，那是袁世凯性格上的问题。可如今连北洋最重要的元老段祺瑞都悍然辞职，带着极其浓厚的情绪色彩与袁世凯决裂，这难道还不能说明一个问题吗？
更何况如今并非只有段祺瑞一人因为反对帝制一事而选择推出政坛，其中还有徐世昌、冯国璋等人。徐世昌早先察觉到风声不对之后，便委婉的主动提出告老还乡，冯国璋虽然没有像段祺瑞、徐世昌这样，但也是选择了远离北京，坐镇地方，摆出一副对京城之事不关心的姿态来。由此可见，其实北洋内部不少人对帝制还是抱有谨慎态度。
这使得一些之前一直盲从拥戴帝制的人们禁不住开始反思，连那些老资历、掌实权的人都对帝制如此担心，自己是不是同样应该多一个心眼呢？
诸如此类的想法并非空穴来风，随着袁世凯宣布全国公投开始，国内原本是一片热烈支持的声势，转眼间就迸发出一股反对的浪潮，这自然让许多拥戴帝制的政治活动家们感到意外。之所以拥戴帝制，无非是人云亦云，认为是国内大势所趋。再者早先的时候南方革命阵营反对的声势极其微弱，几乎可以到了让人忽略不计的地步。可沉寂许久之后的突然爆发，多多少少制造出让人大感意外的错愕。
段祺瑞的辞职在这个时候只是一个导火索的作用，将北洋内部众多官僚心中所潜伏的担忧一下子勾了出来。
而随着这些官僚迸发出来的担忧，很快又引起了北洋各派系军阀的蠢蠢欲动。
一直以来都有几个遭到袁世凯“打压”或者“控制”的军阀，都在寻找机会打破目前的僵局，建立全新的北洋秩序。之前这些人仅仅只是私底下的抱怨或者盘算，本也曾计划趁着南方革命阵营发起反帝制反袁的军事行动之际，来一次“临阵倒戈”来胁迫袁世凯就范。只可惜南方革命阵营的那些人实在不争气，前前后后折腾了这么久也才只有一点动静罢了。
现如今总算看到了新的计划，那就是北洋集团内部的许多官僚因为段祺瑞离职一事萌发出猜忌和人人自危，哪怕这仅仅只是少数人的小规模情绪，可也是一个难得的契机。人云亦云，一传十十传百，只要有人从中故意作祟，这种情绪很快就会愈演愈烈。
到了九月三十日，新华门总统府再次就帝制的进程召开发布会，宣布登基大典筹备处正式成立，筹备办公室就设置在距离总统府不远的中央公园。袁世凯委任孙毓筠为筹备处主席，朱启玲为总筹办长。当天下午，登基筹办处在中央公园召开成立大会，到会者有周自齐、梁士诒、杨度及政事堂各局长等两百余人，一番繁琐的流程下来，筹备处各部门人事安排皆落实到位，而实际安排的办事员人数已经超过了四百余人。
在随后的一个月时间里，筹备处大张旗鼓为袁世凯登基典礼忙碌，由于事关“旷代盛典”，该处经费充足，办公房屋之华丽，饮食之讲究，虽最阔绰之交通部，也无法比拟。而这种阔张近乎浪费的筹办方式，很快便引起了许多质疑的声音。
于是袁世凯立刻指示部院，要求：“务以简撙节为主”，“用副归真返朴，轸念民生之至意”。但整个登基大典预算还是超过了五百余万元，其中祭典费二十六万元，修理大殿工程费一百零五万，调度费一百一十七万，飨宴费更是高达二十万，各项接待费超过五十万，犒赏费将近七十余万，大礼关系费一百六十六万万。
在这五百余万元的预算之中，许多费用基本上都是落入筹备处的亲属办事员口袋中。筹安会主席杨度以及孙毓筠、梁士诒等人都连续向袁世凯呈交清算建议书，本来筹备处额定的办事员最多不超过三百人，如今足足多出了一百多个闲杂人等。更让人感到怀疑的是，这一百多个闲杂人等要么是某部长的弟弟，要么是总统府亲属，又或者是某督军推荐的人。
所有办事员在原有部职薪资的基础上，都还有筹备处的额外津贴。而那些多余出来的办事员，所享受的津贴却比其他办事员原有薪资加津贴还要多。
在这份《清算建议书》中，杨度、梁士诒等三人还算是保留了几分情面，没有把话说的太直接、太明显，一方面自然是害怕得罪这些大员，另外一方面也是希望不让此次筹备活动弄得内外不堪。所以仅仅只提及了关于津贴这一部分。
而事实上，此次筹备登基典礼的预算之中，许多公款是被任意挪用又或者是罗列出七七八八虚假的账目。这才是预算费过高的真正原因，反而在《清算建议书》中只字未提。
尽管袁世凯现如今沉浸在即将登上皇帝宝座的喜悦之中，但是在看过这篇《清算建议书》之后，并非因为一时喜悦冲昏头脑从而没能看透其中真正的利害。中国目前一年能真正入库的国家税务都没有五百万之多，却仅仅因为一个典礼仪式竟然要花费五百万，实在是让人匪夷所思，这其中的奢阔、浪费、黑幕肯定多不胜数。
只是袁世凯最终依然没有严肃进行整顿，除了要保证典礼顺利进行和让一众拥戴帝制的官属尝一尝甜头之外，更重要的一点还是不希望把事情闹大。一旦外界大肆追踪报道这件事，好端端的典礼喜事，到头来却变成了一次重大的腐败事件，后果不言而喻。到了十月中旬，政事堂礼制馆早已将皇帝登基、臣下朝贺、祭天、祀孔、临朝仪仗等制度拟好。许多礼制全部是参考周朝和秦汉时期，不过再经过众参议官和顾问的建议之后，袁世凯还是加补一道申令免除臣下觐见时跪拜礼。又过了几天之后，袁世凯下令改总统府为新华宫。同时发行纪念金币，金币正面以他身着海陆军大元帅服的头像作图案，并有“中华帝国”、“洪宪纪元”八字。还派人赴景德镇烧“洪宪”瓷器。此外，册封皇后和嫔妃，立皇储以及选拔女官等皇家事务，都在进行，计日程功，只待择吉日加冕登基了。