随着季节的更替，天气越来越炎热。
而湖北的战事仍然打得不可开交，襄阳、孝感、武昌三地爆发着持续性的大规模作战。随着近卫军每天都在增加的进攻强度，双方所造成的伤亡情况也与日俱增。到了六月中旬时，湖北的战争稍微有所减弱，而其根本原因并非是双方作战消耗太大，反而是因为天气过于炎热，导致战场上许多无法收殓的尸体变质，引发了一场区域性的瘟疫。
瘟疫的疫情在多个地方都有发生，而其中最严重的莫过于孝感。
孝感坚固的防线使得近卫军每前进一寸都要付出极大的代价。同样是因为阵地战的缘故，那些被遗落在两军对阵冲锋地区的尸体，往往没办法带回来。后续也没有人敢上前去收拾、清理，即便是蒋百里曾经三次发电报到孝感，希望曹锟方面的守军能够达成共识，双方一起派出清理部队去处理这些发臭的尸体。
但是曹锟方面一而再再而三的拒绝，甚至还放出狂言表示只要近卫军敢离开掩体，不管是做什么，他们都会立刻开火阻击。
也因此，孝感战场上的环境越来越恶劣，无论是近卫军还是孝感防线上的敌军，接二连三的都发生了中毒的情况，而且数量可以说每天是呈几何数的翻倍。夏季风向变幻无穷，再加上时不时还有大雨发生，瘟疫随着风和雨水到处渗透。就连那些自以为是的躲在混凝土阵地后面敌军，也很快就尝到了苦头。
蒋百里连续召开了三次参谋会议，讨论如何应对目前正在越来越糟糕的卫生问题。
瘟疫的传染性极强，而士兵们又大多十分密集的聚集，别说隔离起来很困难，一旦有一个人发生病情，也就预示着与其接近的其他人十之八九同样染上了疫病。这个年代的卫生医疗情况都十分落后，哪怕近卫军有相对很完善的军医系统，也有专门用来应对战场瘟疫的准备措施，可偏偏在战争最紧张的时候发生这样的事情，实在是打乱了许多进攻的计划。
不仅如此，由于之前一个月的时间里，近卫军为了扩大战场规模和制造更多的火力压力，接连发动了许多次大规模的冲锋作战。这样的作战目的就是在用士兵的性命来换取进攻的优势，尽管一度去得了一定的进展，成功在敌军阵地前面百米之内完成了对阵堑壕的修筑，也有少去侧翼阵地成功攻陷。但造成的伤亡情况实在太过繁重，兵力数量情况几乎都有了劣势于防守军队的趋势。
所以后勤方面集中了全部的资源，从北方开始大批调动新兵填补前线。
这部分新兵首先是来自直隶省，毕竟直隶省的预备役制度是全中国最完善的，同时袁肃之前几年也大力扶持了这一系列的工作，训练民兵、培养思想。近卫军其他几个师要大换血，当然要从这些嫡系地盘上来进行调配。
北方衔接南方的交通资源，几乎全部被征召新兵占用。导致后勤军医系统的资源十分匮乏，没能在第一时间内有效的控制瘟疫在军中蔓延。等到前线情况越来越恶劣了，这会儿仓促的调配医疗资源多少有一些迟了。
无奈之下，蒋百里只能采取一些很悲观的应对方式，所有重症奄奄一息的士兵全部清理，还有意识以及有一定行动力的士兵，则在留下遗书并且确认抚恤金之后，立刻编成敢死队。携带炸药和手榴弹，集中在晚上的时候向敌军阵地发起突袭。
这种办法虽然是治标不治本，但在一定程度上确实遏制了瘟疫的发展。同时也最后发挥了这些士兵的余热。当这些敢死队冲进敌人阵地引爆炸药后，制造出来的破坏力自然不容小视。即便是没能造成破坏，但他们的尸体也给敌人的战壕造成了很大的麻烦。
瘟疫的爆发使得孝感战争大幅度降温，前线指挥司令部甚至都已经开始为后撤做准备。
不过瘟疫并非单单只影响了近卫军，对于孝感防线的敌军们来说同样不好。尽管瘟疫一开始蔓延的方向是向近卫军阵地，但是敌军一方面没有完善的军医系统，另外一方面也没有任何预案和充足的遏制瘟疫的常识。因此，从一开始只是小规模染病的情况，随着几天天气暴热，很快就发展到无法控制的地步。
再加上混凝土的防御工事有很大的密封性，一旦遭到瘟疫的侵袭，所引发的影响那是一连串。前后不到半个月的时间，孝感防线的情况瞬间要比近卫军这边更加恶劣。
到了六月下旬，近卫军通过不遗余力的增加医疗和投入遏制疫情的各方面资金。包括采购相关药材，在附近城镇聘请许多医生调配成药送上前线，甚至还从北方高薪邀请西医赶到河南，组织相关的医学研讨和执行救治方案。总算勉强控制了疫情。
但是控制了疫情不代表彻底消灭疫情，这其中还是需要一个漫长过度的时间。
不仅如此，随着战争还在继续打下去，并且天气也越来越炎热，瘟疫的情况是扑灭了一段又冒出了一段。经过近卫军总司令部的专门统计，与各方面医疗机构的研究讨论，目前瘟疫的情况最少还会持续三个月时间，而在这三个月的时间里，必须付出极大的资金来维持对疫情的控制。按照当下的情况，每天开销最少都要五万元。当然这个开销会随着瘟疫的情况好转逐步降低，可终归不是一个小数目。
有着强大经济和后勤资源的近卫军尚且如此，孝感防线的敌军以及后方汉口的北洋军事改革委员们，对他们来说显然要更加沉重。尤其是前线的军官缺乏遏制瘟疫的意识，导致瘟疫的情况愈发严重，他们所付出的代价绝对不会比近卫军好到哪里去。
在采取遏制瘟疫措施的这段时间，孝感的战事并非完全停止，只是相对于之前那种大规模冲锋的进攻方案是被搁置了。至于近卫军的炮兵部队依然不遗余力的在向孝感防线放弃炮击，结合瘟疫的情况，使得敌军遭到了不少的压力。
终于在六月底的这天，之前一直埋伏在孝感防线侧翼的两个团，趁着孝感正面防线从侧翼抽调兵力填补的空荡，见缝插针般发动了一次关键性的突袭。成功突破了孝感侧翼防线的超过五百米的阵地，全歼了在这里驻守的一个团的敌军。
不仅如此，近卫军利用突破侧翼防线的契机，一鼓作气沿着敌军堑壕的交通道继续挺进，甚至把战线推进到了孝感防线的腹部地区。这一局彻底让防守的敌军乱了套，所谓坚固到如此地步的防线居然也有被突破的时候，并且还是一经突破就到了一发不可收拾的地步。
坐镇指挥孝感的熊秉琦完全手足无措，一方面要为瘟疫的情况担忧，另外一方面还要担心近卫军占领并且切断了东北方向好几处后勤交通。北洋军事改革委员会名气虽然大，可毕竟后力不足，没有那么庞大的经济支持也没有那么多预备兵力。之前因为强行征兵导致民乱四起，革命党人还趁机大肆煽动老百姓起义。以至于后方的补充兵断断续续，时有时无，而前线瘟疫所造成的伤亡是持续不断。
在他看来，孝感防线熬到今时今日真正算是到了一个头。眼下前线兵力不足，后方支援不足，又有关键阵地的交通被突破截断，场面依然失去了控制。
坚持到当天下午，熊秉琦完全失去了继续作战的信心。但是也不能因此而贸然放弃防线，毕竟前线还有好几万的士兵在作战，近卫军又贴的那么紧，一旦下令撤退，必然会演变成为一败涂地、一溃千里的局面。到那个时候真正是追悔莫及。
无奈之下，他只好想了一个办法，借口要亲自到汉口讨要后援和补充，把司令部交给了副司令来指挥，自己连夜便先返回到汉口去。临行之前，他还专门发了一封电报，痛陈前线缺乏兵力和物资，以及瘟疫肆虐所导致人心惶惶，又埋怨后方迟迟没有援军和救治资源，自己必须亲自到汉口向曹主席当面陈情。
这份电文马上就把他的角色翻转了一圈，由被动变成了主动。
近卫军在孝感这边鏖战了两个月的时间，阵亡了超过七千名士兵，受伤了近三万人。对孝感防线的顽固早有心伤，如今好不容易突破了阵地并且占据了足够向后突进的交通要道，各路部队当然信心大作。蒋百里马上下令正面采取牵制火力，并且连续抽调了两个团和司令部直属警卫团，火速赶往三汉镇，由此处沿着打开的缺口继续发动挺进进攻。争取在两天之内彻底击垮孝感防线的东部阵地。
针对孝感防线侧翼阵地的突破作战四个团采取了轮流进攻的策略，几乎是无缝隙的保持持续进攻。本来守军士气已经受到了极大的创伤，随着阵地被打开缺口之后，更是士气大跌。再加上守军当中的许多补充兵是没有接受训练的强征兵，这些人本来就很痛恨北洋军，并且也没有任何心思来当炮灰，所以随着东部战事的扩大，马上就出现了逃兵。
哪怕在逃跑的过程中遇到了一些军官喝止，但在军官还没拔出枪来制止逃兵之前，这些逃兵已经怒火无法压制的先出手，用刺刀和枪托把这些阻止的人直接打死。
东部作战连续打了三天三夜，总算在黎明之前完成了上面的作战任务。
而随着孝感防线东部侧翼阵地的彻底陷落，整个孝感防线的腹背暴露无遗。
无论是正面阵地还是西部阵地、南部阵地，一下子就等同于被剥脱了堑壕防御力，只能面对面与近卫军进行接战。不仅如此，还得面临近卫军的双重夹击。许多守军担心再这么下去，整个阵地会被近卫军切成两段，到时候就彻底陷入了包围，连逃跑的机会都没有。
几个前线的团部又没办法联络到司令部，即便联络到司令部，最高指挥官熊秉琦人都不在了，副司令也早就找借口离开。根本没有人下达合理的命令。于是军心彻底混乱，逃跑的情况不再像之前几天那样，只是小股小股的逃跑，这会儿竟是一个连、一个营的逃。
至于那些逃跑不了的士兵，索性就直接选择投降。反正只要能活命就好。
到了七月七日，孝感阵地彻底失手。
蒋百里利用手头上一万五x不到的可用兵力，歼灭孝感防线敌军四千余人，俘虏敌军超过两万人。在付出了极其惨重的代价之后，总算攻克了这个重大的难关。而这个时候，第五师、第一兵团也算是元气大伤，再加上孝感作战的善后工作繁重，没办法立刻向汉口进发。只能先在孝感停驻下来进行整顿。
不过孝感的突破，给整个近卫军都带来了极大的士气。这表示接下来进攻汉口已经不再遥远，所谓的北洋军事改革委员会的闹剧也该告一段落。这场北洋内部的矛盾总算到头。