中枢是决策部门，决议都是由皇帝和内阁来制定，然后就是具体的执行部门，也就是传统的部委了。
刘明远在中枢里面设置了礼部、吏部、农林部、工商部、运输部、财务部、刑部、外事部等八部。
礼部负责礼乐仪仗，同时还管辖学校、诋报、宣传、宗教、祭祀、天文历法等事务，也就是后世的文化部和教育部的结合。
吏部负责官员的管理和考核、升迁，刘明远也制定了一套对官员的详细管理，全部都是由史部来执行，于是史部的主要职责就是管理官员，考核他们。
农林部是刘明远非常重视的一个部，负责管理治下的全部耕地和森林，江湖湖泊、矿产等资源，这是一个国家兴盛的基础，同时随着刘明远大力开垦两亿亩耕地的计划，加上大力开发各种矿场，于是农林部的地位大大提高。
工商部就是负责管理治下的工业和商业，怀远军治下由行省出钱建设的工厂，开发的矿产，造船厂，以及民间商业行为，工匠的管理，等等全部都是工商部来负责。
运输部也是一个非常重要的部门，主要的任务就是负责道路桥梁、运河的建设，同时负责建立国家的运输驿站和水上运输体系，管理驿站，码头，马车、船只等。
财务部是管理全国赋税的地方，被刘明远单独拿了出来，只负责赋税的管理，全部征收钱粮的存储管理等。
刑部在刘明远心中就是后世的公安部，负责维持地方稳定，处理治安案件，抓捕犯罪分子、审问取证等，这也是一个非常重要的部门。
外事部相对简单一些，就是负责对外联络的，此时外事部的事情还非常少，但是刘明远知道未来随着他们走出去，外事部的事情和作用也将大大提升。
这样的改革下来，本来在历朝历代地位最高的礼部，此时竟然变的无关紧要了，礼部最重要的一个赋税被独立出来了，这让之前一直地位不高，但是非常重要的赋税被摆到了非常高的位置上，而且专门成立了一个部门来管理，任何人也别想插手里面了。
同时刘明远的改革还没有完成，随后刘明远就成立了独立在中枢和枢密院之外的监察院和法院。
这两个独立机构的建立，让刘明远身边的人顿时大为惊讶，监察院也就是之前的御史台，是一个检查部门，此时就是改了一个名字，众人还能接受。
但是法院就让很多人无法理解了，同时众人也知道，之前刘明远设置的刑部已经变了味，只是维持治安，抓捕罪犯，取证的部门，但是没有了审判的权利，此时成立法院，就是为了弥补这样的空位。
此时，众人已经再明白不过了，现在他们知道了，刘明远这是要将司法权也从地方行政中分离出来。
想明白之后，众人不免一阵震撼，他们从来没有想到这样的制度，此时如果地方官员的司法审判权利也被收走了，那么这些官员还有什么权利。
刘明远之前已经明确地将文武分离开了，此时又将司法权独立出来，地方的权利被大大削弱，只剩下一些简单的行政之权。
但是众人也清楚，这样的制度直接斩断了地方权利过大的局面，暴元施行行省制度，行政权利巨大，集合了军事，司法，行政三权于一身，甚至人事权利也可以插手。
此时看到刘明远设计的制度，众人不免一阵感叹，他们知道此时已经没有任何一个人可以一手遮天了。
之前的宰相可以做到一人之下，万人之上，一手遮天，但是此时就是首席大学士李善长，也无法做到，首先军队大权牢牢地控制在枢密院和皇帝手中，文臣根本无法进入。
然后就是独立的监察院和法院，这两个一个是监察百官，一个是司法大权，也和中枢独立出来了，中枢重臣中任何人也无法插手进入了，所以历朝历代中枢的权利在刘明远手中被彻底拆分了。
此时不仅是中枢，众人都清楚，眼下地方也是如此，军事、行政、司法三权分立，同时加上监察院，地方的一把手官员手中的权利大大被削弱，甚至可以说什么权利都没有，只有民政权。
刘明远改革的基本原则就是将军事、行政、司法、监察全部分离出来，各自独立，这样就可以避免一人做大，也可以减少腐败的发生。
虽然再好的制度都会有腐败，但是司法和监察的独立，让腐败发生的可能性降低，刘明远准备完善监督制度，杜绝官员的腐败。
军事现在也从行政中分离出来了，从中枢到地方，官员根本无法插手军事，这是维持刘明远权利的方法，也是后世通用的做法，刘明远早早就分离出来了。
如果说腐败还可以慢慢治理，但是军权就绝对不能含糊了，刘明远对军队的管理和改革，都是围绕着怀远军效忠自己，完全控制在自己手中的原则执行的，同时军队的改革也是最先进行的，优先于一切。
刘明远在金陵城建立了中央法院，设置最高法院院长，同时开始在地方建立法院，最基层的法院为县一级，开始渐渐地将行政和地方权利分开。
同时在金陵城建立中央监察院，也是设置监察院院长，在地方也推行监察院的建设，最基层的监察院在县一级。
同时刘明远也开始立法确定各个部门和机构的权利，这也是保证制度执行，不越权的保障。
尤其是法院和监察院这两个部门，刘明远很快就制定了一套全新的法令，明确了各部门和机构权利，任何人不得逾越。
暴元也有御史台，在行省也设置御史大夫，但是因为权利规范不明确，于是最后演变成御史大夫甚至成为地方行政的一把手，任何政令都要得到御史们的同意才可以，监察过度，直接干预了地方行政，所以刘明远明确规定了监察院的权利。
监察院就是检查百官的作风和清廉情况，检查官员和他们家人的收入，不得干预官员施政，施政的好坏由吏部考核，和监察院没有关系。
法院的权利也被限制了，他们只是进行公正的司法审判，通过刑部提供的证据进行判断定罪，也不得干预刑部的查案。
刘明远也开始落实责任制度，那就是任何施政和决策都要对应文件和署名，落实追究制度，对官员的权利进行明确规定，并且官员也要承担相应的责任，对官员管理非常明确。
同时刘明远还制定了制度办事，废除个人主义的习惯，其中最重要的一个就是百姓伸冤，这也是一切司法问题的核心，百姓的冤屈能不能得到伸张，尤其是遇到恶霸或者官员作恶这种行为，百姓该该怎么办。
其实这也是刘明远建立这一套司法最终的目的，刘明远明确规定了百姓伸冤直接向刑部的各级机构报案，刑部开始立案侦查，如果是一些官员作恶，如果百姓畏惧刑部可能和官员是一起的，那么直接可以通过书信的方式给监察院。
刘明远知道，制定再多的制度，其实都是为了保证百姓的利益，同时他也清楚，让民智开化才是最重要的，如果每个百姓都知道捍卫自己的权利，而不是敬畏官员，愚昧无知，那时社会才会得到进步，腐败和官威就可以得到遏制。
所以刘明远知道，教化百姓才是最重要的，但是绝对不是历朝历代那种愚昧百姓，而是开化民智，让社会进步，这样才可以让国家强盛。
随着中枢的改革，刘明远也制定了大量的法令，《治吏法》、《行政法》、《刑法》、《民法》、《商法》、《税法》、《人权法》。
其中《治吏法》是对于官吏管理的一部法令，之前已经有这方面的管理制度了，此时刘明远经过整合之后，制定成为法律，正式签署。
《行政法》是对治下各级官员和机构的权利进行明确的划分和规范，也是保证不越权行事，也避免出现责任不清的事情，更好地规范政府行政的法律。
《刑法》和《民法》是对之前《新法》的拆分，将其中的刑事案件和民事案件分离开来，杀人放火这类的规定到《刑法》里面，民间事情，百姓杂事，这些规定在《民法》里面，也是为了清晰判断。
《商法》和《税法》都是以前也有的，在原有的基础上进行了修订之后，然后开始编制成法律。
最新颖的当属《人权法》了，这也是刘明远的一个创新，就是保证公民的权利，其中尤其是人身自由权，这也是废除奴隶制的一部法律，同时也规定了公民享有的权利和应尽的义务，最重要的人身自由权和财产保护等。
刘明远制定《人权法》就是为了提升百姓的认识和权利，开化民治，让社会进步，以免一些官员或者是权贵们一手遮天。
同时为了保证法律的执行，刘明远在金陵学院开设了法学科，普及法律。