果然，锦衣卫镇抚司奉圣上旨意，又受严氏父子嘱托，开始审讯吴时来。吴时来是个文人，也很硬气。“谁人指使？没有人啊。”“你们想想，此前弹劾严嵩，哪个有好果子吃？我料定我必死无疑，就是拙荆也不敢告知，怎会受人指使？”连续拷问几天，吴时来翻来覆去，就是这两句话。
镇抚司官员见问不出名堂，便严刑拷打，几天受刑下来，吴时来身体不支，便说：“愿招。”那审理的官员大喜，换了一张笑脸：“只消招出指使人，保管阁下安然无事。”吴时来一本正经说：“太祖皇帝设置言官，就是让言官弹劾，规定期间毫无弹劾举动，便有刑罚侍候。我弹劾严嵩是太祖皇帝神灵的指使。”吴时来自然又遭一顿暴打。
这样反复拷打，吴时来不断“愿招”，而他的招供令镇抚司官员哭笑不得。闲话少说，总之，吴时来一会儿招供说：“我自幼读孔孟之书，孔孟教我为臣须忠，忠就该知无不言，这是孔孟的指使。”一会儿说：
“上天赋正人君子忠义之性，忠则知无不言，言无不尽，如此说来，是上天的指使。”又说：“是唐代魏征的指使，他托梦给我，为臣应该直言……”反正招来招去，就是不说徐阶指使。连嘉靖也啼笑皆非，反倒觉得吴时来聪明过人。而张翀、董传策也绝无招供。三月之内，每当吴时来吃刑不过，迷糊中耳闻隐隐约约的木鱼声，遍体的伤痛顿时减轻。
三个月下来，审讯毫无进展。
三个月的最后一天，徐府中日日听惯了的木鱼声、诵经声忽然戛然而止。徐阶和夫人觉得诧异，赶忙走进小知也的临时禅房，只见小知也站起身来，双掌合十：“阿弥陀佛，徐施主灾星已消，贫僧该告辞了。”过了许久，徐阶才省悟，四张口者，严氏父子也。当年严的写法是“嚴”。一张天口者，吴时来也。四口战一口，吴时来胜出。严氏父子无奈，只得把“戊午三子”发配边远地区充军收场，徐阶逃过一劫。
“戊午三子”的弹劾风波，使嘉靖、严嵩、徐阶间的关系产生了微妙的变化。严嵩不是说“戊午三子”背后肯定有人吗，酷刑拷问三月之久，未见其人，看来严嵩不是判断有误，就是陷害徐阶，嘉靖开始对严嵩产生了厌倦感。本以为是徐阶指使，原来徐阶倒是个正人君子，嘉靖对徐阶产生信任感。经过此番风波，徐阶终于醒悟，正邪不两立，冰炭不同炉，为国家社稷，为天下苍生，该设法铲除严氏父子这两颗毒瘤了。
“戊午三子”的弹劾，使严嵩觉得有失尊严。同时，审讯三月仍未达预期目的，严嵩气焰矮了不少，他上章请求罢职。嘉靖给严嵩面子，予以挽留。
此年国家仍无宁日。王直被诱杀，义子王滶愤慨之极，与倭寇旧部重新结聚，四处窜扰。新起的几股倭寇劫掠台州、温州，转犯福州、泉州。而北边的济农，率军三万，入侵永昌、谅州、甘州、宣府。辽东发生了饥荒，安庆的饥民聚众为盗，与安庆守备黄佐激战，黄佐兵败被杀。
大明王朝从嘉靖三十七年（公元1558年）开始，颓势已经积重难返，内忧外患，民不聊生，可以说国家到了崩溃的边缘。