君臣间几番交流，嘉靖从颓唐的泥潭中慢慢拔出脚来，对言官也不再动辄惩罚。
是福不是祸，是祸躲不过。
东南沿海的倭寇，在谭纶、戚继光、俞大猷的征剿下基本肃清。奏本上呈，嘉靖大喜。但北方的蒙古族又大肆入侵。
且说蓟辽总督杨选，囚禁了锡林阿部首领的岳父托干，希望以此牵制对手。锡林阿部愤怒，举兵向蓟州，扬言攻辽阳。杨选率军驰援，兵部尚书杨博察觉其中有诈，三次发文劝阻，杨选不听。结果锡林阿部声东击西，从墙子岭毁墙而入，大掠顺义、三河，抵达通州。锡林阿部入犯之时，嘉靖正在斋醮，杨博不敢上奏，便与徐阶相商，先调兵捍卫京城。同时，大同总兵姜应熊在密云击败锡林阿部，京师解严。嘉靖后知锡林阿部直捣通州，吃惊不小，怒极，下旨斩了杨选，又迁怒杨博不及时报知，徐阶全力救护，称杨博及时调兵捍卫京师有功，才免于惩罚。
有时候言官对朝廷的批评过于激烈，嘉靖惩罚，轻则把言官降职，重则罢官。徐阶压住暂不施行，抓住机会劝说嘉靖：“自古君明则臣直，上有明君，下才有敢于直言的臣子，国家如果没有敢于直言的大臣一定会灭亡，敢讲真话的直臣，即使抨击朝廷过分，处罚也应从轻，这样才能广开言路。”
徐阶分别轻重缓急，逐渐废除严嵩的弊政；与此同时，也关心提拔后辈。严嵩倒台，内阁只剩袁炜和徐阶，袁炜是徐阶的学生，共同票拟，也有带一带这位学生的意思。而徐阶想提拔的另一位就是张居正。
张居正曾对徐阶大为不满，为何老师如此窝囊！为何不放手与严嵩一搏！所以曾告病回乡。对此，徐阶心知肚明，但毫不在意。现在张居正明白了，老师是正确的，放手一搏的同年杨继盛不就死得很惨吗？他终于明白，姜还是老的辣。
自从嘉靖三十九年（公元1560年）被提拔为国子监司业以后，张居正就全心全意管理国子监。这是徐阶的一步棋。徐阶不希望张居正过早参与政事，因为还太嫩，稍一冲动，就会落得同杨继盛那样的下场。而张居正并不理解老师的用心，但升官总是好事，所以曾在写给徐璠的信中说：“仆受太翁老师厚恩，未有以报。”嘉靖四十二年（公元1563年），徐阶又推荐张居正为撰写《承天大志》副总裁。总之，做没有或少有风险却能崭露头角的事，徐阶想到的第一人就是张居正。徐阶扶持张居正的至关重要的一步棋，是在嘉靖四十三年（公元1564年）《承天大志》修成之后，让他担任裕王府的讲官，因为这裕王极有可能继承嘉靖的皇位，安排张居正担任裕王府讲官，就为张居正日后的腾飞打下了基础。
在精心培养、扶植英才的同时，徐阶腾出手来，扫荡朝廷的污秽。严嵩虽然罢官，但党羽还多。这些严嵩的党羽，多数是靠买官获得提拔，不仅无德无能，而且贪婪成性。徐阶以反贪为名，展开了清理。
嘉靖四十一年（公元1562年）六月，广东道御史郑洛参奏大理寺卿万寀、总理盐政鄢懋卿、太常少卿万虞尤贪赃。查有实据以后，徐阶和袁炜共同票拟“革职闲住”。而盐政的课税，徐阶暗示巡盐御史徐爌，提请鄢懋卿任内提高的课税额度一体撤销，维持原状。
针对暴露出来的边镇将帅冒领克扣军饷的弊端，徐阶票拟敕书，责成各省巡抚、巡按使以身作则，严革各弊，“违者听部臣及该科参奏严惩”。但是弊病积重难返，不能操之过急，得慢慢来。
同年九月，革职的有工部侍郎刘伯跃、南京刑部侍郎何迁等十多员大臣。
徐阶当政黜贪汰庸，但是很少动刀，绝少有官员论死。他觉得嘉靖一朝，朝廷官员血流得太多了，他决心全力扭转“果于杀戮”的状况。
说徐阶不动刀子，也不尽然，就在嘉靖四十四年（公元1565年），徐阶终于亮刀了。