一个在宦海沉浮四十多年的人，一个曾为一人之下万人之上的人，而今成了一老人，虽然满腹孔孟之书、阳明心学，不料想却成了崇佛的善信，着实令人伤感。
退田事未了，疏浚吴淞江的奏本已然允准。海瑞以应天十府之财力，自筹工程费用，不动分文国帑，朝廷焉有不准之理。
经过紧锣密鼓的准备，隆庆四年（公元1570年）正月初二，疏浚工程启动，征集来的二十余万民工，在吴兴、吴江、昆山、青浦、嘉定五县全长八十余里的吴淞江一字儿排开，以排山倒海之势清淤、挑泥、筑堤，嗨哟嗨哟的号子声响彻云霄。海大人亲临一线指挥，足迹遍布吴淞江全线，掐进度，查质量，没日没夜工作，熬红了眼睛。历时四十七天，到二月二十日，疏浚工程全面告成。一不做，二不休，海瑞调过头来，组织民工北开白茆河，到三月底，白茆河全线疏通。太湖之水，得以奔腾入海，倒塌民居，得以修补，灾民复归，补种蔬菜杂粮，只盼收获了。
应天府尤其是苏松两府百姓欢欣鼓舞。但是反对海瑞的声音也响起来了。
隆庆四年（公元1570年）春，刑部都给事中舒化，起而弹劾海瑞拘泥固执，不切实际，不通人情世故，不达政体，不适合处理地方事务，应该安排南京的清闲职务“养起来”。
隆庆帝没有采纳舒化的主张，首辅李春芳是个好好先生，拟旨让海瑞“抚地方如故”。一浪刚过，一浪又来，紧接着，给事中嘉兴籍的戴凤翔又奏了一本，论海瑞“不谙吏事”，“庇奸民，鱼肉缙绅，沽名乱政”。同时列举海瑞诸多不近人情的事例，两任妻子先后被休，七个月前，家中一妻一妾同时去世，疑似谋杀。修身齐家治国平天下，家也不齐，何能治国？
应天十府是国家赋税重地，大明嘉靖时，这十府的赋税占全国十三道（省）的二成半强，应天一乱，国家财政命脉受到威胁。此时高拱刚由张居正荐重返内阁兼掌吏部。高拱对海瑞并无好感。因为海瑞对自己的政敌徐阶草拟的两诏十分赞赏，此人官居大位，于己不利，就拟旨道：“看得都御史海瑞，自抚应天以来，裁省浮费，厘革宿弊，振肃吏事，矫正靡习，似有忏忏为国为民之意。但其求治过急，更张（政变）太骤，人情不无少拂（违背），既经言官论劾前因，若令仍旧视事（任应天巡抚）恐难展布（展开工作）。”就是说，不宜留任了。
海瑞气极，上书自辩，称戴所指责“无一事是臣本心，无一事是臣所行事迹”，纯属“诬妄”。还把一腔怒火，烧向朝中众大臣，怒斥“今举朝皆妇人也”。首辅李春芳自我调侃说：“满朝都是女流，那我不就成了老婆子了？”
自辩上奏，引来满朝文武的愤慨，大臣们联名弹劾，高拱拟旨批复称海瑞“词称请归（辞官），意甚快愤（泄愤），且固执偏见”，“御史官见其轻噪，连名纠劾，诚非过举”。
海瑞坐在府院正生闷气，吏部的文书已到，调海瑞南京粮储，即刻赴任。怒气冲天的海瑞疾书辞官。海瑞离开江苏时，沿路百姓欢送，但南京的官吏、乡绅，却以手加额，弹冠相庆。对海瑞的应天新政，后人津津乐道。海瑞罢官叫得响，种种传说不胫而走，离历史的真相愈行愈远，岂不可叹！
其实海瑞何曾被罢官？朝廷认定他“不谙吏事”，调任粮储，避开了复杂的人际关系，维护他来之不易的良好名声，也算是一种呵护。况且身为都察院右佥都御史的正四品大员，调任户部所属南京粮储，实乃平调，但海瑞倔劲上来，他“乞赐臣回籍，永终田里”。
海瑞在应天功不可没，整顿赋役弊端，推行一条鞭法，澄清吏治，疏浚吴淞江、白茆河，减轻百姓负担，这些政绩，可圈可点，然负面影响也颇深远。他审理土地所有权的案件，不做翔实的调查取证，仅按“与其屈小民，宁屈乡官”的思路行事，连买卖已过五年的田产也强判大户退还，难免不公，引起新的冤案。他勒令大户退还“占夺”之田，苏松常镇四府乡官众多，不加调查，以政令代替法律，致江南经济秩序缺失章法，引起动荡。水灾期间，他又下令佃户不准向东家交租，债务人不准向债权人还债；责令富户乡官留足口粮，余粮贷于饥民，以致饥民包围富户乡官，索贷粮食，刁钻者甚至借贷多家谋利，还指富户存留口粮为余粮，强行借贷。这些都成了朝中给事中们的弹劾口实。