被遣送回爪哇岛上的几批人里，有些人在船上就已经有了发烧、咳嗽等症状，不过这些很常见的现象都被周围的人视为了普通疾病，并没有重视起来。而等到他们返回原来的居住地之后，这种症状就逐渐加重了，并且发病的人数也开始增加。
很快，在3天之后，就有第一个人因为咳血引起休克，并死亡。接着，每天都有人在剧烈的咳嗽声中死去，而且死后身体的皮肤变成了紫黑色，这就是典型的肺鼠疫，欧洲人称黑死病。
由于爪哇岛上的医疗条件很差，再加上人口密集，气候炎热，很适合肺鼠疫的传播，于是，与这些被遣返人员有过接触的人很多都感染了病菌，并且随着他们的流动再向更多的人传播。
到了7月底，爪哇岛东部的巴达维亚、万隆、勿加泗等地区都出现了全身淋巴肿大、化脓、溃烂致死的病人；而巴厘岛、马拉都岛、泗水等西部地区则出现了高烧、咳嗽、休克致死的病人，而且死后身体皮肤呈紫黑色；在爪哇岛的中部地区，三宝垄、克拉登等地，也出现了很多突然死亡的人，不过他们大多是高烧、寒颤，然后皮肤出血，随后就是死亡。
这些死者虽然死因和症状都不太一样，但是都有一个共同点，那就是都是偷渡被遣返的人员，不过由于爪哇被封锁的时候，很多人都试图用偷渡的方法离开爪哇岛，所以这个特点并没有引起身边的人注意。
由于发病非常快，一般都在1—4天就会死亡，所以，当地的荷兰人也没有什么好办法，只能让当地人按照疑似蓝教的传统，把尸体火化了事，而这个无心之举，也恰恰部分阻止了疾病的传染速度。
到了8月初，爪哇岛上的疾病爆发速度突然增加，大批的感染者在各地出现，而原来的各种症状也都随着各地带病者的交叉感染而逐渐均匀分布了。当一位荷兰医生看到一具死后身体皮肤呈黑色的尸体之后，大惊失色，他立刻通知了巴达维亚的荷兰东印度政府：黑死病来了。
而荷兰政府的反应不可谓不快，他们迅速颁布了命令，宣布在爪哇岛上实施戒严，各个城市之间不许任何形式的人员往来，而城市、乡村之内，凡是有发病者，必须严格实行隔离，死后的尸体也必须火化。
不过，这些措施虽然是正确的，但是时间上已经晚了，这次南海联邦主动扩散的鼠疫病毒有三种，肺鼠疫、淋巴鼠疫和败血症鼠疫，这些病菌的传染能力非常强，从病人的体液到空气传播，几乎无所不在。而爪哇岛上的医疗条件不足，再加上当地人的预防意识也非常差，很多人都是一大家子几十口人住在一起，很多人还是商人，需要在岛上四处购买货物，所以，在经过了近一个月的传播之后，现在的疫情就算是刘芾来了，也没辙，带菌者太多了。
到了8月中，爪哇岛上所有的大中城市中，都出现了大批的患病者，由于死亡率和死亡速度太快，荷兰人不得不抽调当地人的军队，去负责焚烧那些死在城市各处的尸体，整个爪哇岛上，除了一些非常偏僻的山地和密林深处还没有遭受感染之外，到处都是一片世界末日的景象。
荷兰人到这个时候，才反应过来，把巴达维亚等几个城市严密封锁起来，军队在街上巡逻，凡是发现发烧、咳嗽、怕冷怕热等有关症状的人，一律抓起来送到集中营内，再把这些病人待过的地方严格消毒甚至焚毁。
整个爪哇岛上，尤其是人口集中的城市里，每天在城外焚烧尸体和焚烧病人住地的黑烟四处可见，以前富饶美丽的爪哇岛，现在已经成了人间地狱。
虽然荷兰人采取了果断的处理措施，力度也非常大，但是病菌这个东西，多到一定程度，就不是人力可以控制的了。不管荷兰人怎么烧，怎么抓，疫情都得不到有效的控制，不仅是当地人，就连那些在爪哇岛上做生意的荷兰人和欧洲人也照样逃不掉。
在死神镰刀的威胁下，爪哇岛上乱套了，在一些疫情不太严重的偏远地区，当地人联合起来，封锁了进入该地的道路和水路，严禁任何人接近该地区。而那些被死亡吓破了胆的欧洲人、爪哇人和一部分没有离开爪哇岛的华人都迫切需要到一个安全的地方去躲避这场恐怖的瘟疫，而不让他们进入那些相对安全的地区，就是要他们的命。
于是，在8月底，爪哇岛各地发生了几十起武装冲突，大批白人带着自己的雇佣军向他们准备避难的地区发起了进攻，而当地的人民也为了保护自己的家园，和这些平时他们正眼看都不敢看的白人老爷们展开了激战。
战斗的结果大多是白人们依靠武器和数量的优势，打败了当地人，从而暂时获得了一个相对安全的地区，不过，这个安全也是暂时的，由于当时的医疗条件无法确定谁感染了病菌，而鼠疫的潜伏期最高可以达到15天，所以很多原来并没有疫情的偏远地区也因为白人军队的到来而感染了疫情。
到了9月底，全部爪哇岛上，包括巴拉望岛和巴厘岛基本都被疫情所感染，很难再找出一个干净的地方，而荷兰驻东印度总督也因为感染了黑死病而死亡。
看到总督都死了，白人和当地人都慌了，他们再也忍受不了在自己家里慢慢等死的煎熬，再也忍受不了整天笼罩在焚烧尸体的黑烟中，他们跑到码头上，登上一切能用的船只，不顾水道中密布的水雷，开始向巴达维亚的港口外边驶去。
虽然负责封锁的南海联邦海军早就已经做好了爪哇船只集体冲出港口的预案，但是真正看到这些奋不顾身、不惧生死的人们，驾驶着各种各样的船只，疯狂的从港口里冲出来的景象，也都浑身发冷，目瞪口呆。
大部分冲出港口的大吨位铁质船只，都被磁性水雷给炸沉在水道中，有时候由于船只过密，很多离被炸船只过近的小木船也被波及，一起被掀翻在海水中。但是由于出港的船只太多，水雷对木船和小船都无能为力，还有部分船只冲出了水雷阵，逃到了港口以外，它们纷纷挂满了帆，烧足了锅炉，能开多快就开多快，也不管港口外巡逻的联邦军舰，只是朝着自己想好的方向开去。
在请示了联邦海军部之后，封锁舰队向这些出逃的船只发起了进攻，驱逐舰、鱼雷艇、潜艇全部投入了剿灭工作，因为海军部下达了死命令，逃出去一条船，所有舰长和舰队指挥官都将被以叛国罪逮捕，等待他们的将是去矿山和密林中监管劳动一辈子的处罚。
虽然逃跑的船只很多，但是大部分都是500吨以下的小船，而且很多都是风帆木船。在收到海军部的命令之后，封锁舰队的指挥官和舰长们像吃了鸦片一样，立刻把刚才的同情心收了起来，换上了魔鬼的面孔，吼叫着，让所有人进入战斗状态，把军舰上所有能攻击的武器都用上，先攻击速度快，吨位大的船只。
一时间，巴达维亚的港口外，3艘驱逐舰和5艘鱼雷艇像进入了羊群里的饿狼，它们用主炮轰、副炮打、机枪扫，甚至用船体去撞，把大部分逃跑的船只都送入了海底，不过还是有些漏网之鱼，已经冲过了第一道封锁线，向四面八方逃去。
在第二封锁线的是5艘潜艇，面对这些疯狂逃窜的小船，潜艇的鱼雷基本没用，因为这些船不光船体小，吃水浅，而且大多是木质船身，鱼雷根本引爆不了。
于是，在得到舰队指挥的认可之后，这些潜艇纷纷上浮起来，用艇上的2挺重机枪和艇身做武器，连打带撞，终于在巴达维亚港口外50海里内，消灭了所有准备逃跑的船只。
事后，经过大概统计，在这一天冲出港口的船只，大概有300多艘，而每艘船基本上都是满员甚至超员，哪找一艘船平均80人计算，至少有2万人葬身海底。