刘秀灭掉赤眉军
赤眉军占领了长安，但形势并不乐观。长安以南和以西地区，存在许多割据陇势力；长安以东，刘秀已经建都洛阳，正在横扫中原；特别是，刘秀派去的邓禹军队，已经发展壮大，正在对长安虎视眈眈。刘秀，才是赤眉军的头号敌人和心腹大患，而赤眉军却麻木不觉。
《后汉书》记载，在赤眉军西进入关的时候，刘秀就派邓禹率两万兵马进入关中。刘秀此举的目的，不是与赤眉军交战，而是在关中打下根基，扩充力量，并监视赤眉军的动向。刘秀的战略布局，是先扫平中原，再回头收拾赤眉军。所以，任凭赤眉军与更始帝打得你死我活，邓禹并不理睬，只顾埋头发展自己的实力。
邓禹足智多谋，善于谋大事。邓禹的军队，纪律严明，不抢掠、不扰民，深受民众拥护，每天都有数千人归顺。赤眉军攻占长安以后，刘秀命邓禹趁其立足未稳，进攻长安。邓禹却没有执行，他认为，赤眉军是乌合之众，没有头脑和远见，尤其是长安缺粮，时间一长，必会自乱，没有必要现在去打。
于是，邓禹率军绕到了长安西北，占领了北地，就是现在甘肃的庆阳。北地地广人稀，粮食丰富，是有名的粮仓。邓禹在这里整训队伍，收集粮食，养精蓄锐，想坐等赤眉军自乱，轻松获利。事实证明，邓禹的策略是对的。
果然，赤眉军占据长安以后，得意洋洋，天天饮酒作乐。宴会之上，诸将喝得醉醺醺的，争相夸功，大呼小叫，有时一言不合，就相互斗殴。有一次，赤眉军举行宴会，宴会还没有开始，诸将就吵闹争斗起来，乱成一团。负责警卫的士兵，经常吃不饱肚子，受不了酒肉香味的诱惑，乘其混乱，跳进墙去，抢夺酒肉，以致于互相残杀，死了一百多人。
刘恭见赤眉军必定成不了大事，就劝弟弟刘盆子让出皇位，以求自保。于是，在一次朝会的时候，刘盆子下了宝座，解下玉玺授带，向群臣叩头说：“现在虽然立了皇帝，可大家还是像过去一样做强盗，招致四方怨恨，这是立错了皇帝的缘故。恳求各位将军，让我退位，你们再立一个贤能的皇帝吧”。刘盆子说完，叩头不止，痛哭流涕。
参加朝会的有几百人，听了刘盆子的话，没有不怜悯的，于是全部离开座位，向刘盆子叩头请罪，说：“是我们不好，对不起陛下，从今以后，不敢再放纵了。”樊崇把刘盆子抱上宝座，给他挂上玉玺绶带。刘盆子仍然哭闹不止，但身不由已，没有办法。
朝会完毕，将领们各自回营，紧闭营门不出，果然安静了一段时间。二十天以后，由于没有吃的，将士们又纷纷出来抢掠了。
其实，赤眉军大多数将士，都是淳朴的穷苦农民，并非掠夺成性之辈，他们抢掠财物，主要原因是没有吃的。当时粮食缺乏，许多人只能挖芦根野菜吃，每天都有饿死的。
赤眉军在长安只待了几个月，城中粮尽，没有办法，只好撤离长安。他们也知道北地有粮食，但到了北地，为时已晚，粮食早被邓禹收走了。赤眉军都是“今朝有酒今朝醉，”目光短浅，没有长远打算。
赤眉军只好继续西行，到天水一带寻找粮食。当时，摆在赤眉军面前的头等大事，就是粮食，没有粮食，几十万大军将陷入绝境。
割据天水一带的军阀叫隗嚣，隗嚣军队以逸待劳，迎头痛击赤眉军。偏巧天降大雪，赤眉军不适应西部地区的严寒气候，冻死者无数，兵力锐减到二十万人。赤眉军无奈，只好调头东返。
赤眉军撤离长安之后，邓禹自然舒舒服服地进了长安城，此时见赤眉军回返，立即派军拦截。不料，赤眉军已经是穷途末路，打仗不要命，把邓禹军队打得大败，然后，蜂拥奔向长安。邓禹不想硬碰，率军撤出，赤眉军第二次占据了长安。
长安城里一片废虚，已无财产可抢，赤眉军便盯上了城外的皇陵。长安城外，有许多西汉皇帝、皇后、王妃的墓葬，里边埋着大量金银珠宝。墓中凡是用玉装殓的尸体，有些还栩栩如生，有的士兵不仅抢光了财宝，还干出奸尸的勾当，连赫赫大名的吕后尸体，也没有幸免。赤眉军立了汉朝皇帝，却对汉朝帝妃如此凌辱，真是绝妙的讽刺，说明他们对汉朝并没有什么好感。
邓禹听说以后，却是怒火中烧，立即领兵来打，不料却连吃败仗。赤眉军已近疯狂，无人能敌。这个时候，刘秀平定中原大局已定，邓禹便向刘秀请求援兵。
刘秀知道关中缺粮，不想派大军前去，只派冯异率数万人马，带足粮草，去接济邓禹。刘秀嘱咐冯异，不要与赤眉军主力在关中决战，只要把他们赶到东边来，就可以了。刘秀在东边布好了大网，以逸待劳，准备伏击赤眉军。
邓禹由于连吃败仗，心中窝火，见冯异带来的军队兵强马壮、粮草充足，就想与赤眉军交战，一雪前耻。冯异不同意，邓禹就自带一支人马，去攻击赤眉军，结果又是大败，邓禹只带二十四骑逃回。这一次，刘秀的策略是对的，邓禹有些失算了。
公元27年，赤眉军粮食已尽，无法在关中立足，便想东返，回到山东老家去。这正是刘秀所希望的，刘秀已经在赤眉军东返的道路上张网以待，准备彻底消灭赤眉军。
赤眉军刚走到殽山脚下，就遭到冯异军队的伏击，被俘八万多人。樊崇料定东返路上，必有多路伏兵，就带领剩下的十几万人，转而南下，不料仍然落入了刘秀的陷井。
刘秀亲自指挥大军，将赤眉军团团包围。这个时候，赤眉军连饿加冻，已经失去了战斗力。樊崇无奈，只好率众投降了。刘秀赐给他们食物，让十多万饥饿之师，饱饱地吃了一顿。
后来，樊崇等一些高级将领，被刘秀杀害。刘盆子则被刘秀奉养，得以善终。
毛伟人曾经说过：“没有文化的军队是愚蠢的军队，而愚蠢的军队是不能战胜敌人的。”赤眉军的经历，就充分证明了这一点。
刘秀占领了中原和关中，下一步，他就要收复辽阔的西部地区了。当时，盘据在西部地区的有四大势力，刘秀需要采取不同的策略，分别予以征服。