起义具有宗教色彩
宗教是一种文化现象，也是许多人的精神寄托，在社会生活中起着特殊作用，在封建社会里尤为重要。历史上有很多农民起义，都是以宗教为掩护，著名的黄巾起义，就是通过创建太平道而形成的。元末农民大起义，同样具有浓厚的宗教色彩。
力量最强的红巾军起义，最初是与白莲教、明教、弥勒教等民间宗教结合而发动的，起义的领导者通过宗教形式，进行宣传和组织联络，最终形成了起义洪流。起义者头裹红巾，所以称为红巾军；又因焚香聚众，也被称作“香军”。
在反元斗争中，白莲教起了关键性作用。白莲教是长期流传民间的一种宗教结社，渊源于佛教的净土宗。净土宗是中国佛教宗派，始于东晋。东晋高僧慧远大师，在庐山的东林寺建立了白莲社，为建立净土宗奠定了基础。后来经过多年发展，到了唐代，形成了教义，净土宗正始创立。净土宗也叫“莲宗”。
北宋时期，净土宗念佛结社盛行，多称为白莲社或莲社。到了南宋，江苏昆山的僧人茅子元，在净土宗基础上创建了新的教门，称为白莲宗，后来叫做白莲教。
白莲教崇奉阿弥陀佛，敬奉祖先，希望实现净土，其教义简单，通俗易懂，符合民众愿望，因而发展很快。白莲教又是一种半僧半俗的团体，教徒不出家、不剃发、不穿僧衣，与平常人一样，因而吸引了大批民众参加。
元朝统治天下的时候，白莲教已经形成较大规模，元朝统治者担心会对他们造成威胁，曾经两次下令禁止。白莲教公开活动受到限制，便转入地下，仍然不断发展，形成了许多秘密团体。
元朝统治者压制白莲教，使得许多教徒对元朝怀有敌意；白莲教徒多数是汉人，他们敬奉祖先，不甘忍受外族压迫。因此，许多地方的白莲教组织，都秘密从事反元活动。元朝统治者忽视白莲教的力量，禁止的力度并不大。
元朝后期，统治集团内部争斗激烈，甚至爆发战争。继任的皇帝不熟悉汉文化，统治无方，朝政混乱，社会黑暗，白莲教势力趁机兴盛起来。他们虽然没有全国性的组织，宗派众多，不能协调一致，但教徒却遍布各地，形成了大小不一的团体，多者数千人，少者数百人，成为一种虽然松散却十分庞大的力量。
元朝末期，元朝统治腐败衰落，社会矛盾集中爆发，各地起义此起彼伏，白莲教徒便成了反元的急先锋和骨干力量。著名起义领袖彭莹玉、韩山童、刘福通、徐寿辉、明玉珍等人，都是白莲教的首领或信徒。
白莲教对推翻元朝起了重要作用，功不可没。朱元璋建立明朝以后，忌惮白莲教势力，严厉进行禁止，但白莲教仍然不断发展，在明清时期持续活跃，直到封建社会结束，白莲教才逐渐消失。
在反元斗争中，与白莲教同样起着重要作用的，还有明教。明教的正式名称叫摩尼教，是公元3世纪波斯人摩尼创立的二元论宗教。大约在唐朝的时候，摩尼教通过新疆传入中国内地，吸收了道教等民间信仰，得到较快发展，到宋朝时翻译为明教，逐渐形成了一股不小的宗教势力。
明教的核心教义认为，世界从一开始，就存在着光明与黑暗的斗争。明教崇尚光明，反对黑暗，战斗性比较强，屡有反政府之举，因而经常用来作为造反的工具。北宋方腊、南宋钟相起义的时候，都曾经利用过明教的势力。
在元末农民大起义中，明教与白莲教联合起来，以“明王出世”号召民众起来造反。韩山童的儿子号称“小明王”，朱元璋建国号为明，都与明教有关系。不过，朱元璋在统一天下之后，在禁止白莲教的同时，也取缔了明教，致使明教逐渐衰落消失了。
与白莲教、明教共同反元的，还有弥勒教。弥勒教产生于南北朝时期，由一个叫傅大士的汉人创立。傅大士是浙江义乌人，一生未曾出家，以居士身份修行佛道。
弥勒教主要宣扬“弥勒佛下凡救世”，在元末农民大起义中，不少团体打着这个旗号，聚众造反。河南赵丑厮起义，就以“弥勒佛当有天下”为号召，揭开了元末大起义的序幕。
元朝皇帝多数缺乏治国能力，不懂得引导、利用宗教，对宗教基本上采取放任不管的态度，结果宗教被农民起义所利用，形成了强大力量，摧毁了元朝统治，也显示出了宗教的巨大能量。所以，切不可忽视宗教的力量。
在元末农民大起义中，有一个僧人发挥了重要作用，他就是南方红巾军领袖彭莹玉。